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万見
- PDB-6emm: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14 variant T205 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6emm
タイトル17beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14 variant T205 in complex with Salicylic acid
要素17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14
キーワードOXIDOREDUCTASE / fragments / soaking / 17b-HSD14
機能・相同性
機能・相同性情報


D-threo-aldose 1-dehydrogenase / D-threo-aldose 1-dehydrogenase activity / Estrogen biosynthesis / L-fucose catabolic process / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / steroid catabolic process / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / L-fucose dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Bertoletti, N. / Marchais-Oberwinkler, S. / Heine, A. / Klebe, G.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationMA-5287/1-1 ドイツ
German Research FoundationKL-1204/15-1 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray Crystallographic Fragment screening and Hit Optimization
著者: Bertoletti, N. / Braun, F. / Zara, L. / Metz, A. / Heine, A. / Marchais-Oberwinkler, S. / Klebe, G.
履歴
登録2017年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7855
ポリマ－28,6831
非ポリマー1,1024
水55831
1
A: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14
ヘテロ分子

A: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14
ヘテロ分子

A: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14
ヘテロ分子

A: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,13920
ポリマ－114,7314
非ポリマー4,40816
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_576x,-y+2,-z+11
Buried area27550 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area32440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.789, 129.789, 129.789
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-304-

PG4

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14 / 17-beta-HSD 14 / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase DHRS10 / Dehydrogenase/reductase SDR family ...17-beta-HSD 14 / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase DHRS10 / Dehydrogenase/reductase SDR family member 10 / Retinal short-chain dehydrogenase/reductase retSDR3 / Short chain dehydrogenase/reductase family 47C member 1


分子量: 28682.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSD17B14, DHRS10, SDR3, SDR47C1, UNQ502/PRO474 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS
参照: UniProt: Q9BPX1, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる

-
非ポリマー , 5種, 35分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-SAL / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / SALICYLIC ACID / サリチル酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: HEPES 0.1 M pH 7.00, sodium formate 3.3 M / PH範囲: 7-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→50 Å / Num. obs: 13260 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.62 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 19.23
反射 シェル解像度: 2.47→2.62 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.49 / Num. unique obs: 2123 / Rsym value: 0.505 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
XDS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JS6

5js6


解像度: 2.47→45.887 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2107 662 4.99 %
Rwork0.1669 --
obs0.1691 13256 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.47→45.887 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1937 0 74 31 2042
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072054
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8952801
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.881237
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053326
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006385
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4678-2.65830.27521310.20892496X-RAY DIFFRACTION100
2.6583-2.92580.2431310.1922484X-RAY DIFFRACTION100
2.9258-3.34910.28261320.18892505X-RAY DIFFRACTION100
3.3491-4.2190.18211320.1552520X-RAY DIFFRACTION100
4.219-45.89530.18121360.15182589X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0428-0.0457-0.04820.13120.03810.0634-0.0966-0.0096-0.08720.0447-0.1558-0.02340.15980.03-0.19660.42710.01220.39420.1333-0.29190.72221.6537103.566250.7543
20.0107-0.00790.00350.00370.00450.0127-0.0769-0.0191-0.2166-0.01260.02420.00020.10210.1359-0.02610.53260.10070.43610.3235-0.17790.72516.3741103.299440.4185
30.0497-0.04270.07720.1931-0.18040.2559-0.07560.1521-0.1132-0.1166-0.30090.03870.1325-0.1062-0.27690.452-0.10420.23110.2762-0.32690.7574-3.5809109.370440.844
40.2956-0.00320.190.1383-0.11850.4168-0.00080.2873-0.2719-0.1811-0.37680.07720.18450.0839-0.8910.0396-0.08450.12250.1731-0.05940.5129-0.4605122.398948.4128
50.0033-0.00470.01130.03230.01680.0464-0.13840.0841-0.10910.07530.005-0.0020.01910.1473-0.03970.21920.05140.09980.34160.13980.548721.3579118.535655.3899
60.09640.09790.00170.1196-0.09930.4475-0.33210.0105-0.14510.0599-0.17790.00280.28360.0239-0.38240.20930.01930.1571-0.0538-0.01210.71152.4504115.760362.3999
70.00590.0088-0.00670.0011-0.001-0.0034-0.0385-0.08640.1884-0.069-0.0387-0.0081-0.05470.11790.00010.3371-0.00160.03510.40450.09140.568323.72141.791564.296
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 4:39)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 40:63)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 64:93)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 94:185)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 186:220)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 221:254)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 255:271)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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