PDB-6t6h: Apo structure of the Bottromycin epimerase BotH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t6h

タイトル

Apo structure of the Bottromycin epimerase BotH

要素

BotH

キーワード

HYDROLASE / Bottromycin / RiPP / Epimerase / ABH

機能・相同性

alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / metal ion binding / BotH

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sp. BC16019 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.18 Å

データ登録者

Koehnke, J. / Sikandar, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: The bottromycin epimerase BotH defines a group of atypical alpha / beta-hydrolase-fold enzymes.
著者: Sikandar, A. / Franz, L. / Adam, S. / Santos-Aberturas, J. / Horbal, L. / Luzhetskyy, A. / Truman, A.W. / Kalinina, O.V. / Koehnke, J.

履歴

登録	2019年10月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	6t6xC 6t6yC 6t6zC 6t70C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t6x-d 6eb3-1 6t70-d 7yas-d 1jyk-d 4x00-2 7k2f-2 4yas-d 2wug-1 4l0c-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: BotH

ヘテロ分子

33.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.683, 80.133, 88.699
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-199- ARG
2	1	A-401- HOH
3	1	A-533- HOH
4	1	A-550- HOH
5	1	A-567- HOH
6	1	A-637- HOH
7	1	A-638- HOH
8	1	A-652- HOH
9	1	A-712- HOH

#1: タンパク質	BotH 分子量: 33089.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. BC16019 (バクテリア) 遺伝子: botH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: K4MHV9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.68 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MES, ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.97794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.17→51.26 Å / Num. obs: 77123 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 12.51 Å² / R_merge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 21.4
反射シェル	解像度: 1.17→1.2 Å / R_merge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 5273 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
xia2		データ削減
XDS		データスケーリング
AutoSol		位相決定
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.18→51.26 Å / SU ML: 0.101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.6692 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.168	3770	4.89 %
R_work	0.1569	73353	-
obs	0.1574	77123	97.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.18→51.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1929	0	21	317	2267

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0111	1987
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1388	2694
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0916	285
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0103	363
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.2842	714

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.18-1.19	0.2504	98	0.2488	1882	X-RAY DIFFRACTION	68.51
1.19-1.21	0.2622	146	0.2407	2560	X-RAY DIFFRACTION	94.19
1.21-1.22	0.2446	138	0.2336	2618	X-RAY DIFFRACTION	94.09
1.22-1.24	0.2138	131	0.2154	2632	X-RAY DIFFRACTION	95.84
1.24-1.26	0.2229	125	0.2147	2671	X-RAY DIFFRACTION	96.81
1.26-1.28	0.2248	132	0.2008	2688	X-RAY DIFFRACTION	97.92
1.28-1.3	0.2063	148	0.2015	2714	X-RAY DIFFRACTION	98.79
1.3-1.32	0.2158	155	0.2005	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.03
1.32-1.35	0.1999	142	0.1945	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.03
1.35-1.37	0.2159	176	0.1914	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.42
1.37-1.4	0.2261	139	0.1861	2757	X-RAY DIFFRACTION	99.52
1.4-1.43	0.1913	141	0.1818	2738	X-RAY DIFFRACTION	99.48
1.43-1.46	0.2426	126	0.1745	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.46-1.5	0.1777	145	0.1688	2756	X-RAY DIFFRACTION	99.66
1.5-1.54	0.2228	154	0.1645	2765	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.54-1.59	0.1734	128	0.1627	2778	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.59-1.64	0.1601	136	0.1548	2754	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.64-1.7	0.1864	142	0.1512	2767	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.7-1.76	0.1556	131	0.1536	2803	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.76-1.84	0.1495	141	0.1507	2784	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.84-1.94	0.1746	143	0.1453	2775	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.94-2.06	0.1575	140	0.1384	2788	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.06-2.22	0.1505	155	0.1407	2786	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.22-2.45	0.1642	131	0.1326	2811	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.45-2.8	0.155	152	0.1431	2806	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.8-3.53	0.1412	134	0.1482	2853	X-RAY DIFFRACTION	99.57
3.53-51.26	0.1479	141	0.1551	2964	X-RAY DIFFRACTION	99.58

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.69717981961	1.17123189162	-0.0701782910282	2.53613088272	0.15527318913	1.54749275013	-0.00806651936856	-0.117010317987	-0.0443780455412	0.073239063667	-0.0106607968056	0.1565988192	-0.0117348971356	-0.0189770090014	0.0347770786889	0.0907344291927	0.0152121794137	0.0113288777227	0.0909763882404	-0.00922722408695	0.0771575920856	-27.7440611994	-3.93355697904	-6.25395727825
2	1.33227522776	-0.0401911400075	-0.0841994486672	3.47257441572	-2.10559929342	4.29654710253	-0.0204582978993	-0.0954914835332	-0.0780389848806	0.0711963360872	0.0766425791739	0.127146870521	0.101662524315	-0.110518445727	-0.0630975177391	0.0740006885041	0.0127283921401	0.00980076834153	0.0927466227647	-0.00399811165378	0.0871865334608	-26.0130394858	-15.7428239777	-12.3032424064
3	1.53617279807	0.155915738382	-0.0304201919258	2.64710884667	-2.42182765844	4.33677790842	-0.00849044965102	-0.0184495058561	0.0400706632329	0.057762516855	-0.0775910004387	-0.0479715118423	0.0287956541031	0.135189034851	0.070544067895	0.0945766774187	0.0177184844308	0.00479829510544	0.0667887460298	-0.0305714824474	0.073603342323	-20.5187905222	-1.63944767167	-9.81051273983
4	1.43207224732	-0.216892390856	-0.658733176763	1.5969088015	-0.0990833587702	1.61759814865	-0.0102752215363	-0.0537780517051	0.0690163316701	-0.0436319993458	0.00780044151354	-0.144751992098	-0.0560620923298	0.119518822822	0.00229102360028	0.0849399680218	0.0153594311314	-0.0090214296926	0.0968013949447	-0.0107094876254	0.107665115145	-11.6360913617	-10.68080697	-14.5533072047
5	2.30574922618	2.27926819821	1.86810752935	7.01275756619	2.2265154122	1.7288659339	-0.119469196922	0.422154862287	0.0268155854111	-0.333730544476	0.116239982687	-0.132451129369	-0.0667323979037	0.219555836975	0.000698696300039	0.181784320448	-0.0123284743923	0.0203646791173	0.203483409615	0.0190965437374	0.0967680883993	-21.6872337633	-0.386756250211	-33.2763501602
6	4.59813204483	-5.05581003819	-1.68722099765	8.57216142879	5.88720840809	6.88239602459	0.0399439280352	0.118735064004	-0.107452715697	-0.249816309539	-0.0288859997318	-0.0325448999122	0.0640956840537	-0.0118662009745	0.057114436906	0.0867813106054	-0.0194921845509	0.00912481675386	0.103321083871	0.00822474508051	0.085768464922	-27.9100628349	-9.80670865527	-27.6895215363
7	0.7748104435	-0.536322469515	-0.0289383172233	1.59957563666	-0.199189961418	0.0591471305684	-0.0587152154314	-0.0635599143593	0.067949445565	0.0163696308717	0.0508437615882	-0.219139830453	-0.0174563542404	0.0570772744525	0.00787787990857	0.111293106045	0.00701217446442	0.0024933107121	0.13633594711	-0.00789555559043	0.118513738151	-10.0489791857	-8.51529256758	-18.8353498994
8	2.95314026897	0.678704179447	0.36062224345	1.1425865793	0.27924840523	2.0900371862	-0.00140190567684	0.0264072388238	-0.0561007374027	-0.0061962766836	0.0501490206434	-0.161535982353	0.0859665533602	0.172653524455	-0.0512655999448	0.117215607272	0.0295246770408	0.0199396590809	0.102556163292	-0.00857421352127	0.137053948406	-6.32090419476	-20.0752010224	-21.438117775
9	2.74629085741	0.497671970561	-1.53906180034	2.91894432869	-2.78870387837	7.29610064183	-0.15788640174	-0.00554480099173	-0.134389568449	-0.0719545444563	0.0784826378584	-0.0182601495867	0.184514537257	-0.146760057502	0.074702147923	0.144235642425	0.018128681259	0.00307934018286	0.0783740669152	-0.0282814291771	0.1044788299	-19.2638658827	-23.4093889511	-19.580071076

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 28 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 65 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 66 through 102 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 103 through 141 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 142 through 167 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 168 through 182 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 183 through 221 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 222 through 242 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 243 through 262 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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