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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6t6h | ||||||
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タイトル | Apo structure of the Bottromycin epimerase BotH | ||||||
要素 | BotH | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Bottromycin / RiPP / Epimerase / ABH | ||||||
機能・相同性 | : / alpha/beta hydrolase fold / catalytic activity / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / metal ion binding / BotH 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces sp. BC16019 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.18 Å | ||||||
データ登録者 | Koehnke, J. / Sikandar, A. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020 タイトル: The bottromycin epimerase BotH defines a group of atypical alpha / beta-hydrolase-fold enzymes. 著者: Sikandar, A. / Franz, L. / Adam, S. / Santos-Aberturas, J. / Horbal, L. / Luzhetskyy, A. / Truman, A.W. / Kalinina, O.V. / Koehnke, J. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012 タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. 著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6t6h.cif.gz | 192.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6t6h.ent.gz | 125.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6t6h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6t6h_validation.pdf.gz | 426.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6t6h_full_validation.pdf.gz | 426.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6t6h_validation.xml.gz | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6t6h_validation.cif.gz | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/6t6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/6t6h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33089.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces sp. BC16019 (バクテリア) 遺伝子: botH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: K4MHV9 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.68 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MES, ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.97794 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.17→51.26 Å / Num. obs: 77123 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 12.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 21.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.17→1.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 5273 / % possible all: 93.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.18→51.26 Å / SU ML: 0.101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.6692 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.86 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.18→51.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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