[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-6eb3: Structural and enzymatic characterization of an esterase from a m... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6eb3 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structural and enzymatic characterization of an esterase from a metagenomic library | |||||||||||||||
![]() | Est1 | |||||||||||||||
![]() | HYDROLASE / apha-beta hydrolase / esterase / metagenomic | |||||||||||||||
Function / homology | GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / 2-hydroxypropane-1,3-diyl dibutanoate / 1,3-dihydroxypropan-2-yl butanoate / PHOSPHATE ION![]() | |||||||||||||||
Biological species | metagenome (others) | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Guzzo, C.R. / Carvalho, C.F. / Teixeira, R.D. / Farah, C.S. | |||||||||||||||
Funding support | ![]()
| |||||||||||||||
![]() | ![]() Title: Functional and Structural characterisation of an Esterase from Amazonian Dark Soil Authors: Guzzo, C.R. / Maciel, N.K. / Barbosa, A.S. / Farah, C.S. | |||||||||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 422 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 347.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 528.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 538.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 42.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 59.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2xuaS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 268 / Label seq-ID: 1 - 268
NCS ensembles :
|
-
Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 29342.895 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) metagenome (others) |
---|
-Non-polymers , 8 types, 407 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/J3J.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/J3G.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/ABU.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/J3J.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/J3G.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/ABU.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-J3J / | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-J3G / | #6: Chemical | ChemComp-PO4 / | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-SO4 / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.14 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 0.1 Bis-Tris, pH 6.5, 0.1 M NaCl, 1.3 M (NH4)2SO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Mar 14, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→30 Å / Num. obs: 50655 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.7 % / CC1/2: 0.77 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 13.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.38 Å / Redundancy: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rpim(I) all: 0.4 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2XUA Resolution: 2.35→19.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 15.418 / SU ML: 0.186 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.454 / ESU R Free: 0.249 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.385 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.35→19.87 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|