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- PDB-6t6z: Structure of the Bottromycin epimerase BotH in complex with a bot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t6z
タイトルStructure of the Bottromycin epimerase BotH in complex with a bottromycin A2 derivative
要素BotH
キーワードHYDROLASE / Bottromycin / RiPP / Epimerase / ABH
機能・相同性alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / metal ion binding / Bottromycin A2 derivative / BotH
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. BC16019 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Koehnke, J. / Sikandar, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationKO 4116/3-1 ドイツ
引用
ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: The bottromycin epimerase BotH defines a group of atypical alpha / beta-hydrolase-fold enzymes.
著者: Sikandar, A. / Franz, L. / Adam, S. / Santos-Aberturas, J. / Horbal, L. / Luzhetskyy, A. / Truman, A.W. / Kalinina, O.V. / Koehnke, J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
履歴
登録2019年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BotH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9452
ポリマ－33,0901
非ポリマー8551
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.716, 79.530, 89.032
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

HOH

21A-496-

HOH

31A-498-

HOH

41A-503-

HOH

51A-559-

HOH

61A-595-

HOH

71A-602-

HOH

81A-639-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 BotH


分子量: 33089.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. BC16019 (バクテリア)
遺伝子: botH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: K4MHV9
#2: 化合物 ChemComp-MRB / Bottromycin A2 derivative


分子量: 855.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H62N8O7S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MES, ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→44.52 Å / Num. obs: 26141 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 17.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.778 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1362 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6T6H

6t6h


解像度: 1.7→44.52 Å / SU ML: 0.1643 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.1662 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2073 1295 4.96 %
Rwork0.1694 24840 -
obs0.1712 26135 98.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→44.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1929 0 59 246 2234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00522046
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90192780
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0497295
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053375
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.30421175
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.770.2881500.2462702X-RAY DIFFRACTION98.58
1.77-1.850.23631320.22722753X-RAY DIFFRACTION98.84
1.85-1.950.26271580.20432694X-RAY DIFFRACTION99.06
1.95-2.070.20821540.17042730X-RAY DIFFRACTION99.11
2.07-2.230.22181560.15992719X-RAY DIFFRACTION98.8
2.23-2.450.19651320.15382765X-RAY DIFFRACTION99.11
2.45-2.810.18811320.15432795X-RAY DIFFRACTION99.66
2.81-3.540.18641430.16172808X-RAY DIFFRACTION99.53
3.54-44.520.1981380.16362874X-RAY DIFFRACTION97.26
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.39437637550.23841325707-0.1578870225873.365861364920.1049028529421.378703857140.0578648215663-0.1791873264540.02650205868280.0358940548679-0.1452134706660.3104821091140.0105994626911-0.08773302556540.04281656694590.1561443149440.01124189161540.005077899356250.165244987132-0.006285324898440.127797332648-27.7555221992-3.88060584651-6.22327464079
21.58095663295-0.4252271456130.3534397773711.96333399662-0.4866019663894.404666955540.0222698277586-0.0818707124961-0.0916807268584-0.01248251034210.04345033812780.110525373350.175237239581-0.189672913619-0.04594487719120.1109161424380.00723948778217-0.002025814367080.1322193792740.003087317776310.134507009888-26.0500628824-15.5603277547-12.3765696292
33.030960493422.94800432979-3.786636000796.67346004466-3.149269840244.82943713958-0.1053393715290.159053140850.287184866414-0.1766991690040.1903206963290.2980751599370.117193399022-0.111568248404-0.07588721363920.1297897544780.0222881125462-0.02633229214290.129987360471-0.007842917618820.146525567318-23.58742398792.55004038779-15.8515709108
43.97614834824-0.212310914786-0.7882135310242.53955099174-1.492246448315.907465137360.0360395295904-0.251185877073-0.05904664249640.23342611009-0.177333979329-0.01918880540330.0250936423150.2221702858650.1191004664190.1544292420620.0183176505704-0.01710839423190.124609807592-0.03270695305240.114827069774-18.2861710666-5.21576342469-4.9256031289
52.16205956036-0.4517605516660.2981441371081.72510426043-0.2156911168851.37504708887-0.04256713591490.008978600121920.0285331451281-0.08090278176340.00716437572163-0.167714810826-0.009065977857490.1090802208360.03519840595130.1102384660280.0174564582912-0.004706666588640.107017057018-0.005253519639080.14499294784-11.6863622128-10.6230049686-14.5746142931
62.11436827451-0.03493704854060.5323712469652.822531214520.2770930776511.28199405687-0.06038392948350.5460493159630.196711077011-0.376678520165-0.08486287006020.0459174791704-0.001855620248260.3570026379020.06957661283040.2179558071880.02308708347720.01292453756330.2593741778920.02863557400020.145784838957-21.6798438742-0.253775714405-33.1632810539
71.99078698908-2.439506472510.2513967995687.598279280233.24575072693.893313015210.1040832900880.153375024437-0.0227360077328-0.210410397433-0.125982262742-0.09599536452980.0653043057442-0.0377706259579-0.001122338558230.151225674497-0.003067136457520.01586276351560.157582197118-0.003705400162830.154718006863-27.846873704-9.51281748233-27.6582906784
82.89032326508-2.20738370641.726530998793.16645225665-2.046054745442.7580801065-0.118847807809-0.09711335394710.2490573799840.157456902990.00935760065278-0.371429437545-0.1874968046170.1928639114510.1053274391820.154028395739-0.01352555835680.002990667288280.166819811023-0.02309612324190.145660613914-10.4014623695-3.57860569562-16.323915318
92.624911451010.9337490297290.4850022764111.605725770350.7701950597622.08946453656-0.08311306322030.0702307870265-0.0572837986836-0.0268758411490.128914465958-0.1407980211790.1142148191030.171437690957-0.03611106462750.1313572278250.03549912386650.006625771555080.1327351628840.001603922443120.15494517052-7.35577832678-19.6313926684-22.0101839443
102.142936375320.429728828961-1.550006296493.06510294909-2.968630532738.07054605299-0.266991518810.0190059114088-0.146203575119-0.243638831953-0.0308960859835-0.2085639851960.560923507446-0.14406943060.2451612219220.1906902104510.019445192297-0.001317269318120.126540759398-0.02757534434420.158470778753-19.2696433115-23.1913600369-19.7897485622
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 28 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 29 through 65 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 66 through 83 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 102 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 103 through 141 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 142 through 167 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 168 through 182 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 183 through 208 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 209 through 242 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 243 through 262 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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