PDB-4x00: X-ray crystal structure of a putative aryl esterase from Burkhold...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x00

タイトル

X-ray crystal structure of a putative aryl esterase from Burkholderia cenocepacia

要素

Putative hydrolase

キーワード

HYDROLASE / aryl esterase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.38 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: X-ray crystal structure of a putative aryl esterase from Burkholderia cenocepacia
著者: Fairman, J.W. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.

履歴

登録	2014年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x00.cif.gz	449 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x00.ent.gz	365.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x00.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/4x00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/4x00	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5y57-6 4gec-1 4l0c-4 5yz7-1 6qe2-2 4jym-2 6qe2-1 4geg-2 3w05-1 3wio-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BuceA.00095.a

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

その他のデータベース

TargetTrack: SSGCID-BuceA.00095.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative hydrolase

B: Putative hydrolase

C: Putative hydrolase

D: Putative hydrolase

ヘテロ分子

126 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Putative hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Putative hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Putative hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Putative hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.720, 80.370, 99.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.070, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

biological unit is a monomer

#1: タンパク質	Putative hydrolase 分子量: 31158.381 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 28-302 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610 遺伝子: BCAL2527 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4E794
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド分子量: 18.998 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.72 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: MCSG1 H1: 0.2 M potassium fluoride, 20% PEG3350, BuceA.00095.a.B1.PW37307 at 26.4 mg/ml

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月13日

放射

モノクロメーター: DIAMOND[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

Reflection

数: 959091 / R_merge(I) obs: 0.11 / Χ²: 1.07 / D res high: 2 Å / Num. obs: 138657 / % possible obs: 99.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	ID	R_merge(I) obs
2	2.05	9748	1	0.309
2.05	2.11	9910	1	0.274
2.11	2.17	9737	1	0.266
2.17	2.24	9485	1	0.392
2.24	2.31	9135	1	0.368
2.31	2.39	8860	1	0.214
2.39	2.48	8647	1	0.167
2.48	2.58	8310	1	0.149
2.58	2.7	7893	1	0.139
2.7	2.83	7587	1	0.119
2.83	2.98	7249	1	0.102
2.98	3.16	6838	1	0.087
3.16	3.38	6394	1	0.073
3.38	3.65	5988	1	0.078
3.65	4	5484	1	0.086
4	4.47	4949	1	0.058
4.47	5.16	4386	1	0.054
5.16	6.32	3657	1	0.058
6.32	8.94	2863	1	0.052

反射

解像度: 1.38→50 Å / Num. all: 211621 / Num. obs: 211257 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.76 % / B_iso Wilson estimate: 11.06 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 0.974 / Net I/σ(I): 14.95 / Num. measured all: 795627

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.38-1.42		0.793	0.576	2.27	57432	15566	15535	0.675	99.8
1.42-1.45		0.847	0.466	2.81	56434	15255	15230	0.546	99.8
1.45-1.5		0.898	0.374	3.5	54950	14787	14760	0.438	99.8
1.5-1.54		0.93	0.299	4.33	53424	14329	14311	0.35	99.9
1.54-1.59		0.951	0.24	5.33	51974	13911	13891	0.281	99.9
1.59-1.65		0.964	0.203	6.34	50682	13510	13491	0.237	99.9
1.65-1.71		0.975	0.166	7.69	48926	13017	12992	0.193	99.8
1.71-1.78		0.982	0.135	9.3	47251	12527	12509	0.158	99.9
1.78-1.86		0.988	0.109	11.42	45354	11996	11973	0.127	99.8
1.86-1.95		0.992	0.084	14.37	43631	11510	11499	0.098	99.9
1.95-2.06		0.995	0.065	17.99	41563	10946	10936	0.076	99.9
2.06-2.18		0.997	0.054	21.59	39269	10321	10315	0.063	99.9
2.18-2.33		0.997	0.046	24.87	37108	9742	9735	0.054	99.9
2.33-2.52		0.998	0.04	28.59	34579	9077	9068	0.047	99.9
2.52-2.76		0.998	0.037	31.38	31850	8353	8340	0.043	99.8
2.76-3.09		0.998	0.033	35.47	28697	7532	7523	0.038	99.9
3.09-3.56		0.999	0.027	40.71	25476	6693	6681	0.032	99.8
3.56-4.36		0.999	0.024	44.8	21587	5671	5655	0.028	99.7
4.36-6.17		0.999	0.024	45.95	16715	4413	4405	0.028	99.8
	6.17	0.999	0.023	46.01	8725	2465	2408	0.027	97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.38→46.025 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1662	10430	4.94 %	RANDOM
R_work	0.1367	200809	-	-
obs	0.1381	211239	99.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 58.26 Å² / B_iso mean: 16.6079 Å² / B_iso min: 6.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.38→46.025 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8278	0	77	1289	9644
B_iso mean	-	-	25.77	28.07	-
残基数	-	-	-	-	1090

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	8774
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.291	11980
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1345
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1569
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.634	3235

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.38-1.3956	0.2428	355	0.1956	6617	6972	100
1.3956-1.412	0.2564	329	0.2024	6694	7023	100
1.412-1.4293	0.2324	356	0.1917	6681	7037	100
1.4293-1.4473	0.2272	365	0.1713	6630	6995	100
1.4473-1.4664	0.1994	366	0.1691	6631	6997	100
1.4664-1.4865	0.1952	376	0.1631	6717	7093	100
1.4865-1.5077	0.2012	350	0.1532	6622	6972	100
1.5077-1.5302	0.1819	375	0.1429	6651	7026	100
1.5302-1.5541	0.1817	347	0.1391	6689	7036	100
1.5541-1.5796	0.172	334	0.1308	6664	6998	100
1.5796-1.6069	0.1695	326	0.1298	6717	7043	100
1.6069-1.6361	0.1848	366	0.1305	6657	7023	100
1.6361-1.6675	0.1798	352	0.1242	6623	6975	100
1.6675-1.7016	0.1835	345	0.1227	6727	7072	100
1.7016-1.7386	0.1704	324	0.1218	6665	6989	100
1.7386-1.779	0.1543	341	0.1221	6703	7044	100
1.779-1.8235	0.1682	296	0.122	6759	7055	100
1.8235-1.8728	0.171	341	0.1263	6686	7027	100
1.8728-1.9279	0.1772	330	0.1263	6703	7033	100
1.9279-1.9902	0.158	334	0.1255	6730	7064	100
1.9902-2.0613	0.1558	335	0.1264	6711	7046	100
2.0613-2.1438	0.16	372	0.1264	6664	7036	100
2.1438-2.2414	0.1535	356	0.1224	6674	7030	100
2.2414-2.3596	0.1673	330	0.1326	6772	7102	100
2.3596-2.5074	0.1573	335	0.133	6683	7018	100
2.5074-2.701	0.1718	369	0.138	6712	7081	100
2.701-2.9727	0.167	383	0.1435	6719	7102	100
2.9727-3.4028	0.1477	345	0.1434	6700	7045	100
3.4028-4.2867	0.1496	353	0.134	6786	7139	100
4.2867-46.0501	0.1444	344	0.1386	6822	7166	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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