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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6t48 | ||||||||||||
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タイトル | Bovine enterovirus F3 in complex with glutathione and a Cysteinylglycine dipeptide | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / enterovirus F3 / enterovirus capsid assembly / glutathione / Cys-Gly dipeptide | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 picornain 2A / protein complex oligomerization / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / monoatomic ion channel activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane ...picornain 2A / protein complex oligomerization / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / monoatomic ion channel activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Enterovirus F (エンテロウイルス) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Duyvesteyn, H.M.E. / Ren, J. / Walter, T.S. / Fry, E.E. / Stuart, D.I. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020 タイトル: Glutathione facilitates enterovirus assembly by binding at a druggable pocket. 著者: Duyvesteyn, H.M.E. / Ren, J. / Walter, T.S. / Fry, E.E. / Stuart, D.I. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6t48.cif.gz | 188.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6t48.ent.gz | 146.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6t48.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6t48_validation.pdf.gz | 857.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6t48_full_validation.pdf.gz | 864 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6t48_validation.xml.gz | 37.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6t48_validation.cif.gz | 54.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/6t48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/6t48 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
-タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 30247.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterovirus F (エンテロウイルス) 参照: UniProt: Q2LKZ0, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 26757.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterovirus F (エンテロウイルス) 参照: UniProt: Q2LKZ0, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase |
#3: タンパク質 | 分子量: 27149.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterovirus F (エンテロウイルス) 参照: UniProt: Q2LKZ0, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase |
#4: タンパク質 | 分子量: 7705.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterovirus F (エンテロウイルス) 参照: UniProt: Q2LKZ0, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase |
-非ポリマー , 9種, 629分子
#5: 化合物 | ChemComp-CYS / | ||||||||||
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#6: 化合物 | ChemComp-STE / | ||||||||||
#7: 化合物 | ChemComp-GSH / | ||||||||||
#8: 化合物 | ChemComp-SO4 / #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-K / #11: 化合物 | ChemComp-GLY / | #12: 化合物 | #13: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5 M Ammonium Sulfate and 0.1 M Tris at pH 8.5 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.17→20 Å / Num. obs: 908128 / % possible obs: 82.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.374 / Rpim(I) all: 0.187 / Net I/σ(I): 5.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.17→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.798 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 37002 / CC1/2: 0.275 / Rpim(I) all: 0.787 / % possible all: 68 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5OSN 解像度: 2.17→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 32369612.68 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED.
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溶媒の処理 | Bsol: 35.72 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.17→19.98 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.17→2.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Total num. of bins used: 6
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