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万見
- PDB-6t3k: Structure of Oceanobacillus iheyensis group II intron G-mutant (C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t3k
タイトルStructure of Oceanobacillus iheyensis group II intron G-mutant (C289G/C358G/G385C) in the presence of K+, Mg2+ and 5'-exon
要素(Group IIC Intron ...) x 2
キーワードRNA / Ribozyme / Self-splicing / Retrotransposition / Spliceosome
機能・相同性: / SPERMINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Oceanobacillus iheyensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.44 Å
データ登録者Marcia, M. / Pyle, A.M.
資金援助 フランス, 米国, 3件
組織認可番号国
Other governmentANR-10-INSB-05-02 フランス
Other governmentANR-10-LABX-49-01 フランス
Howard Hughes Medical Institute 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Visualizing group II intron dynamics between the first and second steps of splicing.
著者: Manigrasso, J. / Chillon, I. / Genna, V. / Vidossich, P. / Somarowthu, S. / Pyle, A.M. / De Vivo, M. / Marcia, M.
履歴
登録2019年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Group IIC Intron Ribozyme
B: Group IIC Intron Ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,09852
ポリマ－129,2352
非ポリマー2,86350
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9450 Å2
ΔGint-267 kcal/mol
Surface area56780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.659, 95.453, 224.978
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Group IIC Intron ... , 2種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 Group IIC Intron Ribozyme


分子量: 126651.008 Da / 分子数: 1 / 断片: domains 1-5 / 変異: C289G/C358G/G385C / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcription system / 由来: (合成) Oceanobacillus iheyensis (バクテリア)
#2: RNA鎖 Group IIC Intron Ribozyme


分子量: 2583.569 Da / 分子数: 1 / 断片: 5'-exon / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcription system / 由来: (合成) Oceanobacillus iheyensis (バクテリア)

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非ポリマー , 5種, 88分子

#3: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.6 % / Mosaicity: 0.19 °
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50 mM Na-HEPES pH 7.0, 100 mM magnesium acetate, 150 mM potassium chloride, 10 mM lithium chloride, 4% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月10日
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SI(220) SIDE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.44→48.46 Å / Num. obs: 24334 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.3 % / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.081 / Rsym value: 0.053 / Net I/av σ(I): 9.7 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRsym value% possible allRrim(I) all
3.44-3.633.21.5080.435280.8621.50895
3.63-3.8530.6411.130750.4590.64187.50.802
3.85-4.113.20.3042.329460.2370.30488.90.422
4.11-4.443.40.1415.430740.0970.14198.70.186
4.44-4.873.30.0781027940.0550.07897.30.103
4.87-5.443.40.04716.224950.0340.04795.40.065
5.44-6.283.40.03323.222850.0250.03398.60.047
6.28-7.693.20.02429.418570.0210.02494.90.039
7.69-10.883.40.01641.115050.0120.01696.90.023
10.88-48.4583.20.01530.67750.0110.01587.30.021

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSVERSION March 30, 2013データ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FAR

4far


解像度: 3.44→48.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 70.519 / SU ML: 0.497 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.582
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2571 1201 5.1 %RANDOM
Rwork0.2092 ---
obs0.2117 22183 89.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 381.33 Å2 / Biso mean: 128.376 Å2 / Biso min: 36.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.66 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.94 Å2-0 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.44→48.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 8478 101 38 8617
Biso mean--87.43 67.54 -
残基数----395
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0119552
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8941.28114877
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.67739526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.21576
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024788
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022130
LS精密化 シェル解像度: 3.441→3.529 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.596 80 -
Rwork0.563 1491 -
all-1571 -
obs--83.12 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.848 Å / Origin y: 9.124 Å / Origin z: 475.56 Å
111213212223313233
T0.3585 Å2-0.0463 Å20.0469 Å2-0.2741 Å20.0653 Å2--0.2319 Å2
L0.6536 °2-0.9155 °2-0.7453 °2-2.7145 °21.0415 °2--1.7158 °2
S-0.1941 Å °-0.265 Å °-0.1528 Å °0.7427 Å °0.1074 Å °0.1763 Å °0.2599 Å °0.1096 Å °0.0866 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 390
2X-RAY DIFFRACTION1B-4 - 0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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