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- PDB-6t1f: Crystal structure of the C-terminally truncated chromosome-partit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t1f
タイトルCrystal structure of the C-terminally truncated chromosome-partitioning protein ParB from Caulobacter crescentus complexed to the centromeric parS site
要素
  • Chromosome-partitioning protein ParB
  • DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*C)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN / chromosome segregation / chromosome maintenance / protein-DNA recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ParB/Spo0J, HTH domain / HTH domain found in ParB protein / ParB/RepB/Spo0J partition protein / ParB/Sulfiredoxin domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Chromosome-partitioning protein ParB
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Jalal, A.S.B. / Pastrana, C.L. / Tran, N.T. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Moreno-Herrero, F. / Le, T.B.K.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
Royal SocietyUF140053 英国
Royal SocietyRG150448 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/P018165/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBBS/E/J/000C0683 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/P012523/1 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: A CTP-dependent gating mechanism enables ParB spreading on DNA.
著者: Jalal, A.S. / Tran, N.T. / Stevenson, C.E. / Chimthanawala, A. / Badrinarayanan, A. / Lawson, D.M. / Le, T.B.
履歴
登録2019年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromosome-partitioning protein ParB
B: Chromosome-partitioning protein ParB
C: Chromosome-partitioning protein ParB
D: Chromosome-partitioning protein ParB
E: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*C)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,1058
ポリマ－139,1058
非ポリマー00
水00
1
A: Chromosome-partitioning protein ParB
B: Chromosome-partitioning protein ParB
E: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5524
ポリマ－69,5524
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6310 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area25210 Å2
手法PISA
2
C: Chromosome-partitioning protein ParB
D: Chromosome-partitioning protein ParB
G: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5524
ポリマ－69,5524
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6060 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area25430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.250, 172.928, 72.852
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.540, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D
17E
27F
18E
28G
19E
29H
110F
210G
111F
211H
112G
212H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERASNASNAA44 - 23834 - 228
21SERSERASNASNBB44 - 23834 - 228
12SERSERASNASNAA44 - 23834 - 228
22SERSERASNASNCC44 - 23834 - 228
13SERSERALAALAAA44 - 23634 - 226
23SERSERALAALADD44 - 23634 - 226
14SERSERASNASNBB44 - 23834 - 228
24SERSERASNASNCC44 - 23834 - 228
15SERSERLYSLYSBB44 - 23534 - 225
25SERSERLYSLYSDD44 - 23534 - 225
16SERSERALAALACC44 - 23634 - 226
26SERSERALAALADD44 - 23634 - 226
17DGDGDCDCEE1 - 221 - 22
27DGDGDCDCFF1 - 221 - 22
18DGDGDCDCEE1 - 221 - 22
28DGDGDCDCGG1 - 221 - 22
19DGDGDCDCEE1 - 221 - 22
29DGDGDCDCHH1 - 221 - 22
110DGDGDCDCFF1 - 221 - 22
210DGDGDCDCGG1 - 221 - 22
111DGDGDCDCFF1 - 221 - 22
211DGDGDCDCHH1 - 221 - 22
112DGDGDCDCGG1 - 221 - 22
212DGDGDCDCHH1 - 221 - 22

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

#1: タンパク質
Chromosome-partitioning protein ParB


分子量: 28024.861 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The expressed protein comprised residues 11-254 of the wild-type sequence with a C-terminal nickel affinity tag of sequence KLAAALEHHHHHH from the pET21b expression plasmid
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (strain NA1000 / CB15N) (バクテリア)
株: NA1000 / CB15N / 遺伝子: parB, CCNA_03868 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / Variant (発現宿主): Solu / 参照: UniProt: B8GW30
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*C)-3')


分子量: 6751.378 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: Palindromic DNA sequence similar to the parS sequence from Caulobacter vibriodes without 5' phosphates.
由来: (合成) Caulobacter vibrioides (バクテリア)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: NULL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.916 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→172.93 Å / Num. obs: 29654 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.146 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 198135 / Scaling rejects: 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.9-3.087.11.5263388847750.6770.6141.6461.4100
8.7-172.9360.057675511300.9960.0250.06226.599.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSNov11-2017データ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UMK

4umk


解像度: 2.9→72.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 50.975 / SU ML: 0.405 / SU R Cruickshank DPI: 0.3707 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.391
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2626 1466 4.9 %RANDOM
Rwork0.2395 ---
obs0.2407 28155 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 150.93 Å2 / Biso mean: 84.719 Å2 / Biso min: 49.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.39 Å20 Å2-0.64 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3---3.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→72.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5371 1792 0 0 7163
残基数----851
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0137443
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0185771
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0451.51510510
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9941.87613430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6995756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.73721.377247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.73815788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.3421546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.21057
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021309
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A45810.12
12B45810.12
21A52310.1
22C52310.1
31A44560.1
32D44560.1
41B47940.12
42C47940.12
51B46730.07
52D46730.07
61C46120.12
62D46120.12
71E20400.02
72F20400.02
81E20420.02
82G20420.02
91E20400.02
92H20400.02
101F20370.02
102G20370.02
111F20500.01
112H20500.01
121G20340.02
122H20340.02
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 102 -
Rwork0.366 2083 -
all-2185 -
obs--99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5677-0.4871.53392.3044-0.42822.00020.1155-0.3044-0.57190.05710.0052-0.14330.11680.0996-0.12080.6567-0.0320.0520.70410.01140.2398-25.0317-4.6892110.5387
20.7506-1.0937-0.33953.92921.06060.63420.0920.0636-0.1726-0.0846-0.0652-0.65190.30260.1724-0.02680.83930.07130.01540.9192-0.02180.4396-17.4133-3.8680.4248
35.3468-0.5298-1.41632.5270.362.36850.0874-0.15590.84320.0344-0.00350.144-0.1308-0.1082-0.08390.5374-0.0618-0.01580.5773-0.02370.1888-59.342942.413382.7239
41.7886-2.29421.05973.2169-1.26671.60110.13040.0423-0.0934-0.1906-0.03310.4909-0.1385-0.1968-0.09731.0852-0.06810.02111.16820.02990.5378-65.754242.125652.2747
51.33290.4242-1.38861.6506-0.91444.79610.1509-0.02690.1555-0.06980.08870.1534-0.3915-0.3872-0.23960.49320.02460.01270.6736-0.03080.0285-33.07549.325993.8821
61.08110.1082-0.13221.2765-0.91166.76590.1276-0.08020.1012-0.02060.07550.1458-0.0289-0.2516-0.20310.4930.02020.03430.604-0.05860.034-33.69259.001492.5701
70.77990.15071.09991.05730.58037.18920.17870.0666-0.1165-0.13190.1661-0.13350.46380.0778-0.34470.65090.00050.04530.76540.0090.0409-50.585927.799665.8392
81.4722-0.05680.13021.37540.11146.16450.23210.051-0.0713-0.19920.1066-0.15030.30260.1845-0.33870.61040.0280.00040.634-0.02860.0372-50.009428.066264.5586
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A44 - 238
2X-RAY DIFFRACTION2B44 - 239
3X-RAY DIFFRACTION3C44 - 238
4X-RAY DIFFRACTION4D44 - 236
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 22
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 22
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 22
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 22

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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