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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6szg | ||||||
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タイトル | Acinetobacter baumannii undecaprenyl pyrophosphate synthase (AB-UppS) in complex with GR839 and GSK513 | ||||||
要素 | Ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific) | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] / polyprenyltransferase activity / di-trans,poly-cis-undecaprenyl-diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å | ||||||
データ登録者 | Thorpe, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020 タイトル: Cocktailed fragment screening by X-ray crystallography of the antibacterial target undecaprenyl pyrophosphate synthase from Acinetobacter baumannii. 著者: Thorpe, J.H. / Wall, I.D. / Sinnamon, R.H. / Taylor, A.N. / Stavenger, R.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6szg.cif.gz | 114 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6szg.ent.gz | 84.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6szg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6szg_validation.pdf.gz | 1015 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6szg_full_validation.pdf.gz | 1016 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6szg_validation.xml.gz | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6szg_validation.cif.gz | 31.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/6szg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/6szg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30904.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: ispU, uppS, uppS_2, A7M79_11260, A7M90_02080, A7N09_13955, AB719_02530, B4R90_04635, B9X91_17010, B9X95_06890, BWP00_01470, CBE85_15965, CEJ63_18040, CSB70_2045, CYQ93_09555, D3X57_15480, ...遺伝子: ispU, uppS, uppS_2, A7M79_11260, A7M90_02080, A7N09_13955, AB719_02530, B4R90_04635, B9X91_17010, B9X95_06890, BWP00_01470, CBE85_15965, CEJ63_18040, CSB70_2045, CYQ93_09555, D3X57_15480, DCD77_00905, DOL94_09555, DVA79_11950, E2535_15455, E4664_05920, EA685_17420, EA722_15190, EHF38_07755, EJB02_03910, EWO92_00565, EWO96_03250, EWP49_03250, FDF20_10270, LV38_00732, NCTC13305_00281, SAMEA104305177_04421, SAMEA104305229_03969, SAMEA104305268_02140, SAMEA104305283_01949, SAMEA104305292_00210, SAMEA104305315_07345, SAMEA104305318_03206, SAMEA104305320_02219, SAMEA104305325_00455, SAMEA104305337_07638 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) 参照: UniProt: V5VCK8, ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] #2: 化合物 | ChemComp-M2K / | #3: 化合物 | ChemComp-M2E / ( | #4: 化合物 | ChemComp-CA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.08 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200mM Calcium Acetate, 20% PEG 3350 and 20% Glycerol (+ seed crystals) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→71.342 Å / Num. obs: 37882 / % possible obs: 89.8 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 19.76 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.835→1.958 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1896 / CC1/2: 0.668 / Rrim(I) all: 0.793 / % possible all: 49 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1X07 解像度: 1.84→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU R Cruickshank DPI: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.147 / SU Rfree Blow DPI: 0.131 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.129
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原子変位パラメータ | Biso max: 115.57 Å2 / Biso mean: 23.82 Å2 / Biso min: 3 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.84→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.83→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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