[日本語] English
万見
- PDB-6sy6: TetR in complex with the TetR-binding RNA-aptamer K2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sy6
タイトルTetR in complex with the TetR-binding RNA-aptamer K2
要素
  • RNA (36-MER)
  • Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10
キーワードDNA BINDING PROTEIN / TetR / transcription regulator / aptamer / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family ...Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Grau, F.C. / Muller, Y.A. / Suess, B. / Groher, F. / Jaeger, J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: The complex formed between a synthetic RNA aptamer and the transcription repressor TetR is a structural and functional twin of the operator DNA-TetR regulator complex.
著者: Grau, F.C. / Jaeger, J. / Groher, F. / Suess, B. / Muller, Y.A.
履歴
登録2019年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10
A: Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10
D: RNA (36-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7283
ポリマ－59,7283
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area23510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.564, 96.564, 119.971
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEULEULEU(chain 'A' and (resid 4 through 5 or resid 7...AB44
12SERSERTHRTHR(chain 'A' and (resid 4 through 5 or resid 7...AB7 - 407 - 40
13TRPTRPHISHIS(chain 'A' and (resid 4 through 5 or resid 7...AB43 - 4443 - 44
14ASNASNPROPRO(chain 'A' and (resid 4 through 5 or resid 7...AB47 - 6947 - 69
15GLYGLYGLYGLY(chain 'A' and (resid 4 through 5 or resid 7...AB72 - 10272 - 102
16PROPROPROPRO(chain 'A' and (resid 4 through 5 or resid 7...AB105105
17LYSLYSVALVAL(chain 'A' and (resid 4 through 5 or resid 7...AB108 - 145108 - 145
18ASPASPGLNGLN(chain 'A' and (resid 4 through 5 or resid 7...AB148 - 149148 - 149
19GLNGLNVALVAL(chain 'A' and (resid 4 through 5 or resid 7...AB152 - 153152 - 153
110GLYGLYTHRTHR(chain 'A' and (resid 4 through 5 or resid 7...AB181 - 202181 - 202
211LEULEULEULEU(chain 'B' and (resid 4 through 5 or resid 7...BA44
212SERSERTHRTHR(chain 'B' and (resid 4 through 5 or resid 7...BA7 - 407 - 40
213TRPTRPHISHIS(chain 'B' and (resid 4 through 5 or resid 7...BA43 - 4443 - 44
214ASNASNPROPRO(chain 'B' and (resid 4 through 5 or resid 7...BA47 - 6947 - 69
215GLYGLYGLYGLY(chain 'B' and (resid 4 through 5 or resid 7...BA72 - 10272 - 102
216PROPROPROPRO(chain 'B' and (resid 4 through 5 or resid 7...BA105105
217LYSLYSVALVAL(chain 'B' and (resid 4 through 5 or resid 7...BA108 - 145108 - 145
218ASPASPGLNGLN(chain 'B' and (resid 4 through 5 or resid 7...BA148 - 149148 - 149
219GLNGLNVALVAL(chain 'B' and (resid 4 through 5 or resid 7...BA152 - 153152 - 153
220GLYGLYTHRTHR(chain 'B' and (resid 4 through 5 or resid 7...BA181 - 202181 - 202

-
要素

#1: タンパク質 Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10


分子量: 23531.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tetR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04483
#2: RNA鎖 RNA (36-MER)


分子量: 12664.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 15 % (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 0.2 M NaCl, pH 6.0, 0.1 M MES-NaOH

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月17日
放射モノクロメーター: KMC-2 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→16.11 Å / Num. obs: 14683 / % possible obs: 99.21 % / 冗長度: 20.3 % / Biso Wilson estimate: 68.05 Å2 / CC1/2: 0.975 / Rmerge(I) obs: 0.8142 / Rpim(I) all: 0.1837 / Rrim(I) all: 0.835 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.9→3.003 Å / 冗長度: 21.4 % / Rmerge(I) obs: 5.662 / Mean I/σ(I) obs: 0.47 / Num. unique obs: 1443 / CC1/2: 0.241 / Rpim(I) all: 1.248 / Rrim(I) all: 5.799 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NS7

2ns7


解像度: 2.9→16.11 Å / SU ML: 0.651 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.8972
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2882 739 5.04 %Random selection
Rwork0.2476 ---
obs0.2497 14675 99.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 75.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→16.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2856 779 0 0 3635
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00373781
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69685285
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0339622
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004544
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.98582164
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.120.45061430.39132741X-RAY DIFFRACTION99.97
3.12-3.430.34081460.32292758X-RAY DIFFRACTION99.93
3.43-3.920.29191450.25052746X-RAY DIFFRACTION99.93
3.92-4.920.26941460.21572802X-RAY DIFFRACTION100
4.92-16.110.24531590.2072889X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.037475623853.514120245012.589838706764.36750614353.920087519194.34922197374-0.4041253497630.00487083493575-0.5678048576260.896478307609-0.2636253064040.752802950827-0.1880159081760.917689052152-0.1497431088190.738075613623-0.0730920288004-0.1401438704610.555266350490.008979027063020.51267424616846.94624953172.353648130490.452349796166
25.08833762989-0.124054653318-0.3468067486182.28287540204-1.514907929725.90811447685-0.05814071962450.3403190041581.750631896780.1330908303020.00549487299743-1.21040402005-1.395290730410.410976875085-0.03417780385750.753005881544-0.09913181164560.1163717570350.4876929002260.1011097295050.70265759224537.61906044118.48588532335.5815110797
32.76942566817-0.779166723422-0.909467334052.859535415931.290710383182.77333459304-0.117852250461-0.3058588267530.3440138118710.109644427950.0920469306868-0.6076592669940.1592241387320.1593299801050.2028743627280.557004287594-0.091959161917-0.03397384491010.466668065915-0.02825031767050.99803326319434.4220464862.115890700510.693553869805
41.359627536360.803927407784-0.5193789959742.72439508524-0.9492950424790.323223281108-0.3320058308120.1572344800960.6226787476140.6888474670580.5246035695070.0242485979711.370845168640.51457022101-0.213027608761.29017742562-0.0763900471517-0.3010470771050.7886365373210.03840463106720.62412648994324.8749013034-12.0701509444-13.7043705499
53.17985299170.241677846587-1.898786198353.949913217091.532918140083.63145438816-0.28915829332-0.00938069852311-0.225298687455-0.354595011849-0.5922522280861.640324648340.118966046532-1.218496969920.5934194562320.559187896707-0.00602771171956-0.1249338463810.638696214321-0.0381746639490.99281640501423.02768049687.83299597474-1.29901867161
60.1887184221610.127418347195-0.1910178974890.00263892661385-0.06955150920370.06793315504190.4279393387480.938066656052-0.38074322004-1.10063343872-0.274189054191-0.05666738763151.661767728890.80438563169-0.06684241168431.434755606710.197806385045-0.1805504583421.01150265421-0.158600370451.058509150865.6651023044-37.0093055742-11.0208977843
71.63157842090.9681512013141.324420132284.068557669010.7190348842313.160859420080.594549830352-0.193794529317-0.0890356629606-0.252171627086-0.8426481301250.4092804809890.2494868290470.0710744491709-0.05854146557060.718826105525-0.0552941174826-0.1179232682140.6195620648670.03754034657581.1180739457462.776812992-27.02652037340.352534192776
81.106871341520.873728649221-0.7158106234381.329864039-0.9786120036130.627486508875-0.1655217595410.06609508903961.104274706110.5845194036290.5394410821760.7439293158990.2525719796550.39036353579-0.06068005916610.776092026323-0.0969449714065-0.04165411678740.603581191256-0.05330669368251.0929439032965.3959919491-9.52616727015-0.720735730646
90.758396859089-1.27087595117-0.7095729011142.19587779493-1.135377499770.3262441830630.1901921716340.160819940252-0.435689505816-0.368886981755-0.450291136279-0.07223497322630.2498452593460.2670004627190.3082373265470.688715845787-0.05531195740930.05272036786870.7255735972630.02464136937450.76648135327570.6134082841-17.51042839-10.9392227243
105.101651149290.9604394541031.168060275780.853354681154-1.390737733885.172256574031.018793675380.1230729268780.04468743508260.429613762393-0.4504856648620.5950296970350.2193250795230.586224925609-0.1237656810750.624002631665-0.1014450562620.02290970342360.5670535555020.03523744527030.72816326450372.2105724785-28.7267003504-5.79896013483
110.396343460268-1.061186342030.8814765373692.85297057053-2.231723255172.232950118941.200473226130.2167632051370.8143465762190.4922663488661.516268111711.40139236319-0.729997778686-1.48751198067-0.928325875071.152004425260.373695188988-0.0781114829731.277072373150.4904982601641.8217035337773.9144847988-41.4452818543-9.38244185429
125.629122448370.4195957908920.7928031214162.65366324915-0.7955206925182.02094694477-0.495599520894-0.6144622788060.7878871048870.4425933491340.571903785525-0.990273502165-0.6994478538710.183318281610.1972064290640.732314158882-0.0511245405047-0.05058643749940.579305770512-0.0110489003160.75972838662146.4661480254-23.385296562511.5442998604
136.56863428753-2.79466836299-1.208300005373.46400191995-0.3399171151681.327569747480.410081965906-0.71250594128-0.4572205361920.00768052871492-0.2622885392070.1531150426280.06305242657490.1304088826250.003980051966220.638600129439-0.195684775097-0.1368600997640.4541971759270.006410729669830.66178819455140.0769166326-23.41095778146.91182613182
145.07207638458-1.06083331660.06469170796073.19678242465-2.314153364382.428523879780.422626119122-0.02254621753950.782280508660.45606955427-0.107620486655-0.4555186506910.399050016335-0.397152905644-0.08320585093710.613550634086-0.1909266440240.01042373835450.625913628338-0.1031499087110.20044132966430.0793351944-9.215861465758.84003897822
155.430386714852.429611409540.8449628584484.309674478990.6480316811561.826171646850.0625637093954-0.3974732192760.288676992186-0.1150171304490.1430770475230.589252731310.0471484427563-0.214890738062-0.1421957122830.493247859217-0.09667889423780.02009293655180.4139015658340.1066962524660.70559201611825.9516565546-5.719095075532.0689692161
163.239976714250.973144061167-1.276854887163.03129428095-0.9243369351572.45304751213-0.08887651493430.205797021919-0.4892209614440.4094441006710.236058666779-0.358099964491-0.0296155178703-0.1358329662620.1266405549370.614020796982-0.0492628708422-0.03726001696260.5323727136710.08755438218790.31329395458956.96413932630.812280766654-13.1235002746
172.89810933530.208833111471-2.483953552923.22255803119-2.033513356886.77688725332-0.533180956875-0.661657692747-1.39515053412-0.835744111401-1.14677752227-0.636985393531-0.1134496566180.5191445689650.7920059226040.604881277795-0.112246421718-0.01600443413120.3896153537790.02022302397171.0444862482462.0304697742-5.18823300791-11.801591838
186.72505007259-1.351715572152.477621415641.222465453731.397959188625.16891220077-1.0662495585-0.8848174006132.00252889071-0.1463251978180.3977160812420.3941792104680.2744052878760.2323477526310.661711659880.704118892972-0.363889687930.07632095932870.3686431682460.2047301295440.53631033098168.19079510740.594801098234-6.51837614315
192.23203866024-1.64794537846-0.1043149300233.51870639396-0.4536059813480.007661254075170.245667370310.2224181120060.6048692725340.370662950845-0.1341851301130.452819175638-0.91055005567-0.001791285591240.4352003589620.703341468948-0.07808564490460.08990692411290.583257374963-0.02119649545560.12365381666751.41889808945.23310882119-5.97319681483
204.476541435570.123569479032-2.030279188864.520616018590.8719927531954.320508086360.6289209664980.04759608972491.33655514835-0.7614690759410.34465854474-0.506023546298-0.264846048954-0.166000938042-0.8066586984010.512573281005-0.085100706941-0.008911914041330.4716570889450.09016945133740.63798559633135.512692178811.7354698501-6.82343507227
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 96 through 106 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 107 through 126 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 127 through 152 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 153 through 182 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 183 through 203 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 2 through 6 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 7 through 11 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 12 through 16 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 17 through 31 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 32 through 36 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 37 through 37 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 3 through 26 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 27 through 74 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 75 through 100 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 101 through 203 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 3 through 24 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 25 through 34 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 35 through 47 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 48 through 63 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 64 through 95 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る