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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6sxa | ||||||
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タイトル | XPF-ERCC1 Cryo-EM Structure, Apo-form | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / DNA Repair enzyme. Nucleotide excision repair | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of double-stranded telomeric DNA binding / positive regulation of t-circle formation / negative regulation of telomere maintenance / pyrimidine dimer repair by nucleotide-excision repair / telomeric DNA-containing double minutes formation / ERCC4-ERCC1 complex / negative regulation of protection from non-homologous end joining at telomere / syncytium formation / nucleotide-excision repair factor 1 complex / nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair ...negative regulation of double-stranded telomeric DNA binding / positive regulation of t-circle formation / negative regulation of telomere maintenance / pyrimidine dimer repair by nucleotide-excision repair / telomeric DNA-containing double minutes formation / ERCC4-ERCC1 complex / negative regulation of protection from non-homologous end joining at telomere / syncytium formation / nucleotide-excision repair factor 1 complex / nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair / nucleotide-excision repair complex / t-circle formation / resolution of meiotic recombination intermediates / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / response to sucrose / UV protection / mitotic recombination / post-embryonic hemopoiesis / isotype switching / UV-damage excision repair / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / oogenesis / TFIID-class transcription factor complex binding / response to X-ray / response to immobilization stress / replicative senescence / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / embryonic organ development / response to cadmium ion / interstrand cross-link repair / response to UV / telomere maintenance / response to nutrient / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / DNA endonuclease activity / regulation of autophagy / determination of adult lifespan / nucleotide-excision repair / promoter-specific chromatin binding / Fanconi Anemia Pathway / double-strand break repair via homologous recombination / multicellular organism growth / Dual Incision in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / double-strand break repair via nonhomologous end joining / Dual incision in TC-NER / male gonad development / cellular response to UV / single-stranded DNA binding / spermatogenesis / response to oxidative stress / cell population proliferation / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Jones, M.L. / Briggs, D.C. / McDonald, N.Q. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structures of the XPF-ERCC1 endonuclease reveal how DNA-junction engagement disrupts an auto-inhibited conformation. 著者: Morgan Jones / Fabienne Beuron / Aaron Borg / Andrea Nans / Christopher P Earl / David C Briggs / Ambrosius P Snijders / Maureen Bowles / Edward P Morris / Mark Linch / Neil Q McDonald / 要旨: The structure-specific endonuclease XPF-ERCC1 participates in multiple DNA damage repair pathways including nucleotide excision repair (NER) and inter-strand crosslink repair (ICLR). How XPF-ERCC1 is ...The structure-specific endonuclease XPF-ERCC1 participates in multiple DNA damage repair pathways including nucleotide excision repair (NER) and inter-strand crosslink repair (ICLR). How XPF-ERCC1 is catalytically activated by DNA junction substrates is not currently understood. Here we report cryo-electron microscopy structures of both DNA-free and DNA-bound human XPF-ERCC1. DNA-free XPF-ERCC1 adopts an auto-inhibited conformation in which the XPF helical domain masks the ERCC1 (HhH) domain and restricts access to the XPF catalytic site. DNA junction engagement releases the ERCC1 (HhH) domain to couple with the XPF-ERCC1 nuclease/nuclease-like domains. Structure-function data indicate xeroderma pigmentosum patient mutations frequently compromise the structural integrity of XPF-ERCC1. Fanconi anaemia patient mutations in XPF often display substantial in-vitro activity but are resistant to activation by ICLR recruitment factor SLX4. Our data provide insights into XPF-ERCC1 architecture and catalytic activation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6sxa.cif.gz | 174.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6sxa.ent.gz | 132.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6sxa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6sxa_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6sxa_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6sxa_validation.xml.gz | 36.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6sxa_validation.cif.gz | 52.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/6sxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/6sxa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 104636.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC4, ERCC11, XPF 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q92889, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 32598.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P07992 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 2D ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ERCC1/XPF complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.8 詳細: 20 mM HEPES pH 7.8, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP, 0.01% CHAPS |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Calibrated defocus min: 900 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 4500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 63 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 15315 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 2-17 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / バージョン: 2 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 405339 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT |