PDB-6xrf: EagT6 Tse6 NT complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xrf

タイトル

EagT6 Tse6 NT complex

要素

Effector EagT6
PAAR motif family protein

キーワード

CHAPERONE / EagT6 / Tse6 / Type VI secretion / T6SS

機能・相同性

機能・相同性情報

protein secretion by the type VI secretion system / NAD+ glycohydrolase / toxin sequestering activity / NADP+ nucleosidase activity / NAD+ nucleosidase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.56 Å

データ登録者

Sachar, K. / Ahmad, S. / Whitney, J.C. / Prehna, G.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural basis for effector transmembrane domain recognition by type VI secretion system chaperones.
著者: Ahmad, S. / Tsang, K.K. / Sachar, K. / Quentin, D. / Tashin, T.M. / Bullen, N.P. / Raunser, S. / McArthur, A.G. / Prehna, G. / Whitney, J.C.

履歴

登録	2020年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xrf.cif.gz	700.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xrf.ent.gz	492.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xrf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6xrf_validation.pdf.gz	493.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xrf_full_validation.pdf.gz	513 KB	表示
XML形式データ	6xrf_validation.xml.gz	39.9 KB	表示
CIF形式データ	6xrf_validation.cif.gz	54.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/6xrf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/6xrf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6xrbC 6xrrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6v4c-d 4mld-1 6vdt-d 3k6x-2 1acd-1 4ml3-2 4bie-2 2j0t-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Effector EagT6

B: Effector EagT6

C: PAAR motif family protein

D: Effector EagT6

E: Effector EagT6

F: PAAR motif family protein

G: Effector EagT6

H: Effector EagT6

I: PAAR motif family protein

119 kDa, 9 ポリマー
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1

A: Effector EagT6

B: Effector EagT6

C: PAAR motif family protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
39.5 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Effector EagT6

E: Effector EagT6

F: PAAR motif family protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.5 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Effector EagT6

H: Effector EagT6

I: PAAR motif family protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.5 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.951, 68.951, 173.054
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂
Space group name Hall	P3₂
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3

#1: タンパク質	Effector EagT6 分子量: 16653.855 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: eagT6, PA0094 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I738
#2: タンパク質	PAAR motif family protein 分子量: 6220.067 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: CSB93_1337, DY940_01595 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R3IMB8, UniProt: Q9I739*PLUS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.59 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20 mg/mL EagT6:Tse6(NT) with a 1:1 mixture of 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Bis-TRIS pH 5.5, and 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→28.84 Å / Num. obs: 29267 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 55.48 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_rim(I) all: 0.183 / Net I/σ(I): 6.89
反射シェル	解像度: 2.55→2.66 Å / 冗長度: 4.26 % / Num. unique obs: 2832 / CC_1/2: 0.502 / R_rim(I) all: 1.98 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築
REFMAC	7.0.078	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.56→28.84 Å / SU ML: 0.3853 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.9456
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2682	1532	5.25 %
R_work	0.2295	27650	-
obs	0.2316	29182	98.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.56→28.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7827	0	0	248	8075

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0038	8018
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7243	10918
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0456	1207
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0037	1436
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.77	2916

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.56-2.65	0.3882	124	0.3507	2394	X-RAY DIFFRACTION	92.85
2.65-2.74	0.3669	98	0.3238	2529	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.74-2.85	0.3096	138	0.2977	2531	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.85-2.98	0.3228	172	0.2883	2486	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.98-3.14	0.338	175	0.2809	2542	X-RAY DIFFRACTION	99.63
3.14-3.33	0.2758	130	0.2366	2519	X-RAY DIFFRACTION	99.77
3.33-3.59	0.2613	168	0.2101	2508	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.59-3.95	0.2377	126	0.2232	2553	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.95-4.52	0.2463	126	0.1996	2530	X-RAY DIFFRACTION	99.44
4.52-5.68	0.2152	140	0.192	2536	X-RAY DIFFRACTION	99.33
5.69-28.84	0.2741	135	0.2179	2522	X-RAY DIFFRACTION	99.51

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.36699804917	0.809264521262	-2.59555111591	1.84961438114	-0.869439114286	4.80764474853	-0.119378296868	1.18367227596	-0.567354693775	-0.29503041832	-0.329729515688	0.667396704631	2.45707289349	-0.274760830135	0.315520549894	1.18344539031	-0.0226666752623	0.0526762415514	0.324433445338	0.0153239697627	0.532636360123	-4.55473426701	-50.419446667	19.9034498974
2	8.35890440282	-0.698239902601	-1.2308300912	4.40701197279	0.954857062886	4.4408401788	0.832215634349	1.51803540283	-0.470052971896	0.03242510894	-0.723293219074	-0.285625212129	-0.562705313292	-0.362592185342	-0.126000580341	0.410670412701	0.10646617105	-0.122265768949	0.297933779275	0.0645941299317	0.334531515868	0.73643986675	-40.6342963275	12.7203256084
3	1.13659048956	-1.49466706473	0.437088985455	4.25344983177	0.0412832321334	4.60105480064	-0.347133085329	0.0710148622943	0.206421129078	-0.614548268655	0.315055078742	0.309116074771	0.322043670348	-0.477389855395	-0.117468875706	0.40613126811	-0.0781910920187	-0.0208599695202	0.323515705947	0.0256376277495	0.462128017494	-3.86130420124	-37.6821255637	0.240514641921
4	3.6037761435	1.27566396563	-0.861647386154	7.86363644572	-3.67991030811	4.65666534947	-0.203907267145	0.912630338976	0.229811780257	-1.14802016013	0.434503405961	0.307893015141	0.701950033697	-0.334076609646	-0.300576464807	0.5686351657	-0.199746813516	-0.0161039690345	0.474290475477	0.00900478231948	0.407549264203	0.228740953102	-35.7203502362	-5.67297954092
5	3.15342317957	0.458212553717	-0.0929564806144	4.69924279813	-1.53285040688	5.80058537693	-0.197486041565	0.0585318694232	-0.249613083397	-0.786484270581	0.0989070825971	-0.302944635296	1.09805560399	0.638271581155	0.0845884615865	0.700678278772	-0.00447739902715	0.0626331458701	0.397465327863	-0.0497552201251	0.282223070611	4.26761513954	-42.7216847356	-0.240617831881
6	0.614186707139	-0.630661500651	0.689191895736	3.51670361676	0.369695317322	3.60459452391	-0.0193251727971	-0.136892491847	-0.19603971577	0.591494031192	-0.0512433233523	-0.0632051409809	1.60522004863	0.644985151085	0.163213667297	1.0081232637	0.0973241089843	-0.0271854035788	0.368356189859	0.0605190091677	0.484748629335	6.52095432868	-48.3050334021	10.8599417748
7	0.62270667758	0.152944178766	-0.0706775082059	2.86820352403	-0.0267352473851	4.79614742292	-0.220944781411	-0.885029287762	-0.188540061153	0.437986858793	0.406576449063	-0.192360911545	0.30863133189	0.669656896537	-0.304890583684	0.419406418755	0.146117158687	-0.0986296619164	0.536661662304	-0.0751681089758	0.264531219397	2.11124070835	-37.9078452698	27.7247829716
8	3.91521334359	0.124870481187	-0.842221133909	2.76060728943	2.28964504057	4.84701442424	0.164631531851	-0.684510276404	-0.244749766775	-0.233271811531	-0.631549874258	0.630388779798	0.230458236687	0.000324789529622	-0.280902594338	0.86399179775	0.24836733992	-0.123547686258	0.700835422384	-0.0599856390412	0.245876364816	3.09475222486	-37.8030252026	36.543648898
9	7.75563009062	4.08455577934	-1.14572228978	2.50561458749	-0.503464334352	5.11532257921	1.13596745673	-0.122331556452	2.05212026019	-0.884147914877	-0.611144037706	1.590746407	0.185445941359	0.787554956016	0.352575794941	0.852667591832	0.195744496436	-0.111611580802	0.442214648271	-0.0634385963015	-0.297056555783	0.618062732806	-34.4806086434	31.2479284058
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37	2.04609036985	4.52653561856	-3.24627351341	2.61575714065	-0.256450952599	4.97685376221	-0.978662425167	0.290931399398	-2.30703030678	-0.433662885409	0.585952270273	-2.59972414282	1.55221494918	1.13538679124	0.289809639795	1.12734706413	-0.0553705823875	-0.140830936485	0.847175847719	-0.247071885572	0.777684569939	40.1784959613	-26.1183662818	24.8254542646
38	2.27442408179	-0.26038217164	1.16020701308	2.11891306373	2.1381606533	3.04508017352	0.544470959149	0.283042691512	-0.903520118733	0.88113959861	0.577904753317	0.332741713174	0.418249552023	2.00688042363	-0.833025901826	1.41399286482	-0.135256552358	-0.264821789677	0.586812920123	-0.161758689009	0.671161918484	38.5021373395	-30.8156086352	39.0230948912
39	3.482025251	-1.42797077243	1.45856270684	3.59521140404	0.812178424973	7.30817855635	0.0736494138905	0.291620827522	-0.75547495613	-0.0330976230106	0.359038492926	-0.883087878636	-0.3594706147	0.0644167729953	-0.373722778795	0.676048270879	-0.119360570438	0.0632237530143	0.543828179831	-0.0365561588008	0.413945562857	43.1422098572	-19.9639725805	40.3516467124
40	1.7577755706	0.628308635755	-1.63999323898	4.35608571204	1.86801628296	2.98923620687	-0.381454545288	-0.102199843647	-0.544852717025	0.472234374004	-0.225169370914	-0.0632601486832	0.206919043083	-0.612451914234	0.44293677436	2.60719589187	0.952057833681	0.0647406063161	1.47170991496	-0.173914900367	0.841865424083	45.5241547421	-24.8266216587	34.9847263506

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:14)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 15:30)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 31:62)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 63:95)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 96:141)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 2:22)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 23:61)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 62:84)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 85:110)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 111:141)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 1:8)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 9:35)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 36:46)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 47:59)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 2:32)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 33:51)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain D and resid 52:63)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain D and resid 64:141)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain E and resid 2:15)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain E and resid 16:46)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain E and resid 47:131)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain E and resid 132:141)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain F and resid 1:20)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain F and resid 21:37)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain F and resid 38:47)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain F and resid 48:57)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain G and resid 2:26)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain G and resid 27:37)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain G and resid 38:72)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain G and resid 73:125)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain G and resid 126:142)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain H and resid 2:19)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain H and resid 20:52)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain H and resid 53:91)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain H and resid 92:100)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain H and resid 101:143)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain I and resid 2:15)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain I and resid 16:25)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain I and resid 26:47)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain I and resid 48:56)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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