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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6xrf | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | EagT6 Tse6 NT complex | ||||||
Components |
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Keywords | CHAPERONE / EagT6 / Tse6 / Type VI secretion / T6SS | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationprotein secretion by the type VI secretion system / NAD+ glycohydrolase / toxin sequestering activity / NADP+ nucleosidase activity / NAD+ nucleosidase activity / membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.56 Å | ||||||
Authors | Sachar, K. / Ahmad, S. / Whitney, J.C. / Prehna, G. | ||||||
| Funding support | Canada, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Elife / Year: 2020Title: Structural basis for effector transmembrane domain recognition by type VI secretion system chaperones. Authors: Ahmad, S. / Tsang, K.K. / Sachar, K. / Quentin, D. / Tashin, T.M. / Bullen, N.P. / Raunser, S. / McArthur, A.G. / Prehna, G. / Whitney, J.C. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 6xrf.cif.gz | 700.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6xrf.ent.gz | 492.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6xrf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6xrf_validation.pdf.gz | 493.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6xrf_full_validation.pdf.gz | 513 KB | Display | |
| Data in XML | 6xrf_validation.xml.gz | 39.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 6xrf_validation.cif.gz | 54.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/6xrf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/6xrf | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 16653.855 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (bacteria)Strain: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 Gene: eagT6, PA0094 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 6220.067 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 38.59 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 278 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 20 mg/mL EagT6:Tse6(NT) with a 1:1 mixture of 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Bis-TRIS pH 5.5, and 25% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 95 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å |
| Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 12, 2019 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.55→28.84 Å / Num. obs: 29267 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 55.48 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.183 / Net I/σ(I): 6.89 |
| Reflection shell | Resolution: 2.55→2.66 Å / Redundancy: 4.26 % / Num. unique obs: 2832 / CC1/2: 0.502 / Rrim(I) all: 1.98 / % possible all: 96.4 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.56→28.84 Å / SU ML: 0.3853 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 31.9456 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 71.66 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.56→28.84 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
Canada, 1items
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