PDB-6sws: The DBB dimerization domain of B-cell adaptor for PI3K (BCAP) is ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sws

タイトル

The DBB dimerization domain of B-cell adaptor for PI3K (BCAP) is required for down regulation of inflammatory signalling through the Toll-like receptor pathway

要素

Phosphoinositide 3-kinase adapter protein 1

キーワード

TRANSCRIPTION / DBB / TIG/IPT / transcription factor

機能・相同性

機能・相同性情報

toll-like receptor 7 signaling pathway / toll-like receptor 2 signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / toll-like receptor 9 signaling pathway / toll-like receptor 4 signaling pathway / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / regulation of inflammatory response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Lauenstein, J.U. / Scherm, M.J. / Udgata, A. / Moncrieffe, M.C. / Fisher, D. / Gay, N.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J Immunol. / 年: 2020
タイトル: Negative Regulation of TLR Signaling by BCAP Requires Dimerization of Its DBB Domain.
著者: Lauenstein, J.U. / Scherm, M.J. / Udgata, A. / Moncrieffe, M.C. / Fisher, D.I. / Gay, N.J.

履歴

登録	2019年9月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年4月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sws.cif.gz	270 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sws.ent.gz	187.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sws.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/6sws ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/6sws	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
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カルモジュリン (Calmodulin)
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鉛の毒 (Lead Poisoning)
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抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoinositide 3-kinase adapter protein 1

B: Phosphoinositide 3-kinase adapter protein 1

C: Phosphoinositide 3-kinase adapter protein 1

D: Phosphoinositide 3-kinase adapter protein 1

E: Phosphoinositide 3-kinase adapter protein 1

62.4 kDa, 5 ポリマー
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1

A: Phosphoinositide 3-kinase adapter protein 1

B: Phosphoinositide 3-kinase adapter protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
24.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Phosphoinositide 3-kinase adapter protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.9 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Phosphoinositide 3-kinase adapter protein 1

E: Phosphoinositide 3-kinase adapter protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	87.169, 87.169, 234.075
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22
Space group name Hall	P4cw2c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z+3/4 #3: y,-x,z+1/4 #4: x,-y,-z+1/2 #5: -x,y,-z #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z+1/4 #8: -y,-x,-z+3/4

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	LEU	LEU	(chain 'A' and resid 3 through 99)	A	A	3 - 98	3 - 98
2	2	1	ALA	ALA	LEU	LEU	chain 'E'	E	E	3 - 98	3 - 98
1	3	2	SER	SER	LEU	LEU	(chain 'B' and (resid 1 through 40 or (resid 41...	B	B	1 - 98	1 - 98
1	4	2	ALA	ALA	ASN	ASN	(chain 'B' and (resid 1 through 40 or (resid 41...	B	B	101 - 103	101 - 103
2	5	2	SER	SER	LEU	LEU	(chain 'C' and (resid 1 through 29 or (resid 30...	C	C	1 - 98	1 - 98
2	6	2	ALA	ALA	ASN	ASN	(chain 'C' and (resid 1 through 29 or (resid 30...	C	C	101 - 103	101 - 103

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Phosphoinositide 3-kinase adapter protein 1 / B-cell adapter for phosphoinositide 3-kinase / B-cell phosphoinositide 3-kinase adapter protein 1 分子量: 12474.069 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3AP1, BCAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6ZUJ8

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.49 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.3 M NaH2PO4, 0.7M K2HPO4,0.1M sodium acetate pH4.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM30A / 波長: 0.97, 0.98

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 100K-M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97	1
2	0.98	1

反射

解像度: 3→30 Å / Num. obs: 155144 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.3 % / B_iso Wilson estimate: 94.35 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 17.8

反射シェル

解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 8.7 % / R_merge(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 15856 / CC_1/2: 0.75 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17rc4_3626	精密化
PHENIX	1.17rc4_3626	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3→29.96 Å / SU ML: 0.4233 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.6162

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2382	3392	9.89 %
R_work	0.194	-	-
obs	0.1984	141193	99.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 114.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→29.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4144	0	0	0	4144

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0023	4199
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5684	5706
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0463	682
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0037	745
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.6792	588

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.04	0.3747	132	0.3453	1262	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.04-3.09	0.3907	140	0.3248	1308	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.09-3.14	0.4031	144	0.2982	1288	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.14-3.19	0.3527	137	0.2963	1269	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.24	0.3901	145	0.3026	1341	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.24-3.3	0.3535	141	0.3002	1248	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.3-3.36	0.308	144	0.2893	1303	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.37-3.43	0.3471	140	0.2684	1313	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.43-3.51	0.2767	140	0.2431	1286	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.51-3.59	0.3356	142	0.2455	1269	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.59-3.68	0.2871	141	0.2476	1297	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.68-3.78	0.319	150	0.2437	1309	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.78-3.89	0.3064	136	0.2343	1281	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.89-4.01	0.2376	140	0.2267	1291	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.02-4.16	0.2562	150	0.1957	1310	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-4.32	0.2131	141	0.1668	1268	X-RAY DIFFRACTION	99.79
4.32-4.52	0.2213	144	0.1594	1294	X-RAY DIFFRACTION	99.72
4.52-4.76	0.2004	143	0.1365	1301	X-RAY DIFFRACTION	99.59
4.76-5.05	0.1621	138	0.1317	1246	X-RAY DIFFRACTION	97.95
5.05-5.44	0.1742	151	0.1499	1266	X-RAY DIFFRACTION	97.05
5.44-5.99	0.2105	134	0.1625	1285	X-RAY DIFFRACTION	99.72
5.99-6.84	0.1874	143	0.173	1276	X-RAY DIFFRACTION	99.44
6.84-8.59	0.241	141	0.1707	1305	X-RAY DIFFRACTION	99.38
8.59-29.96	0.1811	135	0.1689	1287	X-RAY DIFFRACTION	98.61

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.09048307916	1.85263719085	-0.688128085275	3.3214442113	2.91885227818	9.27363437092	0.307340259175	0.131190075958	-0.314351080745	0.00380341023584	0.28916273413	0.137718640681	-0.608691444574	-0.752738848311	-0.824250738433	0.441212198051	0.11324413256	-0.000177012657157	0.65997853417	-0.111394515329	0.48817187262	5.28712546893	36.4194765913	-17.9055375248
2	8.96039762425	1.02176019437	-0.905529721635	7.41641163179	-1.77317621968	2.57434554749	0.139481126855	-0.47036531047	0.14171569871	0.14138753453	0.121840834781	-1.87802592447	-0.527417357345	0.423598381846	-0.443670413928	1.13715102506	-0.0541168490045	0.129039628616	0.814144434186	-0.297199255221	1.04592334761	17.1371032795	49.0238816859	-12.2109789225
3	5.42314717046	1.33673954066	-3.19867738617	6.18007378598	1.58579525772	7.66618551507	-0.492946669591	-0.616600207922	-0.19771112863	-0.036126175856	0.453616394849	0.317542911455	-0.352530347402	-0.43749293464	-0.0776230871422	0.647654378257	0.0780114242561	-0.0155317646132	0.924187488643	-0.140439784862	0.633704499058	3.5620490171	40.595753112	-7.09403195641
4	7.63059712563	1.35139033804	1.02556293963	6.0661648661	1.43550114087	7.82268823973	-0.0297847381788	-0.938120648169	-0.221944225818	0.0173191336274	-0.134323400587	0.273924034236	-0.0654368854484	-0.285361781621	0.148933431954	0.46682302009	0.0764088771148	0.0106916183614	0.7360352708	-0.0913195227288	0.515188482217	3.43010515501	40.950152503	-12.7026004163
5	6.99427994067	4.22501591824	6.32309260302	3.43515744687	2.24700718317	8.60869517218	-0.18465358945	0.85384251921	-0.936363915457	-0.537097205231	0.483732302475	-0.63239909371	0.12024874957	1.50000153493	-0.119782857858	0.676839929668	-0.016740862419	0.169655601638	0.849820139896	-0.207545904001	1.20646403811	-10.2425812066	19.1320345741	-30.4269485132
6	4.87830213694	4.36207683908	0.949565758774	5.78548528774	0.858056203969	6.44210373614	0.632155696176	1.71797752229	-2.73566255459	0.175160198037	0.741333868772	-0.216738511375	0.862797900396	0.819855150247	-0.58688644104	0.469750040023	0.010887964074	0.0900065975659	0.877922888834	-0.31226014317	1.12906757206	10.126308682	28.9391776287	-26.3968621213
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29	7.80714970691	-2.71032464217	0.947513880199	4.28434678933	-0.338135804978	1.19870271405	-0.287354399633	-0.432236969534	-0.107900251682	-0.325284598698	0.0211063909613	1.59071610592	0.327023352364	-0.598316135106	0.311463152297	1.34236169561	0.251597286087	0.395767102628	1.06324744888	-0.0243683435818	1.33205800464	2.24575977131	20.2928394952	-55.5318268274

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 33 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 34 through 53 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 54 through 89 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 90 through 113 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 17 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 18 through 32 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 33 through 38 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 39 through 44 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 45 through 53 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 54 through 78 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 79 through 89 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 90 through 101 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 102 through 112 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 1 through 23 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 24 through 32 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 33 through 77 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 78 through 99 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 100 through 109 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 1 through 6 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 7 through 23 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 24 through 32 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 33 through 88 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 89 through 99 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 100 through 112 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 3 through 22 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 23 through 38 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 39 through 78 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 79 through 99 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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