PDB-6suj: Mutations in SsgB correlate to longitudinal cell division during ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6suj

タイトル

Mutations in SsgB correlate to longitudinal cell division during sporulation of Streptomyces coelicolor

要素

Sporulation and cell division protein SsgA

キーワード

CELL CYCLE / beta barrel / anti-parallel beta-sheet interfaces / cell division component

機能・相同性

Sporulation-specific cell division protein SsgB / Sporulation-specific cell division protein SsgB superfamily / Streptomyces sporulation and cell division protein, SsgA / cell septum / sporulation resulting in formation of a cellular spore / cell division / PHOSPHATE ION / Sporulation and cell division protein SsgA

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sp. Ag82_O1-9 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Xiao, X.S. / Willemse, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mutations in SsgB correlate to longitudinal cell division during sporulation of Streptomyces coelicolor
著者: Xiao, X.S.

履歴

登録	2019年9月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月13日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_related Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6suj.cif.gz	114.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6suj.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6suj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/6suj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/6suj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6slcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	22291 5ojo-d 5eku-d 4uub-d 4wnk-d 6xqo-d 4utn-d 4uua-d 6s6a-1 6b2p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Sporulation and cell division protein SsgA

BBB: Sporulation and cell division protein SsgA

CCC: Sporulation and cell division protein SsgA

DDD: Sporulation and cell division protein SsgA

ヘテロ分子

68.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.933, 93.219, 96.241
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains A B
2	2	Chains A C
3	3	Chains A D
4	4	Chains B C
5	5	Chains B D
6	6	Chains C D

NCSアンサンブル:

ID	詳細
6	Chains C D
1	Chains A B
2	Chains A C
3	Chains A D
4	Chains B C
5	Chains B D

#1: タンパク質	Sporulation and cell division protein SsgA 分子量: 17053.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. Ag82_O1-9 (バクテリア) 遺伝子: BX279_7474 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3D9WLS9
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.93 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 0.2 M Potassium sodium tartrate, 0.1 M Bis-tris prop (pH 7.5), 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.975 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月15日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.56→67.9 Å / Num. obs: 20149 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.1 % / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.446 / R_pim(I) all: 0.134 / R_rim(I) all: 0.466 / Net I/σ(I): 4.8
反射シェル	解像度: 2.56→2.61 Å / 冗長度: 8.4 % / R_merge(I) obs: 3.642 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 20149 / CC_1/2: 0.56 / R_pim(I) all: 1.344 / R_rim(I) all: 3.894 / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6SLC

6slc

解像度: 3.2→48.167 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 25.916 / SU ML: 0.442 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.604 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2935	550	5.226 %
R_work	0.2365	-	-
all	0.239	-	-
obs	-	10524	99.744 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.295 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.65 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	9.239 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.588 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.167 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3866	0	5	96	3967

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	3971
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3606
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.467	1.645	5428
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.219	1.566	8333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.658	5	505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	20.316	19.903	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.451	15	575
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.122	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	514
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4505
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	862
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	670
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	3286
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.149	0.2	1827
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.21	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.484	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.268	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.244	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.292	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.168	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.886	4.255	2035
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.874	4.254	2034
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.992	6.371	2535
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.993	6.373	2536
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.029	4.611	1936
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.029	4.614	1937
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.09	6.762	2893
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.089	6.765	2894
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.023	79.318	14915
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.023	79.317	14916
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.131	0.05	3529
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.163	0.05	3182
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.148	0.05	3215
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.145	0.05	3239
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.136	0.05	3249
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.118	0.05	3415

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.283	0.361	29	0.264	715	X-RAY DIFFRACTION	99.8658
3.283-3.373	0.284	38	0.26	703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.373-3.47	0.377	47	0.273	685	X-RAY DIFFRACTION	99.8636
3.47-3.577	0.287	37	0.243	683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.577-3.694	0.306	40	0.224	629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.694-3.823	0.312	25	0.214	632	X-RAY DIFFRACTION	99.6965
3.823-3.967	0.225	23	0.219	619	X-RAY DIFFRACTION	99.8445
3.967-4.128	0.362	32	0.211	574	X-RAY DIFFRACTION	100
4.128-4.311	0.291	39	0.208	566	X-RAY DIFFRACTION	99.835
4.311-4.52	0.171	16	0.187	547	X-RAY DIFFRACTION	99.47
4.52-4.764	0.273	32	0.201	509	X-RAY DIFFRACTION	99.8155
4.764-5.051	0.204	50	0.207	461	X-RAY DIFFRACTION	100
5.051-5.398	0.411	18	0.238	469	X-RAY DIFFRACTION	99.3878
5.398-5.827	0.265	24	0.254	446	X-RAY DIFFRACTION	99.7877
5.827-6.378	0.274	35	0.238	384	X-RAY DIFFRACTION	99.7619
6.378-7.123	0.4	19	0.27	361	X-RAY DIFFRACTION	99.4764
7.123-8.209	0.391	14	0.269	334	X-RAY DIFFRACTION	99.4286
8.209-10.017	0.413	8	0.253	290	X-RAY DIFFRACTION	99.3333
10.017-14.01	0.25	18	0.277	221	X-RAY DIFFRACTION	98.7603
14.01-48.167	0.463	6	0.391	144	X-RAY DIFFRACTION	98.0392

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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