PDB-6slc: Mutations in SsgB correlate to longitudinal cell division during ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6slc

タイトル

Mutations in SsgB correlate to longitudinal cell division during sporulation of Streptomyces coelicolor

要素

Sporulation and cell division protein SsgA

キーワード

CELL CYCLE / beta barrel / anti-parallel beta-sheet interfaces / cell division component

機能・相同性

Sporulation-specific cell division protein SsgB / Sporulation-specific cell division protein SsgB superfamily / Streptomyces sporulation and cell division protein, SsgA / cell septum / sporulation resulting in formation of a cellular spore / cell division / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Sporulation and cell division protein SsgA

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sp. Ag82_O1-9 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Xiao, X.S. / Willemse, J.

引用

ジャーナル: Open Biology / 年: 2021
タイトル: Ectopic positioning of the cell division plane is associated with single amino acid substitutions in the FtsZ-recruiting SsgB in Streptomyces .
著者: Xiao, X. / Willemse, J. / Voskamp, P. / Li, X. / Prota, A.E. / Lamers, M. / Pannu, N. / Abrahams, J.P. / van Wezel, G.P.

履歴

登録	2019年8月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_database_related / struct_sheet Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6slc.cif.gz	95.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6slc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6slc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/6slc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/6slc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cm1S 6suj S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4cbi-2 4z70-d 5o08-d 4rt0-d 1wxq-d 1y5e-d 4cbg-4 4z71-d 4cbm-3 4cbm-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Sporulation and cell division protein SsgA

BBB: Sporulation and cell division protein SsgA

CCC: Sporulation and cell division protein SsgA

ヘテロ分子

53.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.471, 155.471, 53.753
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains A B
2	2	Chains A C
3	3	Chains B C

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Sporulation and cell division protein SsgA 分子量: 17053.934 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. Ag82_O1-9 (バクテリア) 遺伝子: BX279_7474 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3D9WLS9
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.09 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium/potassium phosphate (pH 6.2), 50% PEG200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.975 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月15日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.27→109.927 Å / Num. obs: 33694 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 47.9 Å² / CC_1/2: 0.979 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.27→2.309 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 1.009 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1579 / CC_1/2: 0.477 / R_pim(I) all: 0.57 / R_rim(I) all: 1.167 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3CM1

3cm1

解像度: 2.3→49.213 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / WR_factor R_free: 0.243 / WR_factor R_work: 0.195 / SU B: 9.749 / SU ML: 0.211 / Average fsc free: 0.7772 / Average fsc work: 0.79 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.211 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2556	1349	4.92 %
R_work	0.2081	26068	-
all	0.21	-	-
obs	-	27417	94.918 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.539 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.959 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.959 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.918 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.213 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2871	0	131	136	3138

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	3057
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2804
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.413	1.642	4132
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.252	1.566	6482
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.618	5	374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.205	19.935	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.479	15	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.327	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	382
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	645
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.2	439
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	2402
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.154	0.2	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1376
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.218	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.037	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.247	6.36	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.244	6.357	1507
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.916	9.52	1878
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.916	9.524	1879
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.95	7.127	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.908	7.13	1546
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.081	10.331	2254
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.014	10.334	2249
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.005	119.936	11613
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.014	119.947	11587
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.103	0.05	3555
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.106	0.05	3449
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.109	0.05	3455

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.36	0.302	101	0.343	1965	X-RAY DIFFRACTION	97.0409
2.36-2.424	0.367	101	0.333	1882	X-RAY DIFFRACTION	96.4964
2.424-2.495	0.337	109	0.321	1740	X-RAY DIFFRACTION	92.6353
2.495-2.571	0.379	79	0.295	1821	X-RAY DIFFRACTION	96.3489
2.571-2.656	0.304	90	0.271	1745	X-RAY DIFFRACTION	97.8145
2.656-2.749	0.267	87	0.24	1687	X-RAY DIFFRACTION	96.5705
2.749-2.852	0.248	84	0.22	1600	X-RAY DIFFRACTION	95.9544
2.852-2.969	0.235	69	0.205	1550	X-RAY DIFFRACTION	94.956
2.969-3.101	0.234	83	0.193	1431	X-RAY DIFFRACTION	92.4863
3.101-3.252	0.236	53	0.176	1460	X-RAY DIFFRACTION	96.1856
3.252-3.428	0.242	77	0.182	1339	X-RAY DIFFRACTION	95.7404
3.428-3.635	0.214	79	0.183	1284	X-RAY DIFFRACTION	95.5151
3.635-3.886	0.237	69	0.196	1167	X-RAY DIFFRACTION	93.9924
3.886-4.197	0.205	45	0.179	1083	X-RAY DIFFRACTION	90.4571
4.197-4.597	0.224	45	0.15	1040	X-RAY DIFFRACTION	95.5106
4.597-5.138	0.188	44	0.155	948	X-RAY DIFFRACTION	95.4764
5.138-5.931	0.292	36	0.243	794	X-RAY DIFFRACTION	89.1515
5.931-7.259	0.272	49	0.255	679	X-RAY DIFFRACTION	94.1785
7.259-10.243	0.242	33	0.21	548	X-RAY DIFFRACTION	92.6635
10.243-49.213	0.434	16	0.26	289	X-RAY DIFFRACTION	84.7222

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関連情報:EMDBヘッダ

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