ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.8.0158精密化 PDB_EXTRACT3.25 データ抽出 MOSFLMデータ削減 SCALAデータスケーリング MOLREP位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 2X52解像度 : 1.5→30 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.972 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.966 / SU B : 2.484 / SU ML : 0.045 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.055 / ESU R Free : 0.056 詳細 : U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.181 3316 4.9 % RANDOM Rwork 0.1623 - - - obs 0.1632 64365 99.2 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å原子変位パラメータ Biso max : 109.57 Å2 / Biso mean : 30.054 Å2 / Biso min : 12.89 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.6 Å2 -0.3 Å2 -0 Å2 2- - -0.6 Å2 -0 Å2 3- - - 1.93 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.5→30 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2250 0 62 344 2656 Biso mean - - 32.43 35.54 - 残基数 - - - - 330
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.004 0.02 2386 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0 0.02 1852 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg0.62 1.977 3218 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.51 3.015 4392 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg5.313 5 326 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg36.221 25 96 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg11.772 15 314 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg7.553 15 10 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.037 0.2 299 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.023 0.021 2805 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.009 0.02 479
LS精密化 シェル 解像度 : 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.266 214 - Rwork 0.258 4761 - all - 4975 - obs - - 98.77 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 1.848 -0.2871 -0.3359 1.5181 -0.0213 0.6155 0.0342 -0.1043 0.2151 0.176 0.0452 0.1498 -0.0432 -0.038 -0.0793 0.0414 -0.0069 0.0475 0.0227 -0.0011 0.1664 26.926 -32.976 6.227 2 1.9064 -0.3038 -0.0061 1.0028 0.2621 0.8685 0.0651 0.3052 0.1234 -0.1335 0.017 -0.0322 -0.0764 0.0763 -0.0821 0.0403 -0.0183 0.0316 0.0819 0.0285 0.16 36.526 -35.221 -6.314
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A1 - 170 2 X-RAY DIFFRACTION 1 A201 3 X-RAY DIFFRACTION 2 B1 - 170 4 X-RAY DIFFRACTION 2 B202