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- PDB-6stp: Three dimensional structure of the giant reed (Arundodonax) lecti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6stp
タイトルThree dimensional structure of the giant reed (Arundodonax) lectin (ADL) complex with sialic acid
要素Arundo donax Lectin (ADL)
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / ADL / Arundo donax lectin / Sialic acid
機能・相同性N-acetyl-alpha-neuraminic acid
機能・相同性情報
生物種Arundo donax (ダンチク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Perduca, M. / Monaco, H.L. / Bovi, M. / Destefanis, L. / Nadali, D. / Fin, L. / Carrizo, M.E.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2021
タイトル: Three-dimensional structure and properties of the giant reed (Arundo donax) lectin (ADL).
著者: Perduca, M. / Bovi, M. / Destefanis, L. / Nadali, D. / Fin, L. / Parolini, F. / Sorio, D. / Carrizo, M.E. / Monaco, H.L.
履歴
登録2019年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arundo donax Lectin (ADL)
B: Arundo donax Lectin (ADL)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6255
ポリマ－33,9142
非ポリマー7113
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5500 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area14500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.210, 127.210, 45.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Arundo donax Lectin (ADL)


分子量: 16956.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Arundo donax (ダンチク)
#2: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 7.5 % in PEG 8000, 10% ethylene glycol and 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.91939 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→63.6 Å / Num. obs: 55614 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 8080 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2X52

2x52


解像度: 1.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 4.18 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.074
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2069 2789 5 %RANDOM
Rwork0.1914 ---
obs0.1922 52733 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 154.58 Å2 / Biso mean: 36.375 Å2 / Biso min: 13.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å2-0.08 Å20 Å2
2---0.16 Å2-0 Å2
3---0.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2250 0 48 252 2550
Biso mean--47.89 36.14 -
残基数----330
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.022371
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021838
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.5981.9713201
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4973.0074354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0955326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.3132596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.71915314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.0621510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.040.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0240.0212816
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02478
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 198 -
Rwork0.306 3883 -
all-4081 -
obs--99.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4615-0.3631-0.2933.0910.65520.1830.0617-0.14510.20560.0763-0.0116-0.05110.02320.0159-0.050.0381-0.00460.0270.0742-0.04950.4398-15.186-39.8135.886
20.8212-0.70820.01842.39580.04350.31970.13220.11040.0348-0.3018-0.10650.02170.01660.0474-0.02570.0560.03470.03340.0591-0.02470.4063-12.112-49.365-6.607
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 170
2X-RAY DIFFRACTION1A201
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 170
4X-RAY DIFFRACTION2B201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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