ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.8.0158精密化 PDB_EXTRACT3.25 データ抽出 MOSFLMデータ削減 SCALAデータスケーリング MOLREP位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 2X52解像度 : 1.75→25.43 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.967 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.952 / SU B : 4.607 / SU ML : 0.064 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.098 / ESU R Free : 0.084 詳細 : U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.19 2031 4.7 % RANDOM Rwork 0.1483 - - - obs 0.1503 40867 99.65 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å原子変位パラメータ Biso max : 156.98 Å2 / Biso mean : 30.51 Å2 / Biso min : 11.07 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.44 Å2 0.22 Å2 -0 Å2 2- - 0.44 Å2 0 Å2 3- - - -1.42 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.75→25.43 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2250 0 36 226 2512 Biso mean - - 27.47 33.33 - 残基数 - - - - 330
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.004 0.02 2359 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0 0.02 1834 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg0.581 1.968 3181 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.496 3.008 4344 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg7.358 5 326 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg38.538 25 96 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg13.202 15 314 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg8.069 15 10 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.044 0.2 289 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.022 0.021 2808 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.007 0.02 478 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restr11.973 3 4193 X-RAY DIFFRACTION r_sphericity_free30.128 5 176 X-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded15.126 5 4170
LS精密化 シェル 解像度 : 1.75→1.795 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.29 133 - Rwork 0.225 2984 - all - 3117 - obs - - 99.05 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 1.9029 -0.0378 0.1782 1.4686 -0.21 0.6472 0.0689 0.1339 -0.2851 -0.1987 0.0284 0.1988 0.0908 -0.0652 -0.0973 0.0405 -0.0045 -0.0631 0.0204 -0.0094 0.2279 26.974 33.103 0.454 2 1.7614 -0.1189 0.0795 0.8618 0.1776 0.7842 0.0619 -0.3054 -0.1452 0.1015 0.0155 0.0165 0.0643 0.0364 -0.0774 0.0334 0.0063 -0.0261 0.0768 0.036 0.2071 36.833 35.833 13.195
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A1 - 170 2 X-RAY DIFFRACTION 1 A201 3 X-RAY DIFFRACTION 2 B1 - 170 4 X-RAY DIFFRACTION 2 B201