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万見
- PDB-6stb: Crystal structure of the strawberry pathogenesis-related 10 (PR-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6stb
タイトルCrystal structure of the strawberry pathogenesis-related 10 (PR-10) Fra a 1.02 protein, Q64W mutant
要素Major strawberry allergen Fra a 1-2
キーワードALLERGEN / Fragaria x ananassa / Fra a 1 / fruit / ripening / PR-10
機能・相同性
機能・相同性情報


flavonoid biosynthetic process / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major strawberry allergen Fra a 1-2
類似検索 - 構成要素
生物種Fragaria ananassa (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Orozco-Navarrete, B. / Kaczmarska, Z. / Dupeux, F. / Pott, D. / Diaz Perales, A. / Casanal, A. / Marquez, J.A. / Valpuesta, V. / Merchante, C.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2013-33199-R スペイン
Ministry of Economy and CompetitivenessBES-2014-068723 スペイン
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural Bases for the Allergenicity of Fra a 1.02 in Strawberry Fruits.
著者: Orozco-Navarrete, B. / Kaczmarska, Z. / Dupeux, F. / Garrido-Arandia, M. / Pott, D. / Perales, A.D. / Casanal, A. / Marquez, J.A. / Valpuesta, V. / Merchante, C.
履歴
登録2019年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major strawberry allergen Fra a 1-2
B: Major strawberry allergen Fra a 1-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5562
ポリマ－35,5562
非ポリマー00
水97354
1
A: Major strawberry allergen Fra a 1-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7781
ポリマ－17,7781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Major strawberry allergen Fra a 1-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7781
ポリマ－17,7781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.836, 59.516, 131.218
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Major strawberry allergen Fra a 1-2 / Class 10 plant pathogenesis-related protein Fra a 1.02 / PR10-related protein Fra a 1.02


分子量: 17778.107 Da / 分子数: 2 / 変異: Q64W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fragaria ananassa (植物) / 遺伝子: FRAA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D0E0C6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Bis-Tris pH5.5 200 mM Magnesium chloride 26.5% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.267→54.201 Å / Num. obs: 10544 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.267→2.531 Å / Rmerge(I) obs: 1.241 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 528 / CC1/2: 0.615 / Rpim(I) all: 0.504

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AMW

5amw


解像度: 2.27→44.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU R Cruickshank DPI: 1.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 1.657 / SU Rfree Blow DPI: 0.322 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.323
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 528 -RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.205 10543 66.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1472 Å20 Å20 Å2
2---0.3543 Å20 Å2
3---0.2071 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→44.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2428 0 0 54 2482
LS精密化 シェル解像度: 2.27→2.49 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 21 -
Rwork0.2323 --
obs0.2382 406 10.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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