PDB-6sr7: Structure of the U1A variant A1-98 Y31H/Q36R/K98W

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sr7

タイトル

Structure of the U1A variant A1-98 Y31H/Q36R/K98W

要素

U1 small nuclear ribonucleoprotein A

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A / U1A

機能・相同性

機能・相同性情報

U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Rosenbach, H. / Span, I.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Expanding crystallization tools for nucleic acid complexes using U1A protein variants.
著者: Rosenbach, H. / Victor, J. / Borggrafe, J. / Biehl, R. / Steger, G. / Etzkorn, M. / Span, I.

履歴

登録	2019年9月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sr7.cif.gz	153.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sr7.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sr7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6sr7_validation.pdf.gz	266.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6sr7_full_validation.pdf.gz	337.6 KB	表示
XML形式データ	6sr7_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	6sr7_validation.cif.gz	13.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/6sr7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/6sr7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6sqnC 6sqqC 6sqtC 6sqvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5amu-1 2lan-d 4hu7-2 5b8d-d 5amu-2 5hr1-7 4ix9-2 3jto-6 1yd5-d 4b0e-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (4) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (4)

登録構造単位

AAA: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

BBB: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

CCC: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

DDD: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

ヘテロ分子

45.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

登録者が定義した集合体
11.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

登録者が定義した集合体
11.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

CCC: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

DDD: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

登録者が定義した集合体
11.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.258, 76.258, 151.481
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1A 分子量: 11397.345 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09012
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M tri-potassium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→68.11 Å / Num. obs: 38415 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.142 / R_rim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 1.86→1.89 Å / R_merge(I) obs: 0.923 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1842 / CC_1/2: 0.54 / R_rim(I) all: 0.956 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.86→68.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 3.563 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.139 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	1920	5.008 %
R_work	0.2214	-	-
all	0.223	-	-
obs	-	38337	99.945 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.351 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.551 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.551 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.103 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→68.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2902	0	5	81	2988

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2973
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	2888
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.561	1.643	3981
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.365	1.584	6698
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.508	5	352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.831	21.688	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.535	15	589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.075	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	392
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3221
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	647
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	467
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	2372
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.126	0.2	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.1	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.155	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.234	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.408	2.707	1414
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.405	2.705	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.513	4.041	1761
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.513	4.043	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.183	3.179	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.181	3.179	1556
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.034	4.57	2219
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.038	4.568	2214
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.478	30.647	3136
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.48	30.634	3132

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.86-1.908	0.327	114	0.31	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.4915
1.908-1.961	0.333	134	0.272	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
1.961-2.017	0.264	150	0.242	2490	X-RAY DIFFRACTION	100
2.017-2.079	0.291	131	0.233	2433	X-RAY DIFFRACTION	100
2.079-2.148	0.257	138	0.218	2354	X-RAY DIFFRACTION	100
2.148-2.223	0.237	120	0.206	2283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.223-2.307	0.254	115	0.202	2241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.307-2.401	0.279	114	0.216	2134	X-RAY DIFFRACTION	100
2.401-2.508	0.23	108	0.211	2052	X-RAY DIFFRACTION	100
2.508-2.63	0.243	114	0.211	1972	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.772	0.265	115	0.223	1856	X-RAY DIFFRACTION	100
2.772-2.941	0.278	93	0.245	1790	X-RAY DIFFRACTION	100
2.941-3.143	0.293	75	0.238	1686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.143-3.395	0.25	63	0.215	1606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.395-3.719	0.248	70	0.216	1462	X-RAY DIFFRACTION	100
3.719-4.158	0.169	75	0.177	1333	X-RAY DIFFRACTION	100
4.158-4.8	0.221	62	0.182	1180	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8-5.878	0.32	56	0.236	1027	X-RAY DIFFRACTION	100
5.878-8.306	0.252	43	0.264	810	X-RAY DIFFRACTION	100
8.306-68.11	0.319	30	0.246	494	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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