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- PDB-6sqq: Structure of the U1A variant A1-98 Y31H/Q36R/F56W triple mutant i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sqq
タイトルStructure of the U1A variant A1-98 Y31H/Q36R/F56W triple mutant in complex with RNA obtained by soaking
要素
  • RNA hairpin
  • U1 small nuclear ribonucleoprotein A
キーワードRNA BINDING PROTEIN / U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A / U1A / RNA hairpin / soaking
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Rosenbach, H. / Span, I.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Expanding crystallization tools for nucleic acid complexes using U1A protein variants.
著者: Rosenbach, H. / Victor, J. / Borggrafe, J. / Biehl, R. / Steger, G. / Etzkorn, M. / Span, I.
履歴
登録2019年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
BBB: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
CCC: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
XXX: RNA hairpin
YYY: RNA hairpin
ZZZ: RNA hairpin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9957
ポリマ－53,9716
非ポリマー241
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8250 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20200 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)96.080, 96.080, 258.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1A


分子量: 11379.352 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09012
#2: RNA鎖 RNA hairpin


分子量: 6610.940 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M tri-potassium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→51.6 Å / Num. obs: 29657 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.29 / Rrim(I) all: 0.293 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.37→2.41 Å / 冗長度: 40.2 % / Rmerge(I) obs: 2.601 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1460 / CC1/2: 0.753 / Rrim(I) all: 2.633 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1URN

1urn


解像度: 2.37→51.031 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 8.263 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.28 / ESU R Free: 0.244 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2941 1498 5.066 %
Rwork0.2452 --
all0.248 --
obs-29570 99.939 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.941 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.775 Å20.387 Å20 Å2
2--0.775 Å20 Å2
3----2.513 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→51.031 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2269 1008 1 26 3304
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0123443
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182729
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5921.5164849
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3231.8396381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0595277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.59121.28125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.20115459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.341519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2504
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023076
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02754
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2504
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2030.22570
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1910.21470
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0760.21321
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1150.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0830.213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2310.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0480.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9734.1091111
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9724.1071110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1356.1421384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1346.1441385
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2594.9872332
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2514.9852331
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0297.3723464
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.0297.3743465
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.47247.0473865
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.47447.0443864
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.37-2.4310.3851100.3282015X-RAY DIFFRACTION99.7184
2.431-2.4980.373960.3151986X-RAY DIFFRACTION100
2.498-2.5710.3061020.2761933X-RAY DIFFRACTION100
2.571-2.650.3271050.2831871X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.7360.361040.2641802X-RAY DIFFRACTION99.9476
2.736-2.8330.333910.31755X-RAY DIFFRACTION99.9459
2.833-2.9390.389940.291691X-RAY DIFFRACTION100
2.939-3.0590.345810.2751651X-RAY DIFFRACTION100
3.059-3.1950.347730.2731611X-RAY DIFFRACTION99.9407
3.195-3.3510.254680.2571518X-RAY DIFFRACTION100
3.351-3.5330.267680.2291460X-RAY DIFFRACTION100
3.533-3.7470.233690.21372X-RAY DIFFRACTION100
3.747-4.0060.259840.1911289X-RAY DIFFRACTION100
4.006-4.3260.247830.1911196X-RAY DIFFRACTION100
4.326-4.7390.24660.1811123X-RAY DIFFRACTION100
4.739-5.2980.265630.2161032X-RAY DIFFRACTION100
5.298-6.1180.335480.261917X-RAY DIFFRACTION100
6.118-7.4910.267430.26806X-RAY DIFFRACTION100
7.491-10.590.286310.244646X-RAY DIFFRACTION100
10.59-51.0310.45190.369398X-RAY DIFFRACTION99.0499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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