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万見
- PDB-6smr: A. thaliana serine hydroxymethyltransferase isoform 4 (AtSHMT4) i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6smr
タイトルA. thaliana serine hydroxymethyltransferase isoform 4 (AtSHMT4) in complex with methotrexate
要素Serine hydroxymethyltransferase 4
キーワードTRANSFERASE / SHMT / antifolate
機能・相同性
機能・相同性情報


salicylic acid binding / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / plasmodesma / tetrahydrofolate interconversion / circadian rhythm / pyridoxal phosphate binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / : / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
METHOTREXATE / Chem-PLS / Serine hydroxymethyltransferase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Ruszkowski, M. / Sekula, B. / Dauter, Z.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structural basis of methotrexate and pemetrexed action on serine hydroxymethyltransferases revealed using plant models.
著者: Ruszkowski, M. / Sekula, B. / Ruszkowska, A. / Contestabile, R. / Nogues, I. / Angelaccio, S. / Szczepaniak, A. / Dauter, Z.
履歴
登録2019年8月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine hydroxymethyltransferase 4
B: Serine hydroxymethyltransferase 4
C: Serine hydroxymethyltransferase 4
D: Serine hydroxymethyltransferase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,59721
ポリマ－208,2084
非ポリマー3,38917
水17,384965
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27560 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area61090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.856, 120.975, 131.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Serine hydroxymethyltransferase 4 / AtSHMT4 / Glycine hydroxymethyltransferase 4 / Serine methylase 4


分子量: 52052.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SHM4, SHMT4, At4g13930, dl3005c, FCAALL.160 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Gold / 参照: UniProt: O23254, glycine hydroxymethyltransferase

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非ポリマー , 5種, 982分子

#2: 化合物
ChemComp-PLS / [3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-SERINE / PYRIDOXYL-SERINE-5-MONOPHOSPHATE


分子量: 336.235 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N2O8P
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MTX / METHOTREXATE / メトトレキサ-ト


分子量: 454.439 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N8O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 化学療法薬*YM
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 965 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.95 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: Crystals grew in 80 mM Tris-HCl pH 8.2, 20% PEG3350. Mature crystals were transferred to drops with 80 mM Tris-HCl pH 8.2, 20% PEG3350, 20% ethylene glycol, 50 mM L-serine, and 10 mM MTX. ...詳細: Crystals grew in 80 mM Tris-HCl pH 8.2, 20% PEG3350. Mature crystals were transferred to drops with 80 mM Tris-HCl pH 8.2, 20% PEG3350, 20% ethylene glycol, 50 mM L-serine, and 10 mM MTX. After 24-h incubation, crystals were harvested and vitrified in liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→90 Å / Num. obs: 106878 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.12→2.25 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.666 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 17038 / CC1/2: 0.79 / Rrim(I) all: 0.76 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX1.15_3459精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6cd0

6cd0


解像度: 2.12→88.3 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 24.02
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1068 1 %random
Rwork0.1732 ---
obs0.1738 105720 98.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 140.06 Å2 / Biso mean: 38.9 Å2 / Biso min: 16.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.12→88.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14583 0 231 965 15779
Biso mean--57.8 39.29 -
残基数----1887
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONbonds0.00615146
X-RAY DIFFRACTIONangles0.89820490
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4451-0.06550.1780.7229-0.00221.68170.0968-0.0821-0.0790.06810.03750.07870.1688-0.1763-0.12560.1885-0.0304-0.02930.18410.03850.22819.26633.039356.8442
20.8563-0.35910.39721.7075-0.63231.38850.0425-0.1458-0.15610.06090.17750.29540.2361-0.3103-0.1470.2277-0.0658-0.02940.23920.05390.24672.6344-0.622157.5734
31.8628-0.5436-0.50320.8091-0.31822.14390.1081-0.2821-0.01-0.03290.0171-0.13720.52030.4584-0.08840.46070.0883-0.1290.2509-0.01320.354928.8587-13.725561.1634
40.55790.05250.28761.15820.06191.42940.07240.0325-0.0303-0.05130.0007-0.014-0.0169-0.0057-0.06850.12340.0290.01090.18680.00240.163917.367817.369741.9885
51.18290.24070.93861.221-0.20882.35340.0250.02580.1594-0.0563-0.00070.0673-0.18330.0228-0.00490.15540.03450.05340.1801-0.01470.222317.632420.743734.9818
63.20630.51960.6232.1204-0.46882.10010.004-0.11120.3793-0.06690.11010.4957-0.0958-0.5075-0.11330.28020.0362-0.03960.33970.0210.2898-1.88617.219522.3917
70.56810.0392-0.06610.92140.39491.34170.0308-0.02160.0822-0.0891-0.00070.0554-0.0962-0.0194-0.02310.24880.0717-0.01080.2509-0.03050.25847.65952.72174.6719
84.50931.60742.65684.63571.2835.51640.16640.4498-0.1443-0.4664-0.12750.66030.4276-0.7599-0.11640.2837-0.0036-0.04380.4665-0.06930.3237-9.682441.421468.8432
90.8640.4816-0.01261.53150.06932.0516-0.01640.06550.1851-0.1670.135-0.2788-0.50880.5404-0.07890.3473-0.04590.07780.3659-0.06810.386120.855369.523971.2256
100.5149-0.35720.02391.1320.14580.5131-0.0022-0.11680.02540.04830.0275-0.0117-0.03740.0167-0.02140.20850.041600.2942-0.01870.207616.711739.045289.5188
111.48750.0763-0.47691.2011-0.1061.2097-0.0308-0.1655-0.1550.09640.0747-0.06560.05850.16-0.02710.21620.0777-0.02670.2787-0.01430.220417.142635.849696.2431
121.50410.332-0.51141.8602-0.170.8233-0.0258-0.2835-0.04090.31820.11470.2651-0.064-0.0143-0.08330.34510.09590.04580.38760.06160.2907-2.79237.9759108.4713
135.5692-2.5515-2.60285.94740.02771.7398-0.0209-0.26650.15210.4881-0.1552-0.1468-0.09240.16650.11280.78570.0918-0.24051.1019-0.06071.079928.90377.462766.3747
141.73371.06762.01151.0691-0.30318.113-0.1698-0.17560.454-0.009-0.11030.252-0.5587-0.67350.42191.15750.2169-0.81581.7621-0.171.2884-2.185126.725444.9269
151.1136-2.1009-1.31484.04532.37721.69080.1574-0.0204-0.16070.2315-0.04690.32480.2992-0.2383-0.03350.46070.03250.17060.70650.09830.8447-2.190928.506886.8433
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 257 )A0 - 257
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 258 through 332 )A258 - 332
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 333 through 470 )A333 - 470
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 230 )B0 - 230
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 231 through 374 )B231 - 374
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 375 through 470 )B375 - 470
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 0 through 257 )C0 - 257
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 258 through 283 )C258 - 283
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 284 through 470 )C284 - 470
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 0 through 230 )D0 - 230
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 231 through 374 )D231 - 374
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 375 through 470 )D375 - 470
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resname MTX)A-2 - 470
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resname MTX)B0 - 471
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resname MTX)D0 - 470

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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