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- PDB-6smp: AntDE:AntF (holo): type II PKS acyl-carrier protein in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6smp
タイトルAntDE:AntF (holo): type II PKS acyl-carrier protein in complex with its ketosynthase bound to the hexaketide
要素
  • Acyl carrier protein
  • Ketoacyl_synth_N domain-containing protein
  • PKS_KS domain-containing protein
キーワードPROTEIN BINDING / Natural Product Biosynthesis / Polyketides / Minimal PKS System / Anthraquinone / Chain Elongation / Catalysis
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like ...Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LLE / Acyl carrier protein / Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome; segment 15/17 / Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome; segment 15/17 / Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome; segment 15/17
類似検索 - 構成要素
生物種Photorhabdus luminescens (バクテリア)
Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Braeuer, A. / Zhou, Q. / Grammbitter, G.L.C. / Schmalhofer, M. / Ruehl, M. / Kaila, V.R.I. / Bode, H. / Groll, M.
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural snapshots of the minimal PKS system responsible for octaketide biosynthesis.
著者: Brauer, A. / Zhou, Q. / Grammbitter, G.L.C. / Schmalhofer, M. / Ruhl, M. / Kaila, V.R.I. / Bode, H.B. / Groll, M.
履歴
登録2019年8月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年8月5日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl carrier protein
B: PKS_KS domain-containing protein
C: Ketoacyl_synth_N domain-containing protein
D: Acyl carrier protein
E: PKS_KS domain-containing protein
F: Ketoacyl_synth_N domain-containing protein
G: Acyl carrier protein
H: PKS_KS domain-containing protein
I: Ketoacyl_synth_N domain-containing protein
J: Acyl carrier protein
K: PKS_KS domain-containing protein
L: Ketoacyl_synth_N domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)398,41316
ポリマ－395,95512
非ポリマー2,4584
水1,45981
1
A: Acyl carrier protein
B: PKS_KS domain-containing protein
C: Ketoacyl_synth_N domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,6034
ポリマ－98,9893
非ポリマー6151
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Acyl carrier protein
E: PKS_KS domain-containing protein
F: Ketoacyl_synth_N domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,6034
ポリマ－98,9893
非ポリマー6151
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Acyl carrier protein
H: PKS_KS domain-containing protein
I: Ketoacyl_synth_N domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,6034
ポリマ－98,9893
非ポリマー6151
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: Acyl carrier protein
K: PKS_KS domain-containing protein
L: Ketoacyl_synth_N domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,6034
ポリマ－98,9893
非ポリマー6151
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.300, 135.940, 148.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Acyl carrier protein


分子量: 10850.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア)
遺伝子: C6H68_21855 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S8QL96, UniProt: Q7MZT5*PLUS
#2: タンパク質
PKS_KS domain-containing protein


分子量: 47350.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (strain DSM 15139 / CIP 105565 / TT01) (バクテリア)
株: DSM 15139 / CIP 105565 / TT01 / 遺伝子: plu4191 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7MZT3
#3: タンパク質
Ketoacyl_synth_N domain-containing protein


分子量: 40787.746 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (strain DSM 15139 / CIP 105565 / TT01) (バクテリア)
株: DSM 15139 / CIP 105565 / TT01 / 遺伝子: plu4190 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7MZT4
#4: 化合物
ChemComp-LLE / (2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-~{N}-[3-oxidanylidene-3-[2-[(1~{R},4~{Z},6~{Z},8~{Z})-1,5,7,9-tetrakis(oxidanyl)-3,11-bis(oxidanylidene)dodeca-4,6,8-trienyl]sulfanylethylamino]propyl]-4-[tris(oxidanyl)-$l^{5}-phosphanyl]oxy-butanamide


分子量: 614.600 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H39N2O13PS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS, 0.5 M (NH4)2SO4, 30% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 92717 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 8962 / CC1/2: 0.734 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SMO

6smo


解像度: 2.9→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 44.249 / SU ML: 0.357 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.417 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 4600 5 %RANDOM
Rwork0.2217 ---
obs0.2236 87419 97.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 149.74 Å2 / Biso mean: 61.457 Å2 / Biso min: 24.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.29 Å20 Å2-0.49 Å2
2---2.79 Å2-0 Å2
3----1.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25620 0 0 81 25701
Biso mean---52.45 -
残基数----3338
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01226069
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8271.68335243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.24253313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.80123.4461297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.597154053
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.18715124
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.23475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0219866
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.129326069
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.972 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 331 -
Rwork0.375 6291 -
all-6622 -
obs--98.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.64250.11370.65140.0394-0.02041.71340.04390.0665-0.0074-0.00820.01850.02220.16-0.0507-0.06250.0446-0.0295-0.02040.1592-0.04590.16064.95-35.582.8663
20.0608-0.0114-0.01450.06660.06040.05750.00290.00270.00370.0053-0.01790.00570.0153-0.00580.01490.1111-0.0027-0.00570.1816-0.00640.153331.9374-16.733721.4394
30.0013-0.0039-0.00630.09840.03710.0646-0.00550.00170.0027-0.0246-0.02030.0027-0.0226-0.01680.02580.10850.0081-0.02070.1844-0.0130.155119.55592.38795.1756
41.2124-0.3925-0.53510.13250.17650.23990.09680.0420.1464-0.0246-0.0366-0.0242-0.04-0.0449-0.06020.060.00410.01590.202-0.04320.1745-2.141743.795458.2347
50.05340.00950.00230.06960.05770.05640.0060.00420.00220.0092-0.01650.0009-0.0047-0.00870.01060.1032-0.0003-0.00790.1851-0.0060.150328.605924.676947.3687
60.01570.0117-0.02760.08980.00780.0627-0.00990.0092-0.00010.0293-0.01650.01460.0366-0.01610.02640.1153-0.01370.00740.1813-0.01690.152112.41195.644359.933
71.45060.4224-0.64050.1616-0.39071.42550.0833-0.0413-0.00730.0324-0.0845-0.0077-0.04020.23410.00130.0159-0.0347-0.02110.18220.02980.149999.984149.663221.4269
80.0502-0.02220.01340.0931-0.05710.0574-0.004-0.0002-0.01280.01370.01070.0049-0.02790.0024-0.00670.1026-0.0009-0.00370.18490.00660.15264.936135.638427.0866
90.0014-0.0023-0.00250.1467-0.04360.0622-0.006-0.0072-0.0095-0.0243-0.0097-0.01290.01440.00760.01580.1056-0.0002-0.00180.18060.0110.155479.940514.415416.5532
100.8654-0.52860.64140.3343-0.38610.48530.05650.0170.056-0.0338-0.062-0.06260.0710.02060.00550.05350.0202-0.00840.21690.06530.124395.1416-41.387964.8217
110.07770.0167-0.03670.0951-0.02620.0834-0.006-0.00560.0065-0.0381-0.00970.01270.03240.00510.01570.12530.0047-0.01390.17430.01370.133762.8505-27.732950.2339
120.00250.00190.01320.19410.01520.0835-0.0042-0.00580.00410.0027-0.0096-0.0052-0.02060.01430.01370.1109-0.0024-0.01170.18070.01880.148874.2192-6.267564.3014
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 426
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 371
4X-RAY DIFFRACTION4D5 - 76
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 426
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 371
7X-RAY DIFFRACTION7G5 - 76
8X-RAY DIFFRACTION8H2 - 427
9X-RAY DIFFRACTION9I2 - 371
10X-RAY DIFFRACTION10J5 - 76
11X-RAY DIFFRACTION11K2 - 426
12X-RAY DIFFRACTION12L2 - 371

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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