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- PDB-6smb: Human jak1 kinase domain in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6smb
タイトルHuman jak1 kinase domain in complex with inhibitor
要素Tyrosine-protein kinase JAK1
キーワードTRANSFERASE / Janus Kinase 1 kinase domain (JAK1)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to cell-cell junction / interleukin-11-mediated signaling pathway / CCR5 chemokine receptor binding / type III interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / T-helper 17 cell lineage commitment / interleukin-7-mediated signaling pathway / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway ...protein localization to cell-cell junction / interleukin-11-mediated signaling pathway / CCR5 chemokine receptor binding / type III interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / T-helper 17 cell lineage commitment / interleukin-7-mediated signaling pathway / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-10-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / interleukin-2-mediated signaling pathway / interleukin-15-mediated signaling pathway / Interleukin-15 signaling / Interleukin-12 signaling / Interleukin-27 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-35 Signalling / Interleukin-2 signaling / growth hormone receptor binding / Other interleukin signaling / Interleukin-20 family signaling / IFNG signaling activates MAPKs / type I interferon-mediated signaling pathway / Interleukin-6 signaling / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of sprouting angiogenesis / MAPK3 (ERK1) activation / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / Interleukin-10 signaling / MAPK1 (ERK2) activation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Regulation of IFNA/IFNB signaling / type II interferon-mediated signaling pathway / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin receptor SHC signaling / Regulation of IFNG signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Interleukin-7 signaling / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cellular response to virus / Evasion by RSV of host interferon responses / cytokine-mediated signaling pathway / ISG15 antiviral mechanism / positive regulation of protein localization to nucleus / cytoplasmic side of plasma membrane / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / protein phosphatase binding / Potential therapeutics for SARS / cell differentiation / cytoskeleton / intracellular signal transduction / endosome / protein phosphorylation / response to antibiotic / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak1 / SH2 domain / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak1 / SH2 domain / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LKQ / Tyrosine-protein kinase JAK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Read, J.A. / Steuber, H.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of (2R)-N-[3-[2-[(3-Methoxy-1-methyl-pyrazol-4-yl)amino]pyrimidin-4-yl]-1H-indol-7-yl]-2-(4-methylpiperazin-1-yl)propenamide (AZD4205) as a Potent and Selective Janus Kinase 1 Inhibitor.
著者: Su, Q. / Banks, E. / Bebernitz, G. / Bell, K. / Borenstein, C.F. / Chen, H. / Chuaqui, C.E. / Deng, N. / Ferguson, A.D. / Kawatkar, S. / Grimster, N.P. / Ruston, L. / Lyne, P.D. / Read, J.A. ...著者: Su, Q. / Banks, E. / Bebernitz, G. / Bell, K. / Borenstein, C.F. / Chen, H. / Chuaqui, C.E. / Deng, N. / Ferguson, A.D. / Kawatkar, S. / Grimster, N.P. / Ruston, L. / Lyne, P.D. / Read, J.A. / Peng, X. / Pei, X. / Fawell, S. / Tang, Z. / Throner, S. / Vasbinder, M.M. / Wang, H. / Winter-Holt, J. / Woessner, R. / Wu, A. / Yang, W. / Zinda, M. / Kettle, J.G.
履歴
登録2019年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase JAK1
B: Tyrosine-protein kinase JAK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3164
ポリマ－69,3792
非ポリマー9372
水3,801211
1
A: Tyrosine-protein kinase JAK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1582
ポリマ－34,6901
非ポリマー4691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase JAK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1582
ポリマ－34,6901
非ポリマー4691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.553, 171.567, 44.383
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.090, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase JAK1 / Janus kinase 1 / JAK-1


分子量: 34689.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JAK1, JAK1A, JAK1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P23458, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-LKQ / ~{N}-[3-[2-[(3-methoxy-1-methyl-pyrazol-4-yl)amino]-5-methyl-pyrimidin-4-yl]-1~{H}-indol-7-yl]-2-methyl-pyridine-3-carboxamide


分子量: 468.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H24N8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 27% (m/v) PEG6000, 0.1 M MES/NaOH pH 6.0 and 5 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→85 Å / Num. obs: 38500 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10.03
反射 シェル解像度: 2.04→2.29 Å / Rmerge(I) obs: 0.443 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 10499

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.04→39.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU R Cruickshank DPI: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.226 / SU Rfree Blow DPI: 0.191 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.195
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 1848 4.8 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.224 38496 96.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 113.83 Å2 / Biso mean: 38.2 Å2 / Biso min: 9.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.7174 Å20 Å20.473 Å2
2---8.6674 Å20 Å2
3---5.95 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→39.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4624 0 70 211 4905
Biso mean--25.69 34.19 -
残基数----570
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1708SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes800HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4822HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion587SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5693SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4822HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6511HARMONIC21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.19
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.73
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.06 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 36 4.68 %
Rwork0.2247 734 -
all0.2274 770 -
obs--80.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0626-0.85370.21242.33120.63135.10290.11380.43430.4192-0.4534-0.0166-0.2942-0.55450.23-0.0972-0.12180.0077-0.0087-0.121-0.01470.023624.235-3.642-2.827
23.58480.3425-0.23993.45080.67241.11020.0246-0.23450.44940.2910.01220.1948-0.0973-0.0228-0.0368-0.13550.0269-0.073-0.2234-0.0333-0.00568.0713.19915.524
33.2516-0.29850.52272.4264-1.53045.1680.06790.4463-0.6265-0.4920.07980.2590.5685-0.0441-0.1478-0.1226-0.0325-0.1025-0.1429-0.06690.3788-2.92250.253-2.673
42.57480.17190.4653.0633-0.65231.14060.0006-0.1189-0.30630.30220.0566-0.02090.08880.0382-0.0572-0.1183-0.0058-0.0308-0.2431-0.01350.183913.21943.25515.768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|867 - A|959 }A867 - 959
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|961 - A|1153 }A961 - 1153
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|867 - B|959 }B867 - 959
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|961 - B|1153 }B961 - 1153

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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