PDB-6sli: Structure of the RagAB peptide transporter

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sli

タイトル

Structure of the RagAB peptide transporter

要素

ALA-SER-THR-THR-GLY-GLY-ASN-SER-GLN-ARG-GLY-SER-GLY
ASTTGGNSQRGGG
Lipoprotein RagB
RagA protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / outer membrane protein / Bacteroidetes / TonB dependent transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Porphyromonas gingivalis (バクテリア)

Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.38 Å

データ登録者

Madej, M. / Ranson, N.A. / White, J.B.R.

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020
タイトル: Structural and functional insights into oligopeptide acquisition by the RagAB transporter from Porphyromonas gingivalis.
著者: Mariusz Madej / Joshua B R White / Zuzanna Nowakowska / Shaun Rawson / Carsten Scavenius / Jan J Enghild / Grzegorz P Bereta / Karunakar Pothula / Ulrich Kleinekathoefer / Arnaud Baslé / ...
要旨: Porphyromonas gingivalis, an asaccharolytic member of the Bacteroidetes, is a keystone pathogen in human periodontitis that may also contribute to the development of other chronic inflammatory ...

履歴

登録	2019年8月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sli.cif.gz	2.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sli.ent.gz	1.8 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sli.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6sli_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6sli_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	6sli_validation.xml.gz	196.5 KB	表示
CIF形式データ	6sli_validation.cif.gz	261.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/6sli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/6sli	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	10241C 10243C 10245C 6sljC 6slnC 6sm3C 6smlC 6smqC 5cx8S 5fq8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6sln-d 6slj-d 6sm3-1 6050 6zaz-1 10245 6049 6z9a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lipoprotein RagB

B: RagA protein

P: ALA-SER-THR-THR-GLY-GLY-ASN-SER-GLN-ARG-GLY-SER-GLY

C: Lipoprotein RagB

D: RagA protein

E: ASTTGGNSQRGGG

F: Lipoprotein RagB

G: RagA protein

H: ALA-SER-THR-THR-GLY-GLY-ASN-SER-GLN-ARG-GLY-SER-GLY

I: Lipoprotein RagB

J: RagA protein

K: ASTTGGNSQRGGG

ヘテロ分子

668 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Lipoprotein RagB

B: RagA protein

P: ALA-SER-THR-THR-GLY-GLY-ASN-SER-GLN-ARG-GLY-SER-GLY

ヘテロ分子

A: Lipoprotein RagB

B: RagA protein

P: ALA-SER-THR-THR-GLY-GLY-ASN-SER-GLN-ARG-GLY-SER-GLY

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
337 kDa, 6 ポリマー
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2

C: Lipoprotein RagB

D: RagA protein

E: ASTTGGNSQRGGG

C: Lipoprotein RagB

D: RagA protein

E: ASTTGGNSQRGGG

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
333 kDa, 6 ポリマー
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3

F: Lipoprotein RagB

G: RagA protein

H: ALA-SER-THR-THR-GLY-GLY-ASN-SER-GLN-ARG-GLY-SER-GLY

I: Lipoprotein RagB

J: RagA protein

K: ASTTGGNSQRGGG

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
333 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	190.560, 376.870, 369.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
1	2
2	2
3	2
4	2
1	3
2	3
3	3
4	3

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	CYS	CYS	ILE	ILE	chain 'A'	A	A	20 - 501	1 - 482
2	2	1	CYS	CYS	ILE	ILE	chain 'C'	C	D	20 - 501	1 - 482
3	3	1	CYS	CYS	ILE	ILE	chain 'F'	F	G	20 - 501	1 - 482
4	4	1	CYS	CYS	ILE	ILE	chain 'I'	I	J	20 - 501	1 - 482
1	5	2	LEU	LEU	ASP	ASP	chain 'B'	B	B	115 - 837	95 - 817
1	6	2	LYS	LYS	PHE	PHE	chain 'B'	B	B	842 - 1017	822 - 997
2	7	2	LEU	LEU	ASP	ASP	chain 'D'	D	E	115 - 837	95 - 817
2	8	2	LYS	LYS	PHE	PHE	chain 'D'	D	E	842 - 1017	822 - 997
3	9	2	LEU	LEU	ASP	ASP	chain 'G'	G	H	115 - 837	95 - 817
3	10	2	LYS	LYS	PHE	PHE	chain 'G'	G	H	842 - 1017	822 - 997
4	11	2	LEU	LEU	ASP	ASP	chain 'J'	J	K	115 - 837	95 - 817
4	12	2	LYS	LYS	PHE	PHE	chain 'J'	J	K	842 - 1017	822 - 997
1	13	3	ALA	ALA	ARG	ARG	(chain 'E' and (resid 1 through 11 or resid 13))	E	F	1 - 10	1 - 10
2	14	3	ALA	ALA	ARG	ARG	(chain 'H' and (resid 1 through 11 or resid 13))	H	I	1 - 10	1 - 10
3	15	3	ALA	ALA	ARG	ARG	(chain 'K' and (resid 1 through 11 or resid 13))	K	L	1 - 10	1 - 10
4	16	3	ALA	ALA	ARG	ARG	(chain 'P' and (resid 1 through 11 or resid 13))	P	C	1 - 10	1 - 10

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACFIBDGJ

#1: タンパク質	Lipoprotein RagB 分子量: 55259.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (strain ATCC BAA-308 / W83) (バクテリア) 株: ATCC BAA-308 / W83 / 遺伝子: ragB, PG_0186 / 発現宿主: Porphyromonas gingivalis (バクテリア) / 参照: UniProt: F5H948
#2: タンパク質	RagA protein 分子量: 110162.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (strain ATCC BAA-308 / W83) (バクテリア) 株: ATCC BAA-308 / W83 / 参照: UniProt: Q7MXJ7

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 PHEK

#3: タンパク質・ペプチド	ALA-SER-THR-THR-GLY-GLY-ASN-SER-GLN-ARG-GLY-SER-GLY 分子量: 1180.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア) 株: KRAB
#4: タンパク質・ペプチド	ASTTGGNSQRGGG 分子量: 1150.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア) 株: KRAB

-
非ポリマー , 2種, 3分子

#5: 化合物	ChemComp-5PL / (1R,4S,6R)-6-({[2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]OXY}METHYL)-4-HYDROXY-1-{[(15-METHYLHEXADECANOYL)OXY]METHYL}-4-OXIDO-7-OXO-3,5-DIOXA-8-AZA-4-PHOSPHAHEPTACOS-1-YL 15-METHYLHEXADECANOATE 分子量: 1233.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₇H₁₂₉N₂O₁₅P
#6: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 18% PEG200 0.1 M KCl 0.1 M K-phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.928 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.928 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.38→83.92 Å / Num. obs: 184493 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 83.77 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_pim(I) all: 0.084 / R_rim(I) all: 0.234 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 3.38→3.44 Å / 冗長度: 8.1 % / Num. unique obs: 9162 / CC_1/2: 0.735 / R_pim(I) all: 0.449 / R_rim(I) all: 1.276 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CX8, 5FQ8

5cx8

5fq8

解像度: 3.38→83.92 Å / SU ML: 0.4621 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.1351
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2511	9218	5.01 %
R_work	0.2045	174914	-
obs	0.2068	184132	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 101.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.38→83.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	43884	0	46	0	43930

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0118	44919
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4546	60809
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0731	6447
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0096	7978
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.3979	26617

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.38-3.42	0.4056	306	0.3502	5787	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.42-3.46	0.3796	317	0.332	5850	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.46-3.5	0.3755	332	0.3271	5693	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.5-3.55	0.312	294	0.308	5818	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.55-3.59	0.3278	319	0.2877	5786	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.59-3.64	0.3398	294	0.2761	5829	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.64-3.69	0.3005	311	0.2638	5789	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.69-3.75	0.2892	292	0.244	5772	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.75-3.81	0.3094	348	0.2506	5781	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.81-3.87	0.2971	304	0.2456	5774	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.87-3.94	0.293	304	0.2436	5810	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.94-4.01	0.2798	317	0.2356	5789	X-RAY DIFFRACTION	99.75
4.01-4.08	0.2773	314	0.2299	5791	X-RAY DIFFRACTION	99.85
4.08-4.17	0.2426	307	0.2165	5801	X-RAY DIFFRACTION	99.82
4.17-4.26	0.2518	312	0.2048	5805	X-RAY DIFFRACTION	99.87
4.26-4.36	0.2576	314	0.2006	5788	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.36-4.47	0.2604	306	0.1967	5859	X-RAY DIFFRACTION	99.95
4.47-4.59	0.2008	331	0.1816	5811	X-RAY DIFFRACTION	99.92
4.59-4.72	0.2389	312	0.1759	5800	X-RAY DIFFRACTION	99.84
4.72-4.87	0.2129	311	0.1743	5827	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.87-5.05	0.2317	273	0.1696	5884	X-RAY DIFFRACTION	99.98
5.05-5.25	0.2103	277	0.1681	5893	X-RAY DIFFRACTION	99.94
5.25-5.49	0.2129	299	0.1813	5834	X-RAY DIFFRACTION	99.98
5.49-5.78	0.2162	331	0.1693	5863	X-RAY DIFFRACTION	99.92
5.78-6.14	0.2378	284	0.1741	5900	X-RAY DIFFRACTION	99.97
6.14-6.62	0.234	317	0.1853	5870	X-RAY DIFFRACTION	99.97
6.62-7.28	0.2251	304	0.1707	5908	X-RAY DIFFRACTION	99.98
7.28-8.33	0.2	271	0.1604	5950	X-RAY DIFFRACTION	99.94
8.33-10.5	0.1828	312	0.1402	5977	X-RAY DIFFRACTION	99.89
10.5-83.92	0.2388	305	0.2039	5875	X-RAY DIFFRACTION	95.43

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.672336771692	-0.0227021654662	0.23416119301	0.99078177904	0.0264544069429	0.758059458319	-0.0486593949075	-0.028371270615	-0.0816679675791	-0.0950611987991	0.096955212155	0.390076383777	-0.0811802461347	-0.0774983918483	-0.0591341452806	0.628978573559	0.0533858746951	0.0285389085628	0.368653071555	0.112928401347	0.543643499341	163.203637676	126.029875284	86.6625411984
2	0.534804841155	-0.197074299407	0.204760953431	0.693025736244	-0.10084802035	0.367779936222	0.0685966404563	0.0391670653368	-0.499388816969	-0.24003624696	0.118240876333	0.360462795245	0.125927431112	-0.059585456978	-0.127183861724	0.687312990044	-0.0730613401796	-0.142601173554	0.487189056533	0.00723304684932	1.03157916834	167.421375971	82.8639593508	78.595279771
3	0.823283327341	1.37443443913	0.489402621145	2.30566108988	0.802723380658	0.300196288937	0.212056518258	-0.238449665103	-0.282417103883	0.325398862153	-0.333236907703	-0.420233603168	-0.166100250608	0.460837250586	0.324678109069	0.914998264918	-0.060260974174	-0.160267582568	0.868878133265	0.119507232364	0.937386662952	162.323209577	101.503321399	74.851419792
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11	0.923226777892	0.473641649325	-0.119848907009	0.709637041661	-0.179019834921	0.627472241217	-0.150296789574	-0.476656782069	-0.419120638357	-0.365641708433	0.0564048427598	0.0986775054984	0.414555550168	-0.286388302619	0.027083405983	0.841102261519	-0.0357928568782	0.0848207222605	1.07450083272	0.358725220857	0.728371661353	93.8891917844	96.1788587071	156.613680727
12	-0.000397920029194	0.00503594010318	0.00121055559566	0.02006392555	0.0143653582631	0.00833548903676	0.108391222184	-0.159732522067	0.18303412975	-0.230444230099	-0.0889818544249	-0.16721953336	-0.285304371512	0.179318653362	-0.138626906037	1.23759990155	0.00398872666183	-0.120772344918	1.18607555303	0.0937163908328	0.922801506245	89.3122738197	102.281357617	138.214774315

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 20 through 501)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 115 through 1017)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'P' and resid 1 through 13)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'C' and resid 20 through 501)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'D' and resid 115 through 1017)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'E' and resid 1 through 13)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'F' and resid 20 through 501)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain 'G' and resid 115 through 1017)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain 'H' and resid 1 through 13)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain 'I' and resid 20 through 501)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain 'J' and resid 115 through 1017)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain 'K' and resid 1 through 13)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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