ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.8.0253精密化 xia2データスケーリング PDB_EXTRACT3.25 データ抽出 xia2データ削減 PHASER位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 6SIW解像度 : 1.77→51.8 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.968 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.957 / SU B : 8.635 / SU ML : 0.123 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.124 / ESU R Free : 0.117 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2281 4694 5 % RANDOM Rwork 0.1998 - - - obs 0.2012 89767 99.43 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.7 Å / 減衰半径 : 0.7 Å / VDWプローブ半径 : 1 Å原子変位パラメータ Biso max : 129.98 Å2 / Biso mean : 48.647 Å2 / Biso min : 25.36 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -1.19 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - -0.39 Å2 0 Å2 3- - - 1.58 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.77→51.8 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 6778 0 125 221 7124 Biso mean - - 50.18 46.75 - 残基数 - - - - 870
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.006 0.013 7155 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.017 6623 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.395 1.669 9773 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg1.248 1.571 15264 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.749 5 890 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg29.252 19.669 393 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg13.895 15 1102 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg21.714 15 79 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.064 0.2 924 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.006 0.02 8121 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.001 0.02 1626
Refine LS restraints NCS Ens-ID : 1 / 数 : 13304 / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / タイプ : interatomic distance / Rms dev position : 0.09 Å / Weight position : 0.05
LS精密化 シェル 解像度 : 1.77→1.816 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.37 367 - Rwork 0.354 6519 - all - 6886 - obs - - 98.85 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.4372 -0.1145 0.2604 0.9979 0.0813 1.6361 0.0204 -0.1342 -0.1764 0.0712 0.1183 0.1229 0.3153 -0.1917 -0.1387 0.0734 -0.0632 -0.0277 0.3576 0.1186 0.1161 -31.4267 -23.9805 -13.5842 2 0.5929 -0.1415 0.1676 0.868 0.005 1.6123 -0.0644 0.0916 -0.0627 -0.3311 0.0253 0.0706 -0.1006 0.0086 0.0391 0.1805 -0.0635 -0.0492 0.3403 0.0292 0.0468 -26.0114 -8.8513 -42.7674
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A4 - 1201 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B0 - 1201