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- PDB-6sin: Fragment AZ-020 binding at the p53pT387/14-3-3 sigma interface -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sin
タイトルFragment AZ-020 binding at the p53pT387/14-3-3 sigma interface
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Cellular tumor antigen p53
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / protein protein interaction / fragment soaking / stabilization
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of helicase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / Activation of NOXA and translocation to mitochondria ...negative regulation of helicase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / regulation of cell cycle G2/M phase transition / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / positive regulation of thymocyte apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / regulation of tissue remodeling / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / germ cell nucleus / regulation of fibroblast apoptotic process / bone marrow development / cellular response to actinomycin D / circadian behavior / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / histone deacetylase regulator activity / positive regulation of programmed necrotic cell death / T cell proliferation involved in immune response / : / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / mRNA transcription / negative regulation of glial cell proliferation / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / negative regulation of neuroblast proliferation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / mitochondrial DNA repair / T cell lineage commitment / thymocyte apoptotic process / ER overload response / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / cardiac septum morphogenesis / B cell lineage commitment / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / entrainment of circadian clock by photoperiod / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / negative regulation of DNA replication / negative regulation of mitophagy / Zygotic genome activation (ZGA) / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / PI5P Regulates TP53 Acetylation / necroptotic process / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / regulation of cell-cell adhesion / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / SUMOylation of transcription factors / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / rRNA transcription / Transcriptional Regulation by VENTX / TFIID-class transcription factor complex binding / establishment of skin barrier / Regulation of localization of FOXO transcription factors / cellular response to UV-C / keratinocyte proliferation / viral process / neuroblast proliferation / replicative senescence / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / general transcription initiation factor binding / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / Pyroptosis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Activation of BAD and translocation to mitochondria / phosphoserine residue binding / negative regulation of keratinocyte proliferation / chromosome organization / positive regulation of execution phase of apoptosis / hematopoietic stem cell differentiation / embryonic organ development / type II interferon-mediated signaling pathway / cAMP/PKA signal transduction / negative regulation of protein localization to plasma membrane / response to X-ray / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / somitogenesis / hematopoietic progenitor cell differentiation / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of stem cell proliferation / core promoter sequence-specific DNA binding / glial cell proliferation
類似検索 - 分子機能
Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / 14-3-3 domain / : / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain ...Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / 14-3-3 domain / : / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / Delta-Endotoxin; domain 1 / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / p53-like transcription factor, DNA-binding / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K65 / Cellular tumor antigen p53 / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Genet, S. / Wolter, M. / Guillory, X. / Somsen, B. / Leysen, S. / Patel, J. / Castaldi, P. / Ottmann, C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
European Commission オランダ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based Differential Targeting of PPI Stabilizer Interfaces.
著者: Guillory, X. / Wolter, M. / Leysen, S. / Neves, J.F. / Kuusk, A. / Genet, S. / Somsen, B. / Morrow, J.K. / Rivers, E. / van Beek, L. / Patel, J. / Goodnow, R. / Schoenherr, H. / Fuller, N. / ...著者: Guillory, X. / Wolter, M. / Leysen, S. / Neves, J.F. / Kuusk, A. / Genet, S. / Somsen, B. / Morrow, J.K. / Rivers, E. / van Beek, L. / Patel, J. / Goodnow, R. / Schoenherr, H. / Fuller, N. / Cao, Q. / Doveston, R.G. / Brunsveld, L. / Arkin, M.R. / Castaldi, P. / Boyd, H. / Landrieu, I. / Chen, H. / Ottmann, C.
履歴
登録2019年8月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2643
ポリマ－27,9922
非ポリマー2711
水5,945330
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5286
ポリマ－55,9854
非ポリマー5432
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area22670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.302, 112.448, 62.413
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-709-

HOH

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Cellular tumor antigen p53 / Antigen NY-CO-13 / Phosphoprotein p53 / Tumor suppressor p53


分子量: 1449.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04637
#3: 化合物 ChemComp-K65 / ~{N}-[2-(5-carbamimidoylthiophen-3-yl)phenyl]prop-2-enamide


分子量: 271.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H13N3OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Hepes, pH7.5, 27%PEG, 5% Glycerol, 0.2M Calcium Chloride, 2mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→66.41 Å / Num. obs: 35534 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 17.6259440312 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.64→1.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.934 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 5089 / CC1/2: 0.462

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MOC

5moc


解像度: 1.64→22.14 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2109 --
Rwork0.1725 --
obs-35510 99.2016 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→22.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1897 0 19 330 2246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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