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Yorodumi- PDB-6shi: Human kallikrein 7 with aromatic coumarinic ester compound 2 cova... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6shi | ||||||
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Title | Human kallikrein 7 with aromatic coumarinic ester compound 2 covalently bound to H57 | ||||||
Components | Kallikrein-7 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Serine Protease / Covalent Inhibitor / Complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information stratum corneum chymotryptic enzyme / positive regulation of antibacterial peptide production / epidermal lamellar body / cornified envelope / extracellular matrix disassembly / epidermis development / serine-type peptidase activity / Degradation of the extracellular matrix / secretory granule / metalloendopeptidase activity ...stratum corneum chymotryptic enzyme / positive regulation of antibacterial peptide production / epidermal lamellar body / cornified envelope / extracellular matrix disassembly / epidermis development / serine-type peptidase activity / Degradation of the extracellular matrix / secretory granule / metalloendopeptidase activity / peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Hanke, S. / Straeter, N. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2020 Title: Structural Studies on the Inhibitory Binding Mode of Aromatic Coumarinic Esters to Human Kallikrein-Related Peptidase 7. Authors: Hanke, S. / Tindall, C.A. / Pippel, J. / Ulbricht, D. / Pirotte, B. / Reboud-Ravaux, M. / Heiker, J.T. / Strater, N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6shi.cif.gz | 763.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6shi.ent.gz | 633 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6shi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/6shi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/6shi | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6shhC 6sjuC 6y4sC 2qxiS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 24481.160 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The inhibitor is covalently attached to H57 / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: KLK7, PRSS6, SCCE / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta pLysS References: UniProt: P49862, stratum corneum chymotryptic enzyme |
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-Non-polymers , 5 types, 1988 molecules
#2: Chemical | ChemComp-PGE / #3: Chemical | ChemComp-SH8 / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 2.9 M ammonium sulphate, 0.1 M HEPES, pH 8.5, 0.5- 2 % PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.920172 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 28, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.920172 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→47.08 Å / Num. obs: 177629 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 26.18 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rrim(I) all: 0.169 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 9.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.823 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 8592 / CC1/2: 0.423 / Rrim(I) all: 2.119 / Χ2: 1.01 / % possible all: 98.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2qxi Resolution: 1.85→46.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU R Cruickshank DPI: 0.123 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.137 / SU Rfree Blow DPI: 0.123 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.116
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Displacement parameters | Biso max: 204.2 Å2 / Biso mean: 33.78 Å2 / Biso min: 13.36 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.21 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→46.6 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.85→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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