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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6shi | ||||||
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タイトル | Human kallikrein 7 with aromatic coumarinic ester compound 2 covalently bound to H57 | ||||||
要素 | Kallikrein-7カリクレイン | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Serine Protease (セリンプロテアーゼ) / Covalent Inhibitor / Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 stratum corneum chymotryptic enzyme / positive regulation of antibacterial peptide production / epidermal lamellar body / cornified envelope / extracellular matrix disassembly / epidermis development / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / 分泌 / metalloendopeptidase activity ...stratum corneum chymotryptic enzyme / positive regulation of antibacterial peptide production / epidermal lamellar body / cornified envelope / extracellular matrix disassembly / epidermis development / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / 分泌 / metalloendopeptidase activity / peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Hanke, S. / Straeter, N. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020 タイトル: Structural Studies on the Inhibitory Binding Mode of Aromatic Coumarinic Esters to Human Kallikrein-Related Peptidase 7. 著者: Hanke, S. / Tindall, C.A. / Pippel, J. / Ulbricht, D. / Pirotte, B. / Reboud-Ravaux, M. / Heiker, J.T. / Strater, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6shi.cif.gz | 763.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6shi.ent.gz | 633 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6shi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/6shi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/6shi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH
#1: タンパク質 | 分子量: 24481.160 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The inhibitor is covalently attached to H57 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLK7, PRSS6, SCCE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS 参照: UniProt: P49862, stratum corneum chymotryptic enzyme |
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-非ポリマー , 5種, 1988分子
#2: 化合物 | ChemComp-PGE / #3: 化合物 | ChemComp-SH8 / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.65 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2.9 M ammonium sulphate, 0.1 M HEPES, pH 8.5, 0.5- 2 % PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.920172 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.920172 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→47.08 Å / Num. obs: 177629 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 26.18 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rrim(I) all: 0.169 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.823 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 8592 / CC1/2: 0.423 / Rrim(I) all: 2.119 / Χ2: 1.01 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2qxi 解像度: 1.85→46.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU R Cruickshank DPI: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.137 / SU Rfree Blow DPI: 0.123 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.116
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原子変位パラメータ | Biso max: 204.2 Å2 / Biso mean: 33.78 Å2 / Biso min: 13.36 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.21 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.85→46.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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