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万見
- PDB-6sec: Cold-adapted beta-D-galactosidase from Arthrobacter sp. 32cBon co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sec
タイトルCold-adapted beta-D-galactosidase from Arthrobacter sp. 32cBon complex with ONPG
要素Beta-galactosidase
キーワードHYDROLASE / galactosidase / cold-adapted / psychrophilic / dimeric
機能・相同性
機能・相同性情報


lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / : / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. ...Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / : / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Distorted Sandwich / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-nitrophenyl beta-D-galactopyranoside / ACETATE ION / Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter sp. 32cB (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.768 Å
データ登録者Rutkiewicz, M. / Bujacz, A. / Bujacz, G.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2016/21/B/ST5/00555 ポーランド
引用
ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2019
タイトル: Active Site Architecture and Reaction Mechanism Determination of Cold Adapted beta-d-galactosidase fromArthrobactersp. 32cB.
著者: Rutkiewicz, M. / Bujacz, A. / Wanarska, M. / Wierzbicka-Wos, A. / Cieslinski, H.
#1: ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2019
タイトル: Structural features of cold-adapted dimeric GH2 beta-D-galactosidase from Arthrobacter sp. 32cB.
著者: Rutkiewicz, M. / Bujacz, A. / Bujacz, G.
履歴
登録2019年7月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,2075
ポリマ－109,7641
非ポリマー4424
水2,432135
1
A: Beta-galactosidase
ヘテロ分子

A: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,41410
ポリマ－219,5292
非ポリマー8858
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area67960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.330, 137.330, 126.784
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Beta-galactosidase


分子量: 109764.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter sp. 32cB (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A023UGN9, beta-galactosidase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 糖 ChemComp-145 / 2-nitrophenyl beta-D-galactopyranoside / 1-O-[O-NITROPHENYL]-BETA-D-GALACTOPYRANOSE / 2-nitrophenyl beta-D-galactoside / 2-nitrophenyl D-galactoside / 2-nitrophenyl galactoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 301.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15NO8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
1-O-[O-nitrophenyl]-b-D-galactopyranoseIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 35% Tacsimate pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→46.578 Å / Num. obs: 67872 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.625 % / Biso Wilson estimate: 58.25 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rrim(I) all: 0.168 / Χ2: 1.065 / Net I/σ(I): 11.75
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.59-2.746.3221.5131.0343053694268100.6251.65198.1
2.74-2.936.8151.0091.7144705656965600.8041.09499.9
2.93-3.167.0340.6053.1142808609860860.9160.65499.8
3.16-3.466.880.3326.1338482561855930.9730.3699.6
3.46-3.876.3190.19410.7532118510450830.9880.21199.6
3.87-4.466.4850.119.4229332453745230.9960.10999.7
4.46-5.456.8260.06827.2826363386938620.9980.07499.8
5.45-7.666.1810.05830.2118722304330290.9980.06399.5
7.66-46.5786.4350.02755.1811467181117820.9990.0398.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ETZ

6etz


解像度: 2.768→46.578 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.24 / 位相誤差: 27.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2401 2112 3.11 %
Rwork0.1721 65760 -
obs0.1743 67872 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 169.11 Å2 / Biso mean: 63.3921 Å2 / Biso min: 19.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.768→46.578 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7603 0 30 135 7768
Biso mean--70.77 50.7 -
残基数----988
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087857
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00810714
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561139
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061441
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.0056301
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.768-2.83240.42241340.3238424796
2.8324-2.90320.36281400.2884371100
2.9032-2.98170.33231400.27524390100
2.9817-3.06940.32151410.26234389100
3.0694-3.16850.31621430.2364459100
3.1685-3.28170.26321430.21784383100
3.2817-3.4130.28611390.19744357100
3.413-3.56830.26251410.17214358100
3.5683-3.75640.24581440.17934422100
3.7564-3.99160.23151400.15524386100
3.9916-4.29960.18841390.13364397100
4.2996-4.73190.20151410.12254403100
4.7319-5.41570.18691430.12764380100
5.4157-6.81980.21031460.15224408100
6.8198-46.5780.21811380.15574410100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5521-0.22820.03010.10840.13990.9923-0.0421-0.0956-0.0630.11280.11740.01740.2538-0.03180.00280.37640.03870.0220.13360.08160.262436.933331.658335.9329
20.1060.139-0.05790.2286-0.00210.2797-0.1169-0.0320.03910.04690.13620.08120.51780.0719-0.00090.53250.1927-0.0190.2772-0.01860.367854.098719.375713.1624
30.09140.0198-0.01180.0682-0.13790.16190.12450.101-0.0548-0.0065-0.0560.20160.19240.03980.00040.59430.132-0.07180.419-0.07380.412442.147522.8281-14.2269
40.13990.124-0.01550.14250.00980.13330.16030.2032-0.0530.0067-0.09830.03590.27950.098200.49710.1227-0.07110.3449-0.08240.387942.786322.6002-11.5329
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 22 through 538 )A22 - 538
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 539 through 701 )A539 - 701
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 702 through 789 )A702 - 789
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 790 through 1009 )A790 - 1009

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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