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- PDB-6sda: Bd2924 C10 acyl-coenzymeA bound form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sda
タイトルBd2924 C10 acyl-coenzymeA bound form
要素Probable acyl-CoA dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / acyl-CoA dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる / acyl-CoA dehydrogenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Adaptive response protein AidB, N-terminal / : / Adaptive response protein AidB N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / decanoyl-CoA / Probable acyl-CoA dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Lovering, A.L. / Harding, C.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Councilstudentship 英国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: Target highlights in CASP13: Experimental target structures through the eyes of their authors.
著者: Lepore, R. / Kryshtafovych, A. / Alahuhta, M. / Veraszto, H.A. / Bomble, Y.J. / Bufton, J.C. / Bullock, A.N. / Caba, C. / Cao, H. / Davies, O.R. / Desfosses, A. / Dunne, M. / Fidelis, K. / ...著者: Lepore, R. / Kryshtafovych, A. / Alahuhta, M. / Veraszto, H.A. / Bomble, Y.J. / Bufton, J.C. / Bullock, A.N. / Caba, C. / Cao, H. / Davies, O.R. / Desfosses, A. / Dunne, M. / Fidelis, K. / Goulding, C.W. / Gurusaran, M. / Gutsche, I. / Harding, C.J. / Hartmann, M.D. / Hayes, C.S. / Joachimiak, A. / Leiman, P.G. / Loppnau, P. / Lovering, A.L. / Lunin, V.V. / Michalska, K. / Mir-Sanchis, I. / Mitra, A.K. / Moult, J. / Phillips Jr., G.N. / Pinkas, D.M. / Rice, P.A. / Tong, Y. / Topf, M. / Walton, J.D. / Schwede, T.
履歴
登録2019年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable acyl-CoA dehydrogenase
B: Probable acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,8205
ポリマ－111,3272
非ポリマー2,4933
水11,800655
1
A: Probable acyl-CoA dehydrogenase
B: Probable acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Probable acyl-CoA dehydrogenase
B: Probable acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,64010
ポリマ－222,6544
非ポリマー4,9866
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area20460 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area66180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.266, 134.647, 133.179
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-972-

HOH

21B-973-

HOH

31B-998-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 3 - 505 / Label seq-ID: 3 - 505

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質 Probable acyl-CoA dehydrogenase


分子量: 55663.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア)
株: ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100 / 遺伝子: Bd2924 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6MJ59, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-MFK / decanoyl-CoA / S-デカノイル補酵素A


分子量: 921.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H54N7O17P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 655 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.62 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MIB buffer (malonate, imidazole, boric acid) pH 6 25% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97612 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97612 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.869→133.18 Å / Num. obs: 93777 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
1.87-1.9711.50.766156658135890.8810.2340.8022.5
5.91-133.1812.20.0413884131810.9990.0120.04349.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.31データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.87→46.052 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.191 4701 5.02 %
Rwork0.161 --
obs0.1626 93716 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.72 Å2 / Biso mean: 41.2408 Å2 / Biso min: 16.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.87→46.052 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7800 0 165 655 8620
Biso mean--68.02 45.21 -
残基数----1006
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088171
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18211085
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061406
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5682991
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4652X-RAY DIFFRACTION6.648TORSIONAL
12B4652X-RAY DIFFRACTION6.648TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.87-1.890.30051490.24662965
1.89-1.91230.28991420.22712952
1.9123-1.93560.25671530.21132925
1.9356-1.96010.2221400.19982960
1.9601-1.98590.24051630.18522900
1.9859-2.01310.22891660.18552967
2.0131-2.04190.22721620.18992933
2.0419-2.07230.21951570.17632926
2.0723-2.10470.20151560.17582977
2.1047-2.13920.1741450.17262941
2.1392-2.17610.24131380.16142927
2.1761-2.21570.20811510.17162971
2.2157-2.25830.18051560.16372976
2.2583-2.30440.19581620.15972923
2.3044-2.35450.19871600.16152938
2.3545-2.40930.20531510.16692961
2.4093-2.46950.20911610.16062935
2.4695-2.53630.18741600.17132972
2.5363-2.61090.21041670.16732959
2.6109-2.69520.19591660.17532940
2.6952-2.79150.21171650.17412984
2.7915-2.90320.21531520.16832948
2.9032-3.03530.21621620.17422965
3.0353-3.19530.22361530.182994
3.1953-3.39550.1991660.16622969
3.3955-3.65750.18071540.16382990
3.6575-4.02540.17351630.14993011
4.0254-4.60740.15421560.12163016
4.6074-5.80310.1661840.14233016
5.8031-46.0520.15281410.14963174
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.92790.37270.20390.96370.1270.5515-0.02710.2031-0.1589-0.22780.1035-0.26660.06990.1098-0.05270.2876-0.02710.06670.2789-0.04730.26814.7291-32.71944.7095
20.72670.3654-0.07981.764-0.09060.78920.0903-0.04620.19150.0278-0.07280.0774-0.08110.0134-0.01460.186-0.03680.00930.1931-0.00250.2522-1.5394-13.378617.0636
31.50280.18010.26420.67460.27851.0147-0.02350.2147-0.0668-0.26050.07420.0388-0.0281-0.007-0.04030.255-0.036-0.02120.2216-0.02180.1747-13.113-35.99632.2166
42.16750.08-0.22590.8868-0.56312.2945-0.26240.6133-0.0048-0.24540.29110.43320.0142-0.7789-0.07610.4784-0.1125-0.16390.51440.09210.3402-26.1506-29.0201-8.3366
51.2078-0.34890.61760.67060.10280.8560.1425-0.4342-0.15940.1766-0.07050.01480.1652-0.332-0.04450.2873-0.137-0.02640.43610.09480.2534-29.0562-48.118936.6087
60.78650.0644-0.35381.5219-0.18140.35510.1903-0.1874-0.5644-0.1623-0.0265-0.01830.47260.0737-0.08690.5481-0.0914-0.2310.27180.12140.5811-16.1786-67.706531.1676
71.78060.32380.49630.29180.39661.14590.0839-0.1047-0.1549-0.0113-0.02460.0620.1112-0.1471-0.0520.2033-0.0405-0.03710.21850.04320.2072-30.4828-45.037318.7542
81.78470.0513-0.1590.90550.63931.78770.11750.2461-0.2765-0.209-0.1260.0582-0.0567-0.2159-0.01190.2731-0.0279-0.08750.3026-0.00680.3282-40.5951-51.58735.2743
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 3 through 168 )B3 - 168
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 169 through 285 )B169 - 285
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 286 through 449 )B286 - 449
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 450 through 505 )B450 - 505
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 3 through 166 )A3 - 166
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 169 through 285 )A169 - 285
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 286 through 449 )A286 - 449
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 450 through 505 )A450 - 505

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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