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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6sae | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of TMV in water | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / TMV / virus assembly/disassembly / Ca2+ switch / Caspar carboxylates | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Tobacco mosaic virus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Weis, F. / Beckers, M. / Sachse, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2019 タイトル: Elucidation of the viral disassembly switch of tobacco mosaic virus. 著者: Felix Weis / Maximilian Beckers / Iris von der Hocht / Carsten Sachse / 要旨: Stable capsid structures of viruses protect viral RNA while they also require controlled disassembly for releasing the viral genome in the host cell. A detailed understanding of viral disassembly ...Stable capsid structures of viruses protect viral RNA while they also require controlled disassembly for releasing the viral genome in the host cell. A detailed understanding of viral disassembly processes and the involved structural switches is still lacking. This process has been extensively studied using tobacco mosaic virus (TMV), and carboxylate interactions are assumed to play a critical part in this process. Here, we present two cryo-EM structures of the helical TMV assembly at 2.0 and 1.9 Å resolution in conditions of high Ca concentration at low pH and in water. Based on our atomic models, we identify the conformational details of the disassembly switch mechanism: In high Ca /acidic pH environment, the virion is stabilized between neighboring subunits through carboxyl groups E95 and E97 in close proximity to a Ca binding site that is shared between two subunits. Upon increase in pH and lower Ca levels, mutual repulsion of the E95/E97 pair and Ca removal destabilize the network of interactions between adjacent subunits at lower radius and release the switch for viral disassembly. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6sae.cif.gz | 96.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6sae.ent.gz | 80.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6sae.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6sae_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6sae_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6sae_validation.xml.gz | 28.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6sae_validation.cif.gz | 39.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/6sae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/6sae | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 10129MC 6sagC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10305 (タイトル: Cryo-EM structure of TMV in water / Data size: 6.8 Data #1: Raw movies of the TMV in water sample, with corresponding start-end coordinates files and gain reference file [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 40
モデル数 | 3 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17531.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: Residues 154-158 are flexible and were not modelled. 由来: (天然) Tobacco mosaic virus (strain vulgare) (ウイルス) 株: vulgare / 参照: UniProt: P69687 | ||||
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#2: RNA鎖 | 分子量: 958.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Tobacco mosaic virus (vulgare) (ウイルス) | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Tobacco mosaic virus (strain vulgare) / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Tobacco mosaic virus (strain vulgare) (ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Nicotiana tabacum |
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: pure water |
試料 | 濃度: 22 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: Pelco Easyglow, factory settings / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 215000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 350 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 150 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 30.8 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 62 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 22.038 ° / 軸方向距離/サブユニット: 1.406 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 21709 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 1.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21598 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4UDV |