[日本語] English
万見
- PDB-6s8x: Crystal structure of the Rab-binding domain of FIP2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s8x
タイトルCrystal structure of the Rab-binding domain of FIP2
要素Rab11 family-interacting protein 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / membrane trafficking / Rab small GTPases / effector protein / Rab-binding domain / endosomal trafficking
機能・相同性
機能・相同性情報


TRAM-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / regulated exocytosis / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / establishment of cell polarity / positive regulation of GTPase activity / phagocytosis / phagocytic cup / cytoplasmic vesicle membrane / cell projection / positive regulation of protein localization to plasma membrane ...TRAM-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / regulated exocytosis / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / establishment of cell polarity / positive regulation of GTPase activity / phagocytosis / phagocytic cup / cytoplasmic vesicle membrane / cell projection / positive regulation of protein localization to plasma membrane / small GTPase binding / recycling endosome membrane / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / endosome / intracellular membrane-bounded organelle / protein kinase binding / protein homodimerization activity / nucleoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Rab11-family interacting protein class I / Rab-binding domain FIP-RBD / FIP-RBD, C-terminal domain superfamily / FIP domain / FIP-RBD domain profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / Rab11 family-interacting protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Kearney, A.M. / Khan, A.R.
資金援助 アイルランド, 1件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland12/IA/1239 アイルランド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the Rab-binding domain of Rab11 family-interacting protein 2.
著者: Kearney, A.M. / Khan, A.R.
履歴
登録2019年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Rab11 family-interacting protein 2
B: Rab11 family-interacting protein 2
D: Rab11 family-interacting protein 2
E: Rab11 family-interacting protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6035
ポリマ－36,4854
非ポリマー1181
水1,11762
1
A: Rab11 family-interacting protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1211
ポリマ－9,1211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Rab11 family-interacting protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1211
ポリマ－9,1211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: Rab11 family-interacting protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1211
ポリマ－9,1211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
E: Rab11 family-interacting protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2392
ポリマ－9,1211
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.538, 68.430, 172.086
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-609-

HOH

21B-601-

HOH

31D-612-

HOH

41E-705-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Rab11 family-interacting protein 2 / Rab11-FIP2 / NRip11


分子量: 9121.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB11FIP2, KIAA0941 / 発現宿主: Escherichia coli #1/H766 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7L804
#2: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.17 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.01M cobat chloride 0.1M NaOAc, pH 4.7 1M 1,6 hexanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→46.16 Å / Num. all: 72768 / Num. obs: 16934 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 35.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.29→2.37 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.872 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1611 / CC1/2: 0.712 / Rpim(I) all: 0.483 / Rrim(I) all: 1.048 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.29→43.02 Å / SU ML: 0.2621 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.3366
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2739 824 4.88 %
Rwork0.246 --
obs0.2473 16885 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→43.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1721 0 8 62 1791
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00611747
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77782346
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0375276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039294
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.58761103
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.29-2.430.30461260.29492653X-RAY DIFFRACTION99.32
2.43-2.620.28711420.26362635X-RAY DIFFRACTION99.43
2.62-2.890.28481410.25492645X-RAY DIFFRACTION99.22
2.89-3.30.29591470.26172653X-RAY DIFFRACTION99.19
3.3-4.160.25231250.22032696X-RAY DIFFRACTION98.98
4.16-43.020.26521430.24182779X-RAY DIFFRACTION98.65
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.7894067103 Å / Origin y: 38.4361092945 Å / Origin z: 66.7265682416 Å
111213212223313233
T0.248082351707 Å2-0.0569023185143 Å2-0.0127727145403 Å2-0.319367225943 Å2-0.025287672378 Å2--0.309258497226 Å2
L-0.0159109853575 °2-0.24996827729 °2-0.304008932237 °2-0.196314696246 °2-0.179800225754 °2--1.17990599898 °2
S-0.0259890336313 Å °-0.0167918759754 Å °-0.0207674395659 Å °-0.0281689470671 Å °-0.0330745426324 Å °0.00495586782159 Å °0.0168297173492 Å °-0.00463020378326 Å °-0.000881897147311 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る