[日本語] English
万見
- PDB-6s6d: Crystal structure of RagA-Q66L-GTP/RagC-S75N-GDP GTPase heterodim... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s6d
タイトルCrystal structure of RagA-Q66L-GTP/RagC-S75N-GDP GTPase heterodimer complex
要素(Ras-related GTP-binding protein ...) x 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / small GTPases / mTORC1 activator / roadblock domain / GTPase domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Gtr1-Gtr2 GTPase complex / FNIP-folliculin RagC/D GAP / regulation of TORC1 signaling / protein localization to lysosome / regulation of TOR signaling / Amino acids regulate mTORC1 / MTOR signalling / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / protein localization to membrane / enzyme-substrate adaptor activity ...Gtr1-Gtr2 GTPase complex / FNIP-folliculin RagC/D GAP / regulation of TORC1 signaling / protein localization to lysosome / regulation of TOR signaling / Amino acids regulate mTORC1 / MTOR signalling / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / protein localization to membrane / enzyme-substrate adaptor activity / small GTPase-mediated signal transduction / Macroautophagy / mTORC1-mediated signalling / positive regulation of TOR signaling / response to amino acid / cellular response to nutrient levels / protein-membrane adaptor activity / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to starvation / cellular response to amino acid starvation / RNA splicing / negative regulation of autophagy / Regulation of PTEN gene transcription / cellular response to amino acid stimulus / TP53 Regulates Metabolic Genes / phosphoprotein binding / GDP binding / protein localization / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / GTPase binding / glucose homeostasis / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / molecular adaptor activity / lysosome / intracellular signal transduction / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / apoptotic process / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-Lactamase - #190 / RagA/B / Gtr1/RagA G protein / RagC/D / Gtr1/RagA G protein conserved region / Beta-Lactamase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich ...Beta-Lactamase - #190 / RagA/B / Gtr1/RagA G protein / RagC/D / Gtr1/RagA G protein conserved region / Beta-Lactamase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
pentane-1,5-diol / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ras-related GTP-binding protein A / Ras-related GTP-binding protein C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Anandapadamanaban, M. / Masson, G.R. / Perisic, O. / Kaufman, J. / Williams, R.L.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105184308 英国
Cancer Research UKC14801/A21211 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Architecture of human Rag GTPase heterodimers and their complex with mTORC1.
著者: Madhanagopal Anandapadamanaban / Glenn R Masson / Olga Perisic / Alex Berndt / Jonathan Kaufman / Chris M Johnson / Balaji Santhanam / Kacper B Rogala / David M Sabatini / Roger L Williams /
要旨: The Rag guanosine triphosphatases (GTPases) recruit the master kinase mTORC1 to lysosomes to regulate cell growth and proliferation in response to amino acid availability. The nucleotide state of Rag ...The Rag guanosine triphosphatases (GTPases) recruit the master kinase mTORC1 to lysosomes to regulate cell growth and proliferation in response to amino acid availability. The nucleotide state of Rag heterodimers is critical for their association with mTORC1. Our cryo-electron microscopy structure of RagA/RagC in complex with mTORC1 shows the details of RagA/RagC binding to the RAPTOR subunit of mTORC1 and explains why only the RagA/RagC nucleotide state binds mTORC1. Previous kinetic studies suggested that GTP binding to one Rag locks the heterodimer to prevent GTP binding to the other. Our crystal structures and dynamics of RagA/RagC show the mechanism for this locking and explain how oncogenic hotspot mutations disrupt this process. In contrast to allosteric activation by RHEB, Rag heterodimer binding does not change mTORC1 conformation and activates mTORC1 by targeting it to lysosomes.
履歴
登録2019年7月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ras-related GTP-binding protein A
C: Ras-related GTP-binding protein C
B: Ras-related GTP-binding protein A
D: Ras-related GTP-binding protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,98812
ポリマ－161,7984
非ポリマー2,1908
水93752
1
A: Ras-related GTP-binding protein A
C: Ras-related GTP-binding protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8905
ポリマ－80,8992
非ポリマー9913
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area26220 Å2
手法PISA
2
B: Ras-related GTP-binding protein A
D: Ras-related GTP-binding protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,0987
ポリマ－80,8992
非ポリマー1,1995
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area26540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.504, 81.439, 246.033
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
Ras-related GTP-binding protein ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Ras-related GTP-binding protein A / RagA / Adenovirus E3 14.7 kDa-interacting protein 1 / FIP-1


分子量: 36600.195 Da / 分子数: 2 / 変異: Q66L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRAGA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7L523
#2: タンパク質 Ras-related GTP-binding protein C / RagC / GTPase-interacting protein 2 / TIB929


分子量: 44298.859 Da / 分子数: 2 / 変異: S75N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRAGC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HB90

-
非ポリマー , 5種, 60分子

#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H16N5O14P3 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-9JE / pentane-1,5-diol / 1,5-ペンタンジオ-ル


分子量: 104.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM MOPSO, Bis-Tris pH 6.5, 40mM polyamines ( mixture of spermine tetrahydrochloride, spermidine trihydrochloride, 1,4. diaminobutane dihydrochloride, 0.1 M D/L-ornithine monohydrochloride) ...詳細: 100mM MOPSO, Bis-Tris pH 6.5, 40mM polyamines ( mixture of spermine tetrahydrochloride, spermidine trihydrochloride, 1,4. diaminobutane dihydrochloride, 0.1 M D/L-ornithine monohydrochloride), 10% (w/v) PEG 8000. 20% (v/v) 1,5 - Pentanediol and 24 % (v/v) glycerol.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.29 Å / Num. obs: 50589 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.558 % / Biso Wilson estimate: 70.517 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.037 / Net I/σ(I): 16.69 / Num. measured all: 331756
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.5-2.656.6711.0471.9453487809980180.6541.13699
2.65-2.836.8110.643.3551523756675650.8560.693100
2.83-3.066.5230.3555.7746095706770660.9510.386100
3.06-3.356.7060.17111.3943801653465320.9880.186100
3.35-3.746.6920.08620.3740059598859860.9960.093100
3.74-4.326.4140.04930.8833774526852660.9980.053100
4.32-5.286.5760.03639.1229539449344920.9990.04100
5.28-7.426.1060.03936.9421812357535720.9990.04299.9
7.42-49.295.5760.03345.8811666212020920.9980.03698.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→49.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 12.223 / SU ML: 0.268 / SU R Cruickshank DPI: 0.526 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.526 / ESU R Free: 0.325
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2866 2458 4.9 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.2127 48131 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 189.27 Å2 / Biso mean: 72.597 Å2 / Biso min: 33.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.96 Å20 Å20 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→49.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9384 0 136 52 9572
Biso mean--66.41 66.79 -
残基数----1156
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0139711
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7041.64413112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2441.58320945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.26451152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.40422.448531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.199151779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9921562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0210622
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022088
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.448 189 -
Rwork0.352 3453 -
all-3642 -
obs--97.82 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る