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- PDB-6s5c: Square conformation of KtrA WT ring with bound ATP and calcium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s5c
タイトルSquare conformation of KtrA WT ring with bound ATP and calcium
要素Ktr system potassium uptake protein A
キーワードTRANSPORT PROTEIN / RCK domain / potassium homeostasis / cation channel / calcium / square conformation octameric ring / atp
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / : / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, N-terminal / RCK N-terminal domain profile. / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / : / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, N-terminal / RCK N-terminal domain profile. / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ktr system potassium uptake protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Teixeira-Duarte, C.M. / Fonseca, F. / Morais-Cabral, J.H.
資金援助 ポルトガル, 2件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPTDC/BIA-BQM/29863/2017 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPOCI-01-0145-FEDER-007274 ポルトガル
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Activation of a nucleotide-dependent RCK domain requires binding of a cation cofactor to a conserved site.
著者: Teixeira-Duarte, C.M. / Fonseca, F. / Morais Cabral, J.H.
履歴
登録2019年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ktr system potassium uptake protein A
B: Ktr system potassium uptake protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8885
ポリマ－49,8342
非ポリマー1,0543
水00
1
A: Ktr system potassium uptake protein A
B: Ktr system potassium uptake protein A
ヘテロ分子

A: Ktr system potassium uptake protein A
B: Ktr system potassium uptake protein A
ヘテロ分子

A: Ktr system potassium uptake protein A
B: Ktr system potassium uptake protein A
ヘテロ分子

A: Ktr system potassium uptake protein A
B: Ktr system potassium uptake protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,55220
ポリマ－199,3348
非ポリマー4,21812
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation3_645-y+1,x-1,z1
crystal symmetry operation4_665y+1,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)122.693, 122.693, 84.012
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Ktr system potassium uptake protein A / K(+)-uptake protein KtrA / Regulatory protein of Ktr cation channel


分子量: 24916.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: ktrA, yuaA, BSU31090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O32080
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.23 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM HEPES-NaOH pH 8.0, 5% PEG 6000, 2.5% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→45.94 Å / Num. obs: 12614 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 1.418 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1996 / CC1/2: 0.658 / Rpim(I) all: 0.475 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6S2J

6s2j


解像度: 3→37.808 Å / SU ML: 0.62 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.5 / 位相誤差: 33.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2588 1906 7.76 %
Rwork0.207 --
obs0.2108 12614 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→37.808 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3412 0 63 0 3475
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043534
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6974788
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1361320
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002600
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9963-3.07120.43551420.34181549X-RAY DIFFRACTION97
3.0712-3.15420.41131540.33831659X-RAY DIFFRACTION100
3.1542-3.24690.4096840.33951676X-RAY DIFFRACTION100
3.2469-3.35170.38861200.33831611X-RAY DIFFRACTION100
3.3517-3.47140.35121360.28571610X-RAY DIFFRACTION100
3.4714-3.61030.43071630.28781624X-RAY DIFFRACTION100
3.6103-3.77440.31951510.26871563X-RAY DIFFRACTION100
3.7744-3.97320.33741640.27521616X-RAY DIFFRACTION100
3.9732-4.22190.23291220.23871646X-RAY DIFFRACTION100
4.2219-4.54730.27181080.19041632X-RAY DIFFRACTION100
4.5473-5.0040.25221210.18491621X-RAY DIFFRACTION100
5.004-5.7260.25861660.19751602X-RAY DIFFRACTION100
5.726-7.20590.22121440.2221611X-RAY DIFFRACTION100
7.2059-37.81050.19631310.15161624X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.1944-2.82461.42186.14211.4319.8877-1.06461.2435-0.0821-1.76480.74030.2318-0.87780.61330.25731.295-0.5825-0.04011.49940.19370.9364140.613419.8548-25.3178
22.2524-2.1793-0.11082.2729-1.21022.1815-1.39991.3858-1.811-1.07341.175-1.6047-0.03261.60380.1481.0368-0.23080.20841.5425-0.1321.0544148.519910.2471-16.5373
36.47961.2003-2.1635.91844.73345.4684-0.7230.6395-0.57110.19090.5926-0.47970.34060.95290.30660.99460.01060.13891.09050.33761.0591146.621722.5282-8.3258
46.33870.8078-5.69435.04743.07868.13190.2408-0.80950.88151.3106-0.48480.1737-1.55951.27430.3141.4728-0.3798-0.28931.13610.22331.3892141.523953.1332-1.2585
57.12343.88134.84156.78071.24565.7603-0.3512-0.8342-0.25181.2646-0.14270.5631.04081.19660.48641.16770.22660.42651.30310.32941.0303133.501825.07788.0642
69.3347-0.20211.59024.93071.33558.5908-0.5085-0.50980.32961.0706-0.49812.0660.8352-0.94230.92381.0067-0.01290.50081.10480.04441.6426120.633327.88922.8658
79.37775.3174-5.54224.27052.83452.435-0.80290.18490.4641-0.48050.05310.7291-0.15170.35980.76281.051-0.2444-0.15771.08810.5781.2958130.030632.3571-12.3826
88.93892.257-1.724410.65145.83967.1413-1.53052.79391.3269-2.52541.7704-0.9237-1.87391.2473-0.20631.7549-0.9391-0.14161.94680.38961.5124154.383245.5012-17.5461
92.8452-4.8507-1.06444.54945.12823.327-0.3099-0.50670.3513-1.7671.2414-0.3729-0.65920.2544-0.87061.5477-0.8243-0.08592.01720.361.3654157.705645.9791-14.0557
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 81 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 82 through 94 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 95 through 137 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 138 through 222 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 6 through 54 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 55 through 106 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 107 through 137 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 138 through 178 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 179 through 222 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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