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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6s5e | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Non-square conformation of KtrA A80P mutant ring with bound ATP | |||||||||
Components | Ktr system potassium uptake protein A | |||||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / RCK domain / potassium homeostasis / cation channel / non-square conformation octameric ring / atp | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationmonoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.893 Å | |||||||||
Authors | Teixeira-Duarte, C.M. / Fonseca, F. / Morais-Cabral, J.H. | |||||||||
| Funding support | Portugal, 2items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2019Title: Activation of a nucleotide-dependent RCK domain requires binding of a cation cofactor to a conserved site. Authors: Teixeira-Duarte, C.M. / Fonseca, F. / Morais Cabral, J.H. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6s5e.cif.gz | 732.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6s5e.ent.gz | 618.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6s5e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6s5e_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6s5e_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | |
| Data in XML | 6s5e_validation.xml.gz | 65 KB | Display | |
| Data in CIF | 6s5e_validation.cif.gz | 79.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/6s5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/6s5e | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6s2jC ![]() 6s5bC ![]() 6s5cC ![]() 6s5dC ![]() 6s5gC ![]() 6s5nC ![]() 6s5oC ![]() 6s7rC ![]() 4j90S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| ||||||||
| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 24942.797 Da / Num. of mol.: 8 / Mutation: A80P Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: ktrA, yuaA, BSU31090 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-ATP / Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.95 Å3/Da / Density % sol: 58.27 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion Details: 100mM HEPES-NaOH pH 7.5, 1% PEG 6000, 2% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD) |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.97857 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 6, 2014 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.89→49.63 Å / Num. obs: 22230 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 6.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 10.3 |
| Reflection shell | Resolution: 3.89→4.2 Å / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.339 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4413 / CC1/2: 0.83 / Rpim(I) all: 0.561 / % possible all: 98 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4j90 Resolution: 3.893→47.877 Å / SU ML: 0.82 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.94 / Phase error: 42.02
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.893→47.877 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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About Yorodumi





X-RAY DIFFRACTION
Portugal, 2items
Citation














PDBj



