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- PDB-6s4m: Crystal structure of the human organic anion transporter MFSD10 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s4m
タイトルCrystal structure of the human organic anion transporter MFSD10 (TETRAN)
要素Major facilitator superfamily domain-containing protein 10
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE TRANSPORTER / MFSD10 / TETRAN / SLC22A32 / AMTF1 / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


tetracycline transmembrane transporter activity / sodium-independent organic anion transport / organic anion transmembrane transporter activity / nuclear inner membrane / cytoplasmic vesicle membrane / brush border membrane / apoptotic process / membrane
類似検索 - 分子機能
Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Major facilitator superfamily domain-containing protein 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Pascoa, T.C. / Pike, A.C.W. / Bushell, S.R. / Quigley, A. / Chu, A. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Shrestha, L. / Venkaya, S. / Chalk, R. / Burgess-Brown, N.A. ...Pascoa, T.C. / Pike, A.C.W. / Bushell, S.R. / Quigley, A. / Chu, A. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Shrestha, L. / Venkaya, S. / Chalk, R. / Burgess-Brown, N.A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Carpenter, E.P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the human organic anion transporter TETRAN (MFSD10)
著者: Pascoa, T.C. / Pike, A.C.W. / Bushell, S.R. / Quigley, A. / Chu, A. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Shrestha, L. / Venkaya, S. / Chalk, R. / Burgess-Brown, N.A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / ...著者: Pascoa, T.C. / Pike, A.C.W. / Bushell, S.R. / Quigley, A. / Chu, A. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Shrestha, L. / Venkaya, S. / Chalk, R. / Burgess-Brown, N.A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Carpenter, E.P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2019年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年7月14日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns_shell / software / struct_asym / struct_conf / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] ..._atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _reflns_shell.d_res_high / _reflns_shell.d_res_low / _software.version / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length
解説: Ligand identity
詳細: Protein was crystallised in the presence of 0.2M lithium citrate. No citrate was modelled originally, but there is clear density for citrate in the substrate-binding site. This is now ...詳細: Protein was crystallised in the presence of 0.2M lithium citrate. No citrate was modelled originally, but there is clear density for citrate in the substrate-binding site. This is now corrected in this coordinate replacement.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major facilitator superfamily domain-containing protein 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9444
ポリマ－48,0381
非ポリマー9053
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area440 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area17460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.994, 70.375, 63.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.450, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Major facilitator superfamily domain-containing protein 10 / Tetracycline transporter-like protein


分子量: 48038.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MFSD10, TETRAN / プラスミド: pFB-CT10HF-LIC / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q14728
#2: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M ADA pH6.5 -- 0.2M lithium citrate -- 30% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9687 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9687 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→31.74 Å / Num. obs: 17297 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 36.8 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.208 / Rpim(I) all: 0.104 / Rrim(I) all: 0.234 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 1.657 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1822 / CC1/2: 0.399 / Rpim(I) all: 0.822 / Rrim(I) all: 1.853 / Χ2: 1 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDS20190315データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3wdo

3wdo


解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 25.357 / SU ML: 0.262 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.512 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2583 831 4.8 %RANDOM
Rwork0.2087 ---
obs0.2112 16449 98.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.31 Å2 / Biso mean: 36.098 Å2 / Biso min: 22.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å2-0 Å2-1.11 Å2
2--0.72 Å20 Å2
3---0.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3169 0 60 60 3289
Biso mean--66.88 37.56 -
残基数----426
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0133309
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173265
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4581.6224498
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2521.5557477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0115425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.2119.12125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.63115482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7891520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023673
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02775
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 70 -
Rwork0.333 1183 -
all-1253 -
obs--97.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.17691.41571.68911.59391.62123.21560.003-0.1522-0.04890.0601-0.0664-0.17790.00060.01350.06350.0320.00360.04490.02070.0240.238917.15373.1678-15.2311
20.84820.0404-0.05670.9241-0.41381.15120.00230.0027-0.02910.0146-0.0574-0.0476-0.00880.01330.05510.0113-0.00480.03970.0051-0.01210.1542.985-2.0378-17.1367
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 88
2X-RAY DIFFRACTION2A89 - 443

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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