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万見
- PDB-6s2y: Water-soluble Chlorophyll Protein (WSCP) from Lepidium virginicum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s2y
タイトルWater-soluble Chlorophyll Protein (WSCP) from Lepidium virginicum with Chlorophyll-b
要素Water-soluble chlorophyll protein
キーワードPLANT PROTEIN / Tetramer / Plant / Lepidium virginicum / Chlorophyll / Water-soluble Chlorophyll Protein / Photooxidation / Chlorophyll Carrier
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能
Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHLOROPHYLL B / Water-soluble chlorophyll protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lepidium virginicum (コウベナズナ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Agostini, A. / Meneghin, E. / Gewehr, L. / Pedron, D. / Palm, D.M. / Carbonera, D. / Paulsen, H. / Jaenicke, E. / Collini, E.
資金援助 ドイツ, イタリア, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationPa 324/10-1 ドイツ
Italian Ministry of EducationPRIN 2015 no. 2015XBZ5YA イタリア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: How water-mediated hydrogen bonds affect chlorophyll a/b selectivity in Water-Soluble Chlorophyll Protein.
著者: Agostini, A. / Meneghin, E. / Gewehr, L. / Pedron, D. / Palm, D.M. / Carbonera, D. / Paulsen, H. / Jaenicke, E. / Collini, E.
履歴
登録2019年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Water-soluble chlorophyll protein
B: Water-soluble chlorophyll protein
C: Water-soluble chlorophyll protein
D: Water-soluble chlorophyll protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,9968
ポリマ－78,3664
非ポリマー3,6304
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, The structure is homologous to structure 2DRE only difference being the ligand (CHL instead of CLA)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11730 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area27180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.310, 82.900, 122.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA4 - 1794 - 179
21BB4 - 1794 - 179
12AA5 - 1795 - 179
22CC5 - 1795 - 179
13AA5 - 1795 - 179
23DD5 - 1795 - 179
14BB5 - 1795 - 179
24CC5 - 1795 - 179
15BB5 - 1795 - 179
25DD5 - 1795 - 179
16CC5 - 1795 - 179
26DD5 - 1795 - 179

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Water-soluble chlorophyll protein


分子量: 19591.527 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lepidium virginicum (コウベナズナ)
組織: Leaf / 遺伝子: WSCP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O04797
#2: 化合物
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M Na/K Phosphate, 3.0M Ammonium sulfate, 4.7% Sucrose

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年7月4日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→19.63 Å / Num. obs: 33323 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.62 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 12.31
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 4.76 % / Mean I/σ(I) obs: 3.03 / Num. unique obs: 2427 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
XDSVERSION Mar 15, 2019データ削減
XSCALEVERSION Mar 15, 2019データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DRE

2dre


解像度: 2.3→19.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.408 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2766 1667 5 %RANDOM
Rwork0.2434 ---
obs0.2451 31655 98.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 125.37 Å2 / Biso mean: 43.068 Å2 / Biso min: 11.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0 Å2
2---0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→19.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4914 0 264 130 5308
Biso mean--31.25 35.28 -
残基数----639
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0125328
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3841.7297297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5045621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.09823.801221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.74815813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9131519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024018
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A43780.13
12B43780.13
21A44800.11
22C44800.11
31A44400.11
32D44400.11
41B44420.12
42C44420.12
51B43730.13
52D43730.13
61C47050.1
62D47050.1
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 120 -
Rwork0.305 2276 -
all-2396 -
obs--99.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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