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Yorodumi- PDB-6bxc: Crystal structure of N-terminal fragment of Zebrafish Toll-Like R... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bxc | |||||||||
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Title | Crystal structure of N-terminal fragment of Zebrafish Toll-Like Receptor 5 (TLR5) with Lamprey Variable Lymphocyte Receptor 9 (VLR9) bound | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / VLR / LEUCINE-RICH REPEAT / antibody | |||||||||
Function / homology | Function and homology information toll-like receptor 5 signaling pathway / activation of immune response / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of cytokine production / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / defense response to bacterium / inflammatory response / innate immune response ...toll-like receptor 5 signaling pathway / activation of immune response / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of cytokine production / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / defense response to bacterium / inflammatory response / innate immune response / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Danio rerio (zebrafish) Eptatretus burgeri (inshore hagfish) Petromyzon marinus (sea lamprey) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | |||||||||
Authors | Gunn, R.J. / Wilson, I.A. / Cooper, M.D. / Herrin, B.R. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: J. Mol. Biol. / Year: 2018 Title: VLR Recognition of TLR5 Expands the Molecular Characterization of Protein Antigen Binding by Non-Ig-based Antibodies. Authors: Gunn, R.J. / Herrin, B.R. / Acharya, S. / Cooper, M.D. / Wilson, I.A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6bxc.cif.gz | 489.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6bxc.ent.gz | 400.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6bxc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/6bxc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/6bxc | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6bxaC 6bxdC 6bxeC 3v47S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABDC
#1: Protein | Mass: 51169.230 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Danio rerio (zebrafish), (gene. exp.) Eptatretus burgeri (inshore hagfish) Gene: tlr5b, VLRB / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: F8W3J5, UniProt: Q4G1L2 #2: Protein | Mass: 19287.643 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Petromyzon marinus (sea lamprey) / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) |
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-Sugars , 2 types, 4 molecules
#3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#4: Sugar |
-Non-polymers , 2 types, 122 molecules
#5: Chemical | ChemComp-EDO / |
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#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 15% Peg3350, 170 mM MgNO3, 80 mM MES pH 6.0, 15% ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.0332 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 14, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→45.3 Å / Num. obs: 42427 / % possible obs: 88.9 % / Redundancy: 1.6 % / CC1/2: 0.92 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 14.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.54 Å / Redundancy: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1062 / CC1/2: 0.71 / Rpim(I) all: 0.33 / % possible all: 46 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3V47 Resolution: 2.5→45.272 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / Phase error: 32
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→45.272 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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