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Yorodumi- PDB-6bxa: Crystal structure of N-terminal fragment of Zebrafish Toll-Like R... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6bxa | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of N-terminal fragment of Zebrafish Toll-Like Receptor 5 (TLR5) with Lamprey Variable Lymphocyte Receptor 2 (VLR2) bound | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / VLR / LEUCINE-RICH REPEAT / antibody | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationtoll-like receptor 5 signaling pathway / activation of immune response / toll-like receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / inflammatory response / innate immune response / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() Eptatretus burgeri (inshore hagfish)![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.298 Å | |||||||||
Authors | Gunn, R.J. / Wilson, I.A. / Cooper, M.D. / Herrin, B.R. | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: J. Mol. Biol. / Year: 2018Title: VLR Recognition of TLR5 Expands the Molecular Characterization of Protein Antigen Binding by Non-Ig-based Antibodies. Authors: Gunn, R.J. / Herrin, B.R. / Acharya, S. / Cooper, M.D. / Wilson, I.A. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6bxa.cif.gz | 513.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6bxa.ent.gz | 423.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6bxa.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6bxa_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6bxa_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
| Data in XML | 6bxa_validation.xml.gz | 47.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 6bxa_validation.cif.gz | 66.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/6bxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/6bxa | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6bxcC ![]() 6bxdC ![]() 6bxeC ![]() 3v47S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 51169.230 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Eptatretus burgeri (inshore hagfish)Gene: tlr5b, VLRB / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 22688.521 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Sugars , 2 types, 8 molecules 
| #3: Polysaccharide | | #4: Sugar | ChemComp-NAG / |
|---|
-Non-polymers , 2 types, 342 molecules 


| #5: Chemical | | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.58 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 16% PEG 8K, 180 mM ammonium citrate, 90 mM MES pH 6.0, 10 mM urea |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.0332 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 17, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.298→50 Å / Num. obs: 72974 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 5.7 % / CC1/2: 0.89 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 20.2 |
| Reflection shell | Resolution: 2.298→2.35 Å / Redundancy: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3213 / CC1/2: 0.45 / Rpim(I) all: 0.53 / % possible all: 88 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3V47 Resolution: 2.298→49.452 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.47
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.298→49.452 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
Movie
Controller
About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
Citation













PDBj









