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- PDB-6bxa: Crystal structure of N-terminal fragment of Zebrafish Toll-Like R... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bxa | |||||||||
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Title | Crystal structure of N-terminal fragment of Zebrafish Toll-Like Receptor 5 (TLR5) with Lamprey Variable Lymphocyte Receptor 2 (VLR2) bound | |||||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / VLR / LEUCINE-RICH REPEAT / antibody | |||||||||
Function / homology | ![]() toll-like receptor 5 signaling pathway / activation of immune response / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of cytokine production / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / defense response to bacterium / inflammatory response / innate immune response ...toll-like receptor 5 signaling pathway / activation of immune response / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of cytokine production / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / defense response to bacterium / inflammatory response / innate immune response / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Gunn, R.J. / Wilson, I.A. / Cooper, M.D. / Herrin, B.R. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: VLR Recognition of TLR5 Expands the Molecular Characterization of Protein Antigen Binding by Non-Ig-based Antibodies. Authors: Gunn, R.J. / Herrin, B.R. / Acharya, S. / Cooper, M.D. / Wilson, I.A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 423.8 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 47.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 66.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6bxcC ![]() 6bxdC ![]() 6bxeC ![]() 3v47S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 51169.230 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Gene: tlr5b, VLRB / Production host: ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 22688.521 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Sugars , 2 types, 8 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: Polysaccharide | #4: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 2 types, 342 molecules ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 16% PEG 8K, 180 mM ammonium citrate, 90 mM MES pH 6.0, 10 mM urea |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 17, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.298→50 Å / Num. obs: 72974 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 5.7 % / CC1/2: 0.89 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 20.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.298→2.35 Å / Redundancy: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3213 / CC1/2: 0.45 / Rpim(I) all: 0.53 / % possible all: 88 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3V47 Resolution: 2.298→49.452 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.47
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.298→49.452 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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