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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6s1y | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Anopheles gambiae AnoACE2 in complex with gamma-Polyglutamic Acid. | |||||||||
![]() | Angiotensin-converting enzyme | |||||||||
![]() | HYDROLASE / metalloprotease / mosquito control / insecticide design | |||||||||
機能・相同性 | ![]() metallodipeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Cozier, G.E. / Acharya, K.R. / Cashman, J.S. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of angiotensin-converting enzyme from Anopheles gambiae in its native form and with a bound inhibitor. 著者: Cashman, J.S. / Cozier, G.E. / Harrison, C. / Isaac, R.E. / Acharya, K.R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 248.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 200.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 72041.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ANCE2, AgaP_AGAP009751 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0NFU8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 |
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-糖 , 2種, 2分子
#2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 5種, 203分子 ![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/KSN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/KSN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-PEG / | ||||||
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#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-ZN / | #7: 化合物 | ChemComp-KSN / ( | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.12 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 36% v/v polypropylene glycol, 30 mM sodium formate, 10 mM Tris pH 7.8, 0.3 % w/v gamma-PGA, 0.3% w/v PEG 20,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→139.41 Å / Num. obs: 47663 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.2 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 39.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4072 / CC1/2: 0.551 / Rpim(I) all: 1.121 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: AnoACE2 homology model 解像度: 2.2→91.76 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.75
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→91.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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