PDB-6rzo: Crystal structure of the N-terminal carbohydrate binding module f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rzo

タイトル

Crystal structure of the N-terminal carbohydrate binding module family 48 and ferulic acid esterase from the multi-enzyme CE1-GH62-GH10

要素

(Ferulic acid esterase) x 2

キーワード

HYDROLASE / ferulic acid esterease / carbohydrate esterase family 1 / CE1 / CBM48 / carbohydrate binding module family 48

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.632 Å

データ登録者

Fredslund, F. / Welner, D.H. / Wilkens, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: A carbohydrate-binding family 48 module enables feruloyl esterase action on polymeric arabinoxylan.
著者: Holck, J. / Fredslund, F. / Moller, M.S. / Brask, J. / Krogh, K.B.R.M. / Lange, L. / Welner, D.H. / Svensson, B. / Meyer, A.S. / Wilkens, C.

履歴

登録	2019年6月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rzo.cif.gz	424.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rzo.ent.gz	357.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rzo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rzo_validation.pdf.gz	424 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rzo_full_validation.pdf.gz	426.5 KB	表示
XML形式データ	6rzo_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	6rzo_validation.cif.gz	52.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/6rzo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/6rzo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rznC 1jt2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6okd-2 4b3f-d 1mqr-d 3q6i-2 2x42-d 6dx9-d 2vsf-d 4b3g-1 1k9e-d 3a5s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ferulic acid esterase

B: Ferulic acid esterase

77.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.595, 99.816, 114.429
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ferulic acid esterase 分子量: 38872.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: feruloyl esterase
#2: タンパク質	Ferulic acid esterase 分子量: 38985.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: feruloyl esterase
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 876 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0 w/v Polyethylene glycol 3,350, 100 mM BIS-TRIS propane pH 6.5, 200 mM sodium fluoride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.632→49.638 Å / Num. obs: 90065 / % possible obs: 94.38 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 7.09
反射シェル	解像度: 1.632→1.69 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER	2.8.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JT2

1jt2

解像度: 1.632→49.638 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 19.31

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1948	4438	4.93 %
R_work	0.1701	-	-
obs	0.1713	89975	94.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.632→49.638 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5448	0	0	876	6324

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5634
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.864	7646
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.904	3324
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	788
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1021

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6321-1.6507	0.352	92	0.2983	1847	X-RAY DIFFRACTION	62
1.6507-1.6701	0.3171	106	0.2928	2081	X-RAY DIFFRACTION	69
1.6701-1.6905	0.3041	107	0.2744	2190	X-RAY DIFFRACTION	73
1.6905-1.7119	0.3207	118	0.2682	2307	X-RAY DIFFRACTION	77
1.7119-1.7344	0.2794	141	0.2707	2403	X-RAY DIFFRACTION	82
1.7344-1.7582	0.28	139	0.2503	2581	X-RAY DIFFRACTION	86
1.7582-1.7833	0.2664	139	0.2468	2683	X-RAY DIFFRACTION	90
1.7833-1.8099	0.2913	143	0.2393	2818	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8099-1.8382	0.2542	150	0.2243	2971	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8382-1.8683	0.2836	152	0.208	2985	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8683-1.9005	0.2352	150	0.2021	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9005-1.9351	0.2274	139	0.194	2993	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9351-1.9723	0.2144	164	0.1891	2991	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9723-2.0126	0.2063	150	0.1802	2993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0126-2.0563	0.1964	165	0.1713	2963	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0563-2.1042	0.226	166	0.1675	3011	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1042-2.1568	0.2008	155	0.1681	2975	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1568-2.2151	0.2003	159	0.1571	3023	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2151-2.2803	0.1941	151	0.1629	3003	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2803-2.3539	0.1989	180	0.1526	2982	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3539-2.438	0.1961	154	0.1584	3047	X-RAY DIFFRACTION	100
2.438-2.5356	0.1846	147	0.1592	3018	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5356-2.651	0.2052	170	0.1612	3012	X-RAY DIFFRACTION	100
2.651-2.7908	0.1821	181	0.1621	3024	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7908-2.9656	0.1688	145	0.1669	3026	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9656-3.1946	0.1839	147	0.1624	3060	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1946-3.516	0.1838	152	0.1516	3065	X-RAY DIFFRACTION	100
3.516-4.0245	0.1426	151	0.1426	3091	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0245-5.0697	0.1394	165	0.1295	3122	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0697-49.6611	0.1881	160	0.1766	3259	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 58.2578 Å / Origin y: 43.5699 Å / Origin z: 38.9441 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1063 Å²	-0.0001 Å²	-0.0033 Å²	-	0.0828 Å²	0.0005 Å²	-	-	0.128 Å²
L	0.5429 °²	-0.0955 °²	-0.2344 °²	-	0.3602 °²	0.0499 °²	-	-	1.1576 °²
S	-0.0059 Å °	0.0446 Å °	-0.0104 Å °	0.0034 Å °	-0.0368 Å °	0.0304 Å °	-0.0514 Å °	-0.0698 Å °	0.0351 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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