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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rxv | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaetomium thermophilum, state B2 | ||||||
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![]() | RIBOSOME / ribosome biogenesis / rRNA | ||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA wobble cytosine modification / rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / tRNA N-acetyltransferase activity / tRNA acetylation / Noc4p-Nop14p complex / CURI complex / UTP-C complex / t-UTP complex / Mpp10 complex ...tRNA wobble cytosine modification / rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / tRNA N-acetyltransferase activity / tRNA acetylation / Noc4p-Nop14p complex / CURI complex / UTP-C complex / t-UTP complex / Mpp10 complex / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / histone H2AQ104 methyltransferase activity / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA methyltransferase activity / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of rRNA processing / tRNA export from nucleus / rRNA base methylation / rRNA primary transcript binding / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / box C/D methylation guide snoRNP complex / U3 snoRNA binding / preribosome, small subunit precursor / snoRNA binding / precatalytic spliceosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / 90S preribosome / RNA processing / Cajal body / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / RNA endonuclease activity / maturation of LSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / methyltransferase activity / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / methylation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / GTP binding / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||
![]() | Cheng, J. / Kellner, N. / Griesel, S. / Berninghausen, O. / Beckmann, R. / Hurt, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Thermophile 90S Pre-ribosome Structures Reveal the Reverse Order of Co-transcriptional 18S rRNA Subdomain Integration. 著者: Jingdong Cheng / Jochen Baßler / Paulina Fischer / Benjamin Lau / Nikola Kellner / Ruth Kunze / Sabine Griesel / Martina Kallas / Otto Berninghausen / Daniela Strauss / Roland Beckmann / Ed Hurt / ![]() 要旨: Eukaryotic ribosome biogenesis involves RNA folding and processing that depend on assembly factors and small nucleolar RNAs (snoRNAs). The 90S (SSU-processome) is the earliest pre-ribosome ...Eukaryotic ribosome biogenesis involves RNA folding and processing that depend on assembly factors and small nucleolar RNAs (snoRNAs). The 90S (SSU-processome) is the earliest pre-ribosome structurally analyzed, which was suggested to assemble stepwise along the growing pre-rRNA from 5' > 3', but this directionality may not be accurate. Here, by analyzing the structure of a series of 90S assembly intermediates from Chaetomium thermophilum, we discover a reverse order of 18S rRNA subdomain incorporation. Large parts of the 18S rRNA 3' and central domains assemble first into the 90S before the 5' domain is integrated. This final incorporation depends on a contact between a heterotrimer Enp2-Bfr2-Lcp5 recruited to the flexible 5' domain and Kre33, which reconstitutes the Kre33-Enp-Brf2-Lcp5 module on the compacted 90S. Keeping the 5' domain temporarily segregated from the 90S scaffold could provide extra time to complete the multifaceted 5' domain folding, which depends on a distinct set of snoRNAs and processing factors. | ||||||
履歴 |
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ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 5.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
+タンパク質 , 44種, 49分子 UAUBUCUDUFUGUJULUMUNUOUQURUUUXUZCACBCCCDCECFCGCHCICJCKCLCMCN...
-U3 small nucleolar RNA-associated protein ... , 2種, 2分子 UKUV
#8: タンパク質 | 分子量: 31379.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SF32 |
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#52: タンパク質 | 分子量: 131105.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S2E0 |
-40S ribosomal protein ... , 15種, 15分子 CaCbCcCdCeCfCgChCiCjCkCmCnCoCp
#34: タンパク質 | 分子量: 29245.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S7T8 |
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#35: タンパク質 | 分子量: 29800.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S1A6 |
#36: タンパク質 | 分子量: 23679.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S1Z0 |
#37: タンパク質 | 分子量: 27490.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0RY43 |
#38: タンパク質 | 分子量: 23084.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S8C4 |
#39: タンパク質 | 分子量: 23102.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0RY45 |
#40: タンパク質 | 分子量: 22029.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S0Z4 |
#41: タンパク質 | 分子量: 16912.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0RZM9 |
#42: タンパク質 | 分子量: 16071.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SFL1 |
#43: タンパク質 | 分子量: 15962.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SBR7 |
#44: タンパク質 | 分子量: 18698.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SF00 |
#45: タンパク質 | 分子量: 14905.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0SHI0 |
#46: タンパク質 | 分子量: 15934.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0RY17 |
#47: タンパク質 | 分子量: 15535.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P0CU28 |
#48: タンパク質 | 分子量: 7741.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G0S9M9 |
-RNA鎖 , 2種, 2分子 C1C2
#50: RNA鎖 | 分子量: 758475.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() |
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#51: RNA鎖 | 分子量: 73966.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() |
-非ポリマー , 3種, 3分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#64: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#65: 化合物 | ChemComp-GTP / |
#66: 化合物 | ChemComp-MG / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: 90S pre-ribosome, state B2 / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#63 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 28 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 48335 / 対称性のタイプ: POINT |