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- PDB-6rwp: Engineered beta-lactoglobulin: variant L58F in complex with myris... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rwp
タイトルEngineered beta-lactoglobulin: variant L58F in complex with myristic acid
要素Beta-lactoglobulin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Lipocalin / mutation / lactoglobulin
機能・相同性
機能・相同性情報


retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactoglobulin / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Beta-lactoglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Loch, J.I. / Kaczor, K. / Lewinski, K.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2012/05/B/ST5/00278 ポーランド
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structure-based design approach to rational site-directed mutagenesis of beta-lactoglobulin.
著者: Bonarek, P. / Loch, J.I. / Tworzydlo, M. / Cooper, D.R. / Milto, K. / Wrobel, P. / Kurpiewska, K. / Lewinski, K.
履歴
登録2019年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactoglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5913
ポリマ－18,2671
非ポリマー3242
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.078, 53.078, 111.556
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactoglobulin / Beta-LG


分子量: 18267.031 Da / 分子数: 1 / 変異: L1A, I2S, L58F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: LGB / プラスミド: pET-Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Origami B (DE3) / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.80 M (NH4)2SO4 in 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 5 mM myristic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→15.18 Å / Num. obs: 11062 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 31724 / Scaling rejects: 32
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.172.10.35520879790.7610.310.473298.9
8.4-15.182.50.0193931560.9990.0130.02430.273.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
Aimless0.3.11データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrysalisProデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BSY

1bsy


解像度: 2.1→14.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 10.12 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24464 1124 10.2 %RANDOM
Rwork0.19439 ---
obs0.19961 9915 98.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20.01 Å20 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→14.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1160 0 21 68 1249
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0131200
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171167
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5471.6441620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.211.5762721
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0045145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.2062550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.76915220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.461153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7751.725589
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7741.725588
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2822.581731
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2812.582732
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9991.928611
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9631.89608
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.552.761884
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.46320.5081240
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.29320.141228
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.153 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 60 -
Rwork0.228 708 -
obs--98.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.57859.1859-2.249912.0917-1.76751.6363-0.07950.0583-0.2543-0.2215-0.1279-0.1786-0.102-0.18990.20740.1308-0.0144-0.10350.16030.01160.0969-51.23650.263106.698
21.2795-0.51450.99463.3605-0.76244.4147-0.23550.14810.1908-0.09780.0649-0.45320.06880.44680.17050.0789-0.0282-0.02020.08540.02050.0823-35.42552.132115.498
33.20131.19451.74383.41420.83663.7856-0.03410.275-0.0421-0.31710.02530.03380.17930.19950.00880.0895-0.0386-0.03310.08210.03120.0245-43.40449.318108.895
42.327-0.41120.41235.4366-0.5122.6131-0.1127-0.0445-0.0710.21530.08510.61950.1831-0.27330.02760.1175-0.06070.01970.05680.010.0771-47.45549.438121.683
52.2177-0.4561-1.350212.64030.60993.7370.0359-0.04390.26880.5664-0.01740.0302-0.29730.4153-0.01850.1534-0.0693-0.06290.08330.0340.074-37.1758.647125.575
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2A17 - 65
3X-RAY DIFFRACTION3A66 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4A108 - 147
5X-RAY DIFFRACTION5A148 - 162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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