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- PDB-6rwk: MxiD N0 N1 and MxiG C-terminal domains of the Shigella type 3 sec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rwk
タイトルMxiD N0 N1 and MxiG C-terminal domains of the Shigella type 3 secretion system
要素
  • Outer membrane protein MxiD
  • Protein MxiG
キーワードPROTEIN TRANSPORT / type 3 secretion system / shigella / secretin / beta-sheet augmentation
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / type II protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / cell outer membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #120 / Phage tail protein beta-alpha-beta fold - #30 / Phage tail protein beta-alpha-beta fold / Type III secretion system, PrgH/EprH-like / Type III secretion system protein PrgH-EprH (PrgH) / : / SPI-1 type 3 secretion system secretin, N0 domain / Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site ...Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #120 / Phage tail protein beta-alpha-beta fold - #30 / Phage tail protein beta-alpha-beta fold / Type III secretion system, PrgH/EprH-like / Type III secretion system protein PrgH-EprH (PrgH) / : / SPI-1 type 3 secretion system secretin, N0 domain / Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / : / NolW-like / NolW-like superfamily / Bacterial type II/III secretion system short domain / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / 3-Layer(bab) Sandwich / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein MxiG / Type 3 secretion system secretin
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.86 Å
データ登録者Kamprad, A. / Lunelli, M.
資金援助2件
組織認可番号国
European Research Council311371
European Union653706
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of the Shigella type III needle complex.
著者: Michele Lunelli / Antje Kamprad / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Christian M T Spahn / Michael Kolbe /
要旨: The Type III Secretion Systems (T3SS) needle complex is a conserved syringe-shaped protein translocation nanomachine with a mass of about 3.5 MDa essential for the survival and virulence of many Gram- ...The Type III Secretion Systems (T3SS) needle complex is a conserved syringe-shaped protein translocation nanomachine with a mass of about 3.5 MDa essential for the survival and virulence of many Gram-negative bacterial pathogens. This system is composed of a membrane-embedded basal body and an extracellular needle that deliver effector proteins into host cells. High-resolution structures of the T3SS from different organisms and infection stages are needed to understand the underlying molecular mechanisms of effector translocation. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of the isolated Shigella T3SS needle complex. The inner membrane (IM) region of the basal body adopts 24-fold rotational symmetry and forms a channel system that connects the bacterial periplasm with the export apparatus cage. The secretin oligomer adopts a heterogeneous architecture with 16- and 15-fold cyclic symmetry in the periplasmic N-terminal connector and C-terminal outer membrane ring, respectively. Two out of three IM subunits bind the secretin connector via a β-sheet augmentation. The cryo-EM map also reveals the helical architecture of the export apparatus core, the inner rod, the needle and their intervening interfaces.
履歴
登録2019年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10040
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10040
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Outer membrane protein MxiD
Y: Outer membrane protein MxiD
Z: Outer membrane protein MxiD
0: Outer membrane protein MxiD
2: Outer membrane protein MxiD
4: Outer membrane protein MxiD
6: Outer membrane protein MxiD
8: Outer membrane protein MxiD
x: Outer membrane protein MxiD
y: Outer membrane protein MxiD
z: Outer membrane protein MxiD
1: Outer membrane protein MxiD
3: Outer membrane protein MxiD
5: Outer membrane protein MxiD
7: Outer membrane protein MxiD
9: Outer membrane protein MxiD
A: Protein MxiG
D: Protein MxiG
G: Protein MxiG
J: Protein MxiG
M: Protein MxiG
P: Protein MxiG
S: Protein MxiG
U: Protein MxiG
B: Protein MxiG
E: Protein MxiG
H: Protein MxiG
K: Protein MxiG
N: Protein MxiG
Q: Protein MxiG
T: Protein MxiG
V: Protein MxiG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,700,54832
ポリマ－1,700,54832
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area61390 Å2
ΔGint-281 kcal/mol
Surface area119050 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Outer membrane protein MxiD


分子量: 63230.414 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
詳細: MxiD N0 and N1 N-terminal domains in complex with MxiG C-terminal domain
由来: (天然) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
Variant: M90T / 参照: UniProt: Q04641
#2: タンパク質
Protein MxiG


分子量: 43053.844 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
詳細: MxiG C-terminal domain in complex with secretin MxiD
由来: (天然) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
参照: UniProt: P0A221

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Oligomer of the secretin N0 and N1 domains in complex with the inner membrane ring of the Shigella type 3 secretion system
タイプ: COMPLEX
詳細: Focused reconstruction from isolated needle complex of the Shigella type 3 secretion system
Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 株: M90T / 細胞内の位置: Membrane
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Isolated needle complex in detergent solution
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K
詳細: Sample applied on grid 5 ul, incubation time 5 min on ice, then moved into Vitrobot and 5 ul sample applied again. Blot time: 2 sec Blot force: -2 Drain time: 0 sec

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 101179 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5238
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 7

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_3357: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION1.4粒子像選択
4CTFFIND3.5CTF補正
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
9RELION2.1初期オイラー角割当
10RELION2.1最終オイラー角割当
11RELION2.1分類
12RELION2.1３次元再構成
13PHENIX3357モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 171833
対称性点対称性: C8 (8回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 72298 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 120 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient and geometry
詳細: Model was built and refined in the map low-pass filtered at 3.5 A
原子モデル構築PDB-ID: 3GR5

3gr5


PDB chain-ID: A / Accession code: 3GR5 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00722224
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.74430080
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.15713248
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0463392
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053744

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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