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万見
- PDB-6rth: Crystal structure of the ligand-free glycosyltransferase domain f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rth
タイトルCrystal structure of the ligand-free glycosyltransferase domain from the YGT toxin
要素RTX toxin and Ca2+-binding protein
キーワードTOXIN / Glycosyltransferase domain
機能・相同性
機能・相同性情報


: / glycosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Peptidase C80 family / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
RTX toxin and Ca2+-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia mollaretii
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Wirth, C. / Bogdanovic, X. / Kao, W.-C. / Hunte, C.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationCRC 746 ドイツ
German Federal Ministry for Education and ResearchEXC-2189 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Inverse control of Rab proteins byYersiniaADP-ribosyltransferase and glycosyltransferase related to clostridial glucosylating toxins.
著者: Ost, G.S. / Wirth, C. / Bogdanovic, X. / Kao, W.C. / Schorch, B. / Aktories, P.J.K. / Papatheodorou, P. / Schwan, C. / Schlosser, A. / Jank, T. / Hunte, C. / Aktories, K.
履歴
登録2019年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RTX toxin and Ca2+-binding protein
B: RTX toxin and Ca2+-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,3082
ポリマ－119,3082
非ポリマー00
水00
1
A: RTX toxin and Ca2+-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6541
ポリマ－59,6541
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RTX toxin and Ca2+-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6541
ポリマ－59,6541
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.178, 161.737, 162.971
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RTX toxin and Ca2+-binding protein


分子量: 59653.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia mollaretii (strain ATCC 43969 / DSM 18520 / CIP 103324 / CNY 7263 / WAIP 204) (バクテリア)
株: ATCC 43969 / DSM 18520 / CIP 103324 / CNY 7263 / WAIP 204
遺伝子: ymoll0001_37990 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4SH25

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.8 % / 解説: thin needles
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM sodium formate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 17726 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 63.99 Å2 / CC1/2: 0.969 / Rmerge(I) obs: 0.473 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 3.4→3.67 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 1.508 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3590 / CC1/2: 0.88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RTG

6rtg


解像度: 3.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.857 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.849 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.563
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 918 5.18 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.228 17726 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.1153 Å20 Å20 Å2
2---3.8078 Å20 Å2
3----2.3075 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.49 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7978 0 0 0 7978
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0088228HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0311135HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2923SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes262HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1152HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8228HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.66
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1104SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9612SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.61 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 155 5.53 %
Rwork0.29 2650 -
all0.29 2805 -
obs--99.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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