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万見
- PDB-6rta: Tetragonal lysozyme grown with 300g/L Ficoll -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rta
タイトルTetragonal lysozyme grown with 300g/L Ficoll
要素Lysozyme C
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pereira, P.J.B. / Ferreira, C. / Martins, P.M.
引用ジャーナル: Phys Chem Chem Phys / 年: 2020
タイトル: Protein crystals as a key for deciphering macromolecular crowding effects on biological reactions.
著者: Ferreira, C. / Pinto, M.F. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B. / Rocha, F.A. / Martins, P.M.
履歴
登録2019年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4254
ポリマ－14,3311
非ポリマー943
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area360 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area6590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.662, 78.662, 37.105
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-337-

HOH

21A-362-

HOH

31A-478-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.58 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 0.2M Sodium Acetate pH 4.7, 3% (w/v) NaCl, 300 g/L Ficoll

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION GEMINI / 波長: 1.54056 Å
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→14.61 Å / Num. obs: 11092 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 616 / Rpim(I) all: 0.51 / Rrim(I) all: 0.89 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2W1X

2w1x


解像度: 1.8→14.607 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1912 521 4.71 %
Rwork0.1644 --
obs0.1657 11064 98.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→14.607 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 3 182 1186
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061067
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7921450
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.203644
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051150
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004193
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8003-1.9810.281120.23862519X-RAY DIFFRACTION96
1.981-2.26680.18351200.18422594X-RAY DIFFRACTION98
2.2668-2.85240.23611330.16552674X-RAY DIFFRACTION100
2.8524-14.60760.15681560.13832756X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.49490.60910.83141.14930.56143.27740.0307-0.12950.13480.1212-0.00380.0613-0.2361-0.1170.01490.13250.01260.04260.121-0.01770.161931.932223.130217.9364
24.79730.95920.96178.836-0.69580.6712-0.2396-0.36040.00590.00890.22740.4901-0.1199-0.23750.02720.07730.006-0.01720.2073-0.00950.176327.575215.72267.3521
31.89751.29610.06082.63810.27060.74650.0407-0.10710.012-0.0075-0.0207-0.0820.03520.02570.00710.10890.01120.02180.08940.00080.103839.681817.418514.9434
44.37470.23630.35371.21712.57386.33430.1336-0.04090.1265-0.22610.1241-0.66150.64710.1125-0.14620.24280.02990.06660.1241-0.02480.17554.002719.6694.3027
53.56180.93541.03361.5981-0.51050.8871-0.20860.3353-0.0497-0.2570.1514-0.02860.1764-0.16510.08730.159-0.03640.01320.1164-0.01370.098346.417322.68932.0666
65.06391.9528-0.61081.8938-0.39840.1037-0.22480.6142-0.0699-0.32440.17410.27380.20640.0782-0.03260.2144-0.05990.00390.3136-0.01840.108444.486125.2981-5.0176
72.16231.68160.63723.61140.57050.9163-0.1067-0.06010.2738-0.05480.0420.3506-0.0982-0.150.09670.11810.012-0.02080.12060.01470.144237.084225.35235.4439
83.4290.34642.70272.04230.30165.39640.00170.3101-0.1049-0.18760.0917-0.22520.03630.7355-0.07060.0999-0.00550.02630.1418-0.0010.121440.13229.58145.5943
94.3442-3.8958-4.18535.69374.81044.6232-0.00040.1208-0.0180.2059-0.05420.33330.0452-0.50460.1610.12710.03150.02530.17850.02430.135730.81310.66619.4717
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 14 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 15 through 24 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 25 through 42 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 43 through 50 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 51 through 68 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 69 through 78 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 79 through 100 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 101 through 114 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 115 through 129 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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