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- PDB-6rsy: The complex between TCR a7b2 and human Class I MHC HLA-A0201-WT1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rsy
タイトルThe complex between TCR a7b2 and human Class I MHC HLA-A0201-WT1 with the bound RMFPNAPYL peptide.
要素
  • ARG-MET-PHE-PRO-ASN-ALA-PRO-TYR-LEU
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • DMF4 Beta CHAIN
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • a7b2 ALPHA CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / MHC CLASS I ANTIGEN- TCR - peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


posterior mesonephric tubule development / negative regulation of metanephric glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of metanephric ureteric bud development / thorax and anterior abdomen determination / metanephric epithelium development / regulation of animal organ formation / adrenal cortex formation / : / negative regulation of female gonad development / positive regulation of heart growth ...posterior mesonephric tubule development / negative regulation of metanephric glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of metanephric ureteric bud development / thorax and anterior abdomen determination / metanephric epithelium development / regulation of animal organ formation / adrenal cortex formation / : / negative regulation of female gonad development / positive regulation of heart growth / visceral serous pericardium development / glomerular basement membrane development / diaphragm development / sex determination / mesenchymal to epithelial transition / metanephric mesenchyme development / metanephric S-shaped body morphogenesis / positive regulation of male gonad development / cellular response to gonadotropin stimulus / Transcriptional regulation of testis differentiation / gonad development / podocyte differentiation / cardiac muscle cell fate commitment / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / tissue development / male genitalia development / glomerulus development / camera-type eye development / C2H2 zinc finger domain binding / ureteric bud development / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / branching involved in ureteric bud morphogenesis / adrenal gland development / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / germ cell development / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / 脈管形成 / beta-2-microglobulin binding / detection of bacterium / T cell receptor binding / cellular response to cAMP / epithelial cell differentiation / RNA splicing / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / kidney development / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / negative regulation of cell growth / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / male gonad development / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell
類似検索 - 分子機能
Wilm's tumour protein, N-terminal / Wilm's tumour protein / Zinc finger, C2H2 type / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like ...Wilm's tumour protein, N-terminal / Wilm's tumour protein / Zinc finger, C2H2 type / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Zinc finger C2H2-type / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / WT1 / Β2-ミクログロブリン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Srikannathasan, V. / Robinson, R.A.
引用ジャーナル: J.Clin.Invest. / 年: 2020
タイトル: Specificity of bispecific T cell receptors and antibodies targeting peptide-HLA.
著者: Holland, C.J. / Crean, R.M. / Pentier, J.M. / de Wet, B. / Lloyd, A. / Srikannathasan, V. / Lissin, N. / Lloyd, K.A. / Blicher, T.H. / Conroy, P.J. / Hock, M. / Pengelly, R.J. / Spinner, T.E. ...著者: Holland, C.J. / Crean, R.M. / Pentier, J.M. / de Wet, B. / Lloyd, A. / Srikannathasan, V. / Lissin, N. / Lloyd, K.A. / Blicher, T.H. / Conroy, P.J. / Hock, M. / Pengelly, R.J. / Spinner, T.E. / Cameron, B. / Potter, E.A. / Jeyanthan, A. / Molloy, P.E. / Sami, M. / Aleksic, M. / Liddy, N. / Robinson, R.A. / Harper, S. / Lepore, M. / Pudney, C.R. / van der Kamp, M.W. / Rizkallah, P.J. / Jakobsen, B.K. / Vuidepot, A. / Cole, D.K.
履歴
登録2019年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: ARG-MET-PHE-PRO-ASN-ALA-PRO-TYR-LEU
D: a7b2 ALPHA CHAIN
E: DMF4 Beta CHAIN
F: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: ARG-MET-PHE-PRO-ASN-ALA-PRO-TYR-LEU
I: a7b2 ALPHA CHAIN
J: DMF4 Beta CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,37813
ポリマ－192,19210
非ポリマー1863
水2,810156
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: ARG-MET-PHE-PRO-ASN-ALA-PRO-TYR-LEU
D: a7b2 ALPHA CHAIN
E: DMF4 Beta CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,2207
ポリマ－96,0965
非ポリマー1242
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12070 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area37400 Å2
手法PISA
2
F: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: ARG-MET-PHE-PRO-ASN-ALA-PRO-TYR-LEU
I: a7b2 ALPHA CHAIN
J: DMF4 Beta CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1586
ポリマ－96,0965
非ポリマー621
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11480 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area37470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.610, 114.750, 185.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21F
12B
22G
13D
23I
14E
24J

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A2 - 274
2010F2 - 274
1020B1 - 100
2020G1 - 100
1030D3 - 191
2030I3 - 191
1040E4 - 245
2040J4 - 245

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 AFBGDIEJ

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31951.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Homo sapiens / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BETA-2-MICROGLOBULIN / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 a7b2 ALPHA CHAIN


分子量: 23081.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: few N-terminal residues missing in the structure and also C-terminal residues.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質 DMF4 Beta CHAIN


分子量: 28074.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CH

#3: タンパク質・ペプチド ARG-MET-PHE-PRO-ASN-ALA-PRO-TYR-LEU


分子量: 1109.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Peptide, synthesized / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19544*PLUS

-
非ポリマー , 2種, 159分子

#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.02 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 7.5% PEG 8 K , 0.75 M NaCl , 50mM HEPES , pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→114.75 Å / Num. obs: 43245 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.95→3 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 2.016 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 43245 / CC1/2: 0.524 / % possible all: 99.95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→97.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 27.985 / SU ML: 0.485 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.497 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29115 2242 5.2 %RANDOM
Rwork0.25066 ---
obs0.25275 40937 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 73.426 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.55 Å2-0 Å20 Å2
2--7.12 Å2-0 Å2
3----3.57 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.95→97.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13040 0 12 156 13208
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01313414
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711633
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2541.65318234
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3441.57726988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.79651626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.34921.811784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.019152114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.13515102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.21707
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023034
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2038.0116531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2028.016530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.41112.0068148
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.4112.0088149
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7498.136883
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7498.136884
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.74612.12210087
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.38651540
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.38351528
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A80780.15
12F80780.15
21B28490.14
22G28490.14
31D48580.18
32I48580.18
41E72250.14
42J72250.14
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.027 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 141 -
Rwork0.354 2978 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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