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- PDB-6rpy: Cytokine receptor-like factor 3 C-terminus residues 174-442: Hg-S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rpy
タイトルCytokine receptor-like factor 3 C-terminus residues 174-442: Hg-SAD derivative
要素Cytokine receptor-like factor 3
キーワードBLOOD CLOTTING / platelet development / fibronectin domain / SPRY domain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of cell growth / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cytokine receptor-like factor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Mifsud, R.W. / Yan, Y. / Bennett, C. / Read, R.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust209407/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Blood / 年: 2022
タイトル: CRLF3 plays a key role in the final stage of platelet genesis and is a potential therapeutic target for thrombocythemia.
著者: Bennett, C. / Lawrence, M. / Guerrero, J.A. / Stritt, S. / Waller, A.K. / Yan, Y. / Mifsud, R.W. / Ballester-Beltran, J. / Baig, A. / Mueller, A. / Mayer, L. / Warland, J. / Penkett, C.J. / ...著者: Bennett, C. / Lawrence, M. / Guerrero, J.A. / Stritt, S. / Waller, A.K. / Yan, Y. / Mifsud, R.W. / Ballester-Beltran, J. / Baig, A. / Mueller, A. / Mayer, L. / Warland, J. / Penkett, C.J. / Akbari, P. / Moreau, T. / Evans, A.L. / Mookerjee, S. / Hoffman, G.J. / Saeb-Parsy, K. / Adams, D.J. / Couzens, A.L. / Bender, M. / Erber, W.N. / Nieswandt, B. / Read, R.J. / Ghevaert, C.
履歴
登録2019年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytokine receptor-like factor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,26412
ポリマ－30,0571
非ポリマー2,20611
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-199 kcal/mol
Surface area12640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.254, 40.944, 76.288
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.735, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-685-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cytokine receptor-like factor 3 / Cytokine receptor-like molecule 9 / CREME-9 / Cytokine receptor-related factor 4


分子量: 30057.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal domain of murine CRLF3 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Crlf3, Creme9, Cytor4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21-CodonPlusTM-(DE3)-RP / 参照: UniProt: Q9Z2L7
#2: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20 % PEG 3,350, 0.2 M sodium formate, soaked for 16 hours with 10 mM thimerosal, cryo-protected in 25 % ethylene glycol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.006 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.006 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.967→27.31 Å / Num. obs: 19156 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 30.27 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.967→2.02 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.714 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1351 / CC1/2: 0.829 / Rrim(I) all: 0.845 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.97→27.31 Å / SU ML: 0.2502 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.2475
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2342 907 4.74 %Random selection
Rwork0.1865 ---
obs0.1887 19150 99.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→27.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1937 0 11 93 2041
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01181999
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13432720
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0652297
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0079356
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.31881613
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.97-2.090.33541560.24772950X-RAY DIFFRACTION98.1
2.09-2.250.28281390.21563030X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.480.30151420.1963042X-RAY DIFFRACTION99.97
2.48-2.840.23541720.19573023X-RAY DIFFRACTION100
2.84-3.570.23011440.18623058X-RAY DIFFRACTION99.97
3.57-27.310.19921540.16693141X-RAY DIFFRACTION99.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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