[日本語] English
万見
- PDB-6rpj: A Non-blocking anti-CTLA-4 Nanobody complexed with CTLA-4 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rpj
タイトルA Non-blocking anti-CTLA-4 Nanobody complexed with CTLA-4
要素
  • A non-blocking CTLA-4 nanobody
  • Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / check-point / CTLA-4 / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of regulatory T cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / clathrin-coated endocytic vesicle / Co-stimulation by CD28 / Co-inhibition by CTLA4 / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway ...protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of regulatory T cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / clathrin-coated endocytic vesicle / Co-stimulation by CD28 / Co-inhibition by CTLA4 / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / immune response / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / DNA damage response / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Gao, H. / Zhou, A. / Zhang, F.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A Non-blocking anti-CTLA-4 Nanobody complexed with CTLA-4
著者: Gao, H. / Zhou, A.
履歴
登録2019年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / refine / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02020年11月11日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _atom_site.auth_seq_id / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._atom_site.auth_seq_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 3.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
B: A non-blocking CTLA-4 nanobody
C: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
D: A non-blocking CTLA-4 nanobody
E: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
F: A non-blocking CTLA-4 nanobody
G: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
H: A non-blocking CTLA-4 nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,42217
ポリマ－116,3898
非ポリマー2,0339
水362
1
G: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
H: A non-blocking CTLA-4 nanobody
ヘテロ分子

A: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
B: A non-blocking CTLA-4 nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1748
ポリマ－58,1954
非ポリマー9794
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_544x,y-1,z-11
Buried area6430 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area21620 Å2
手法PISA
2
C: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
D: A non-blocking CTLA-4 nanobody
E: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
F: A non-blocking CTLA-4 nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2499
ポリマ－58,1954
非ポリマー1,0545
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6330 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area21940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)309.977, 75.708, 83.047
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Cytotoxic T-lymphocyte protein 4 / Cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 4 / CTLA-4


分子量: 13893.714 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTLA4, CD152 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P16410
#2: 抗体
A non-blocking CTLA-4 nanobody


分子量: 15203.618 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 7分子

#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→50 Å / Num. obs: 30159 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 3.25→3.37 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.718 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 1926 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.25→47.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 51.975 / SU ML: 0.381 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.456 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26155 1455 5 %RANDOM
Rwork0.24889 ---
obs0.2495 27487 95.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 89.735 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.74 Å20 Å2-3.42 Å2
2--1.28 Å20 Å2
3---3.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→47.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7271 0 130 2 7403
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0137594
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176729
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1971.67310350
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.051.59215645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg15.7115.3341002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.68722.406345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.364151147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.1121544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0280.21030
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.029512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021569
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1196.2033898
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1196.2023897
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1389.2924862
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1379.2934863
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6966.2873694
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6966.2873694
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.4319.4145480
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.42268.4677370
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.42168.4837371
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.245→3.329 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 88 -
Rwork0.347 1926 -
obs--89.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6752.75333.16771.93672.09552.45991.07750.4893-1.14580.2883-0.0966-0.61770.41040.1471-0.98090.69960.4891-0.2220.52-0.31310.642516.78232.409783.2668
26.8919-0.58751.16960.91190.22261.45640.1254-0.07150.4046-0.04070.0723-0.02690.0579-0.048-0.19770.32890.00150.03630.3039-0.10420.3135-3.189150.39988.9171
36.1346-0.615-0.62830.4303-0.05391.82150.1283-0.60541.01510.0259-0.1434-0.0791-0.0249-0.11970.01520.27420.0464-0.00570.3481-0.33170.493422.464526.548250.1094
46.67850.52160.84980.52810.69541.7937-0.01940.0437-0.2492-0.03450.2381-0.11250.0864-0.0688-0.21870.32450.01820.0360.3206-0.0740.3055.81048.422238.0756
53.674-0.74620.69352.58250.05860.89340.06550.4873-0.0305-0.0222-0.0070.10230.04360.0342-0.05850.33040.04110.05490.3122-0.17760.291235.849.265631.1961
65.6784-0.0951.79290.0888-0.31863.0414-0.1398-0.60520.1407-0.091-0.091-0.06640.15890.01350.23080.30030.05020.01640.4067-0.11120.308450.935812.171253.8215
75.03910.73841.31852.8502-0.31050.69850.215-0.55740.1043-0.0686-0.03540.08130.0082-0.157-0.17960.32160.02360.06240.3438-0.17890.256136.9676-26.271823.999
86.30120.53640.04840.28920.11341.93180.08220.7766-0.12530.14650.05020.13690.01850.5179-0.13240.29360.12440.04090.5742-0.19640.153459.2419-28.71368.2131
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 120
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 125
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 120
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 125
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 121
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 125
7X-RAY DIFFRACTION7G3 - 120
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 125

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る